seq1 = pF1KE5662.tfa, 1584 bp
seq2 = pF1KE5662/gi568815595r_195770272.tfa (gi568815595r:195770272_195988588), 218317 bp

>pF1KE5662 1584
>gi568815595r:195770272_195988588 (Chr3)

(complement)

1-163  (100001-100163)   99% ->
164-234  (101542-101612)   100% ->
235-456  (103556-103777)   100% ->
457-609  (105280-105432)   100% ->
610-887  (106261-106538)   100% ->
888-1014  (109414-109540)   99% ->
1015-1161  (109997-110143)   100% ->
1162-1256  (110242-110336)   100% ->
1257-1451  (116119-116313)   100% ->
1452-1584  (118185-118317)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCAGAGGAGGGCACAGGCTGGCTGCTGGAGCTGCTGTCCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCCAGAGGAGGGCACAGGCTGGCTGCTGGAGCTGCTGTCCGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCTGCAACAGTACTTCCTGCGGCTCCGAGACGACCTCAACGTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100051 GCAGCTGCAACAGTACTTCCTGCGGCTCCGAGATGACCTCAACGTCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGTCCCACTTTGAGTACGTCAAGAATGAGGACCTGGAGAAGATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTGTCCCACTTTGAGTACGTCAAGAATGAGGACCTGGAGAAGATCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGGTCGGCCTG         GCCAGCGGCGGCTGTGGGAGGCTGTGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGGTCGGCCTGGTA...CAGGCCAGCGGCGGCTGTGGGAGGCTGTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGAGGAAGGCCTTGTGCAAACGCAAGTCGTGGATGAGTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101570 GAGGAGGAAGGCCTTGTGCAAACGCAAGTCGTGGATGAGTAAGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GTGTTCAGTGGAAAGCGACTGGAGGCTGAGTTCCCACCTCATCACTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103554 AGGTGTTCAGTGGAAAGCGACTGGAGGCTGAGTTCCCACCTCATCACTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAGCACCTTCCGGAAGACCTCGCCCGCCCCTGGGGGCCCAGCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103604 CAGAGCACCTTCCGGAAGACCTCGCCCGCCCCTGGGGGCCCAGCAGGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGGCCCCTGCAGAGCCTCACCTGCCTCATTGGGGAGAAGGACCTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103654 GGGGCCCCTGCAGAGCCTCACCTGCCTCATTGGGGAGAAGGACCTGCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCTGGAGAAGCTGGGTGATGGTTCCTTTGGCGTGGTGCGCAGGGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103704 TCCTGGAGAAGCTGGGTGATGGTTCCTTTGGCGTGGTGCGCAGGGGCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGGGACGCGCCCTCAGGGAAGACG         GTGAGTGTGGCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103754 TGGGACGCGCCCTCAGGGAAGACGGTG...CAGGTGAGTGTGGCTGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTGCCTGAAGCCCGATGTCCTGAGCCAGCCAGAAGCCATGGACGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105297 GTGCCTGAAGCCCGATGTCCTGAGCCAGCCAGAAGCCATGGACGACTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCGGGAGGTCAATGCCATGCACTCGCTCGACCACCGAAACCTCATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105347 TCCGGGAGGTCAATGCCATGCACTCGCTCGACCACCGAAACCTCATCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCTACGGGGTGGTGCTCACGCCGCCCATGAAGATG         GTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105397 CTCTACGGGGTGGTGCTCACGCCGCCCATGAAGATGGTG...CAGGTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGAGCTGGCACCTCTGGGATCGTTGTTGGACCGGCTACGTAAGCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106266 AGAGCTGGCACCTCTGGGATCGTTGTTGGACCGGCTACGTAAGCACCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCACTTCCTCCTGGGGACTCTGAGCCGCTACGCTGTGCAGGTGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106316 GCCACTTCCTCCTGGGGACTCTGAGCCGCTACGCTGTGCAGGTGGCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCATGGGCTACCTGGAGTCCAAGCGCTTTATTCACCGTGACCTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106366 GGCATGGGCTACCTGGAGTCCAAGCGCTTTATTCACCGTGACCTGGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCGCAATCTGCTGTTGGCTACCCGCGACCTGGTCAAGATCGGGGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106416 CCGCAATCTGCTGTTGGCTACCCGCGACCTGGTCAAGATCGGGGACTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGCTGATGCGAGCACTACCTCAGAATGACGACCATTACGTCATGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106466 GGCTGATGCGAGCACTACCTCAGAATGACGACCATTACGTCATGCAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CATCGCAAGGTGCCCTTCGCCTG         GTGTGCCCCCGAGAGCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106516 CATCGCAAGGTGCCCTTCGCCTGGTG...CAGGTGTGCCCCCGAGAGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAAGACACGTACCTTCTCCCATGCCAGCGACACCTGGATGTTCGGGGTGA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109432 GAAGACACGCACCTTCTCCCATGCCAGCGACACCTGGATGTTCGGGGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CACTGTGGGAAATGTTCACCTACGGCCAGGAGCCCTGGATCGGCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109482 CACTGTGGGAAATGTTCACCTACGGCCAGGAGCCCTGGATCGGCCTCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGCAGTCAG         ATCCTGCATAAGATCGACAAGGAGGGGGAGCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109532 GGCAGTCAGGTG...CAGATCCTGCATAAGATCGACAAGGAGGGGGAGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTGCCCCGGCCCGAGGACTGTCCCCAGGACATCTACAACGTCATGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110029 GCTGCCCCGGCCCGAGGACTGTCCCCAGGACATCTACAACGTCATGGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGTGCTGGGCTCACAAGCCAGAGGACAGACCCACGTTTGTGGCCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110079 AGTGCTGGGCTCACAAGCCAGAGGACAGACCCACGTTTGTGGCCCTGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACTTCCTGCTGGAG         GCCCAGCCCACAGACATGCGGGCCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110129 GACTTCCTGCTGGAGGTG...CAGGCCCAGCCCACAGACATGCGGGCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCAGGACTTTGAGGAACCGGACAAGCTGCACATCCAGATGAATGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110268 TCAGGACTTTGAGGAACCGGACAAGCTGCACATCCAGATGAATGATGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCACCGTCATCGAGGGAAG         GGCCGAGAACTACTGGTGGCGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110318 TCACCGTCATCGAGGGAAGGTA...CAGGGCCGAGAACTACTGGTGGCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGCCAGAACACACGGACGCTGTGTGTGGGGCCCTTCCCTCGCAACGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116141 GGCCAGAACACACGGACGCTGTGTGTGGGGCCCTTCCCTCGCAACGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GACCTCCGTGGCCGGCCTGTCGGCCCAGGACATCAGCCAGCCCCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116191 GACCTCCGTGGCCGGCCTGTCGGCCCAGGACATCAGCCAGCCCCTGCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACAGCTTCATCCACACAGGGCATGGCGACAGTGACCCCCGCCACTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116241 ACAGCTTCATCCACACAGGGCATGGCGACAGTGACCCCCGCCACTGCTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGCTTCCCGGACAGGATTGACGA         GTGTCCTTTCTCTGCCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116291 GGCTTCCCGGACAGGATTGACGAGTG...CAGGTGTCCTTTCTCTGCCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTCTCCAGGACACCCCCCAGCTGAGACGTGCGGTCAGGTTCTGTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118203 CTCTCCAGGACACCCCCCAGCTGAGACGTGCGGTCAGGTTCTGTGGACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGAGGCGGGAGGCCTGTGCTTCAGACCCAAGACTACACCCGGTTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118253 GGAGGCGGGAGGCCTGTGCTTCAGACCCAAGACTACACCCGGTTTCCTCC

   1650     .    :    .
   1570 AGGACGAAGGGGCTC
        |||||||||||||||
 118303 AGGACGAAGGGGCTC