seq1 = pF1KE5661.tfa, 1545 bp
seq2 = pF1KE5661/gi568815594f_8501413.tfa (gi568815594f:8501413_8719614), 218202 bp

>pF1KE5661 1545
>gi568815594f:8501413_8719614 (Chr4)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-298  (102564-102776)   99% ->
299-495  (104577-104773)   100% ->
496-657  (105325-105486)   100% ->
658-816  (105855-106013)   100% ->
817-952  (110615-110750)   100% ->
953-1092  (112947-113086)   98% ->
1093-1192  (117017-117116)   100% ->
1193-1545  (117850-118202)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTGGCCCTACTTCCTTGACTGCCACCGCTACTTCACGAGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTGGCCCTACTTCCTTGACTGCCACCGCTACTTCACGAGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGGCTGCTATGACCCGCTGGAGAAGCTTCGGG         GAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CGAGGGCTGCTATGACCCGCTGGAGAAGCTTCGGGGTA...CAGGAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGGCTGACGAGGCACTGCCCTCAGGGCTGCCGCCCACCTTCATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102570 TGGAGGCTGACGAGGCACTGCCCTCAGGGCTGCCGCCCACCTTCATCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAGCCACCACTCCTACGCCCAGATGGTGCGTGTGCTGAGGCGGATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 102620 TTCAGCCACCACTCCTACGCCCAGATGGTGCGTGTGCTGAGGCGGACGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCCGCTGCGCCCACGTGGCCAGGACCTACAGCATCGGGCGCAGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102670 CTCCCGCTGCGCCCACGTGGCCAGGACCTACAGCATCGGGCGCAGCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGCAGGGAGCTGCTGGTCATCGAGTTCTCCAGCCGCCCCGGCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102720 ACGGCAGGGAGCTGCTGGTCATCGAGTTCTCCAGCCGCCCCGGCCAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCTGA         TGGAGCCCGAGGTGAAGCTCATCGGCAACATTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102770 GAGCTGAGTG...CAGTGGAGCCCGAGGTGAAGCTCATCGGCAACATTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGCAACGAGGTGGCGGGCCGGGAGATGCTCATCTACCTAGCCCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104611 TGGCAACGAGGTGGCGGGCCGGGAGATGCTCATCTACCTAGCCCAGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTGCTCTGAGTACCTGCTTGGTAACCCCCGCATCCAGCGCCTGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104661 TGTGCTCTGAGTACCTGCTTGGTAACCCCCGCATCCAGCGCCTGCTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCACCCGCATCCACCTGCTGCCCTCCATGAACCCTGACGGCTATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104711 ACCACCCGCATCCACCTGCTGCCCTCCATGAACCCTGACGGCTATGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCAGCTGCCGAG         GGTGCCGGCTACAACGGGTGGACGAGCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104761 GGCAGCTGCCGAGGTG...CAGGGTGCCGGCTACAACGGGTGGACGAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGAGGCAGAACGCGCAGAACCTGGATCTGAACCGAAATTTCCCGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105353 GGAGGCAGAACGCGCAGAACCTGGATCTGAACCGAAATTTCCCGGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACGTCCGAGTACTACCGGCTGGCGGAGACCCGCGGCGCACGCAGCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105403 ACGTCCGAGTACTACCGGCTGGCGGAGACCCGCGGCGCACGCAGCGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATCCCCATCCCCCAGCACTACTGGTGGGGTAAG         GTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105453 CATCCCCATCCCCCAGCACTACTGGTGGGGTAAGGTA...CAGGTGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGGAGACAAAGGCAATCATGAAGTGGATGCAGACCATACCCTTTGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105862 CGGAGACAAAGGCAATCATGAAGTGGATGCAGACCATACCCTTTGTGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCAGCCAGCCTTCATGGGGGCGACCTGGTGGTGTCCTACCCCTTCGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105912 TCAGCCAGCCTTCATGGGGGCGACCTGGTGGTGTCCTACCCCTTCGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTCCAAGCACCCCCAGGAGGAGAAGATGTTTTCTCCCACGCCCGACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105962 CTCCAAGCACCCCCAGGAGGAGAAGATGTTTTCTCCCACGCCCGACGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AG         ATGTTCAAGCTGCTGTCCAGAGCCTACGCTGACGTCCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106012 AGGTG...CAGATGTTCAAGCTGCTGTCCAGAGCCTACGCTGACGTCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCCATGATGATGGACAGGTCGGAGAATAGGTGTGGAGGCAATTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110654 CCCATGATGATGGACAGGTCGGAGAATAGGTGTGGAGGCAATTTCCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAGGGGGAGCATCATCAACGGGGCGGACTGGTACAGCTTCACGGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110704 GAGGGGGAGCATCATCAACGGGGCGGACTGGTACAGCTTCACGGGAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953       GCATGTCCGACTTCAACTACCTGCACACCAACTGCTTTGAGATC
        ...>>>|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 110754 ...CAGGCATGTCCGATTTCAACTACCTGCACACCAACTGCTTTGAGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACGGTAGAGCTGGGCTGTGTGAAGTTCCCCCCCGAGGAGGCCCTGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 112991 ACGGTAGAGCTGGGCTGTGTGAAGTTCCCCCCCGAGGAGGCCCTGTACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACTCTGGCAGCACAACAAGGAGTCACTCCTGAATTTCGTGGAGACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113041 ACTCTGGCAGCACAACAAGGAGTCACTCCTGAATTTCGTGGAGACGGTG.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093      GTGCACCGGGGCATCAAAGGTGTGGTGACAGATAAATTCGGCAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113091 ..CAGGTGCACCGGGGCATCAAAGGTGTGGTGACAGATAAATTCGGCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCAGTCAAAAACGCCCGGATCTCAGTCAAAGGCATTCGCCACGACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117062 CCAGTCAAAAACGCCCGGATCTCAGTCAAAGGCATTCGCCACGACATCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CACAG         CCCCAGATGGTGACTACTGGAGACTGCTGCCCCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117112 CACAGGTG...CAGCCCCAGATGGTGACTACTGGAGACTGCTGCCCCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTATCCACATTGTCATTGCCCAAGCCCCTGGCTACGCCAAAGTCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117886 GTATCCACATTGTCATTGCCCAAGCCCCTGGCTACGCCAAAGTCATCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAAGTCATCATCCCCGCCCGGATGAAGAGGGCTGGCCGTGTGGACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117936 AAAGTCATCATCCCCGCCCGGATGAAGAGGGCTGGCCGTGTGGACTTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TCTGCAACCTCTGGGGATGGGACCCAAGAACTTTATTCATGGGCTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117986 TCTGCAACCTCTGGGGATGGGACCCAAGAACTTTATTCATGGGCTGCGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGACTGGGCCCCACGACCCGCTGGGAGGTGCCAGCTCTTTGGGGGAGGCC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 118036 GGACTGGGCCCCACGACCCACTGGGAGGTGCCAGCTCTTTGGGGGAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACGGAGCCCGACCCGCTCCGGGCGCGCAGGCAGCCCTCGGCCGACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118086 ACGGAGCCCGACCCGCTCCGGGCGCGCAGGCAGCCCTCGGCCGACGGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TAAGCCCTGGTGGTGGTCCTACTTCACATCGCTGAGCACCCACAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118136 TAAGCCCTGGTGGTGGTCCTACTTCACATCGCTGAGCACCCACAGGCCAC

   1600     .    :    .
   1529 GCTGGCTGCTCAAGTAC
        |||||||||||||||||
 118186 GCTGGCTGCTCAAGTAC