seq1 = pF1KE5658.tfa, 1467 bp
seq2 = pF1KE5658/gi568815596r_218723765.tfa (gi568815596r:218723765_218931376), 207612 bp

>pF1KE5658 1467
>gi568815596r:218723765_218931376 (Chr2)

(complement)

1-33  (99607-99639)   100% ->
34-73  (100002-100041)   100% ->
74-229  (100476-100631)   100% ->
230-633  (100996-101399)   100% ->
634-715  (102777-102858)   98% ->
716-774  (103315-103373)   100% ->
775-820  (103499-103544)   100% ->
821-875  (103748-103802)   100% ->
876-1002  (104004-104130)   100% ->
1003-1168  (104284-104449)   100% ->
1169-1206  (106801-106838)   100% ->
1207-1353  (107009-107155)   100% ->
1354-1467  (107499-107612)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCGGGCTGGAGCACGCACTGCGCAGG         ACCCCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  99607 ATGGAGCCCGGGCTGGAGCACGCACTGCGCAGGGTA...CAGACCCCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGGAGCAGCCTTGGGGGTTCTGAGCATCAAG         AGATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100010 CTGGAGCAGCCTTGGGGGTTCTGAGCATCAAGGTA...CAGAGATGAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TCCTAGAGCAAGAAAACAGCAGCTCATGGCCATCACCAGCTGTGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100485 TCCTAGAGCAAGAAAACAGCAGCTCATGGCCATCACCAGCTGTGACCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGCTCAGAAAGAATCCGTGGGAAACGGAGGGCCAAAGCCTTGAGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100535 AGCTCAGAAAGAATCCGTGGGAAACGGAGGGCCAAAGCCTTGAGATGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGGCAGAAGTCGGTGGAGGAAGGGGAGCCACCAGGTCAGGGGGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100585 AAGGCAGAAGTCGGTGGAGGAAGGGGAGCCACCAGGTCAGGGGGAAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230       GTCCCCGGTCCAGGCCAGCTGCTGAGTCCACCGGGCTGGAGGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100635 ...CAGGTCCCCGGTCCAGGCCAGCTGCTGAGTCCACCGGGCTGGAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACATTCCCCAAGACCACACCCTTGGCTCAAGCTGATCCTGCCGGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101040 ACATTCCCCAAGACCACACCCTTGGCTCAAGCTGATCCTGCCGGGGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACTCCACCAACAGGGTGGGACTGCCTCCCCTCTGACTGTACAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101090 CACTCCACCAACAGGGTGGGACTGCCTCCCCTCTGACTGTACAGCCTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCAGGCTCCAGCACAGATGATGTGGAGCTGGCCACGGAGTTCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101140 CTGCAGGCTCCAGCACAGATGATGTGGAGCTGGCCACGGAGTTCCCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAGAGGCCTGGGAGTGTGAGCTAGAAGGCCTGCTGGAAGAGAGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101190 ACAGAGGCCTGGGAGTGTGAGCTAGAAGGCCTGCTGGAAGAGAGGCCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGTGCCTGTCCCCGCAGGCCCCATTTCCCAAGCTGGGCTGGGATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101240 CCTGTGCCTGTCCCCGCAGGCCCCATTTCCCAAGCTGGGCTGGGATGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AACTGCGGAAACCCGGCGCCCAGATCTACATGCGCTTCATGCAGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101290 AACTGCGGAAACCCGGCGCCCAGATCTACATGCGCTTCATGCAGGAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCTGCTACGATGCCATGGCAACTAGCTCCAAGCTAGTCATCTTCGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101340 ACCTGCTACGATGCCATGGCAACTAGCTCCAAGCTAGTCATCTTCGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATGCTGGAG         ATCAAGAAGGCCTTCTTTGCTCTGGTGGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101390 CATGCTGGAGGTG...CAGATCAAGAAGGCCTTCTTTGCTCTGGTGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAGTGTGCGGGCAGCCCCTCTATGGGACAGCAAGAAGCAGAGCTTTGTG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102808 ACGGTGTGCGGGCAGCCCCTCTATGGGACAGCAAGAAGCAGAGCTTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         GGATGCTGACCATCACTGACTTCATCCTGGTGCTGCATCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102858 GGTG...CAGGGATGCTGACCATCACTGACTTCATCCTGGTGCTGCATCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTACTACAGGTCCCCCCTG         GTCCAGATCTATGAGATTGAAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103355 CTACTACAGGTCCCCCCTGGTG...TAGGTCCAGATCTATGAGATTGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AACATAAGATTGAGACCTGGAGGG         AGATCTACCTGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103521 AACATAAGATTGAGACCTGGAGGGGTG...CAGAGATCTACCTGCAAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGCTTCAAGCCTCTGGTCTCCATCTCTCCTAATGATAG         CCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103765 TGCTTCAAGCCTCTGGTCTCCATCTCTCCTAATGATAGGTG...CAGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTTTGAAGCTGTCTACACCCTCATCAAGAACCGGATCCATCGCCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104007 GTTTGAAGCTGTCTACACCCTCATCAAGAACCGGATCCATCGCCTGCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTCTTGACCCGGTGTCAGGCAACGTACTCCACATCCTCACACACAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104057 TTCTTGACCCGGTGTCAGGCAACGTACTCCACATCCTCACACACAAACGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGCTCAAGTTCCTGCACATCTTT         GGTTCCCTGCTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104107 CTGCTCAAGTTCCTGCACATCTTTGTA...CAGGGTTCCCTGCTGCCCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCCCTCCTTCCTCTACCGCACTATCCAAGATTTGGGCATCGGCACATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104301 GCCCTCCTTCCTCTACCGCACTATCCAAGATTTGGGCATCGGCACATTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAGACTTGGCTGTGGTGCTGGAGACAGCACCCATCCTGACTGCACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104351 GAGACTTGGCTGTGGTGCTGGAGACAGCACCCATCCTGACTGCACTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCTTTGTGGACCGGCGTGTGTCTGCACTGCCTGTGGTCAACGAATGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104401 ATCTTTGTGGACCGGCGTGTGTCTGCACTGCCTGTGGTCAACGAATGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169         GTCAGGTCGTGGGCCTCTATTCCCGCTTTGATGTGATT    
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104451 TA...CAGGTCAGGTCGTGGGCCTCTATTCCCGCTTTGATGTGATTGTA.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207      CACCTGGCTGCCCAGCAAACCTACAACCACCTGGACATGAGTGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106843 ..CAGCACCTGGCTGCCCAGCAAACCTACAACCACCTGGACATGAGTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGAGAAGCCCTGAGGCAGAGGACACTATGTCTGGAGGGAGTCCTTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107054 GGAGAAGCCCTGAGGCAGAGGACACTATGTCTGGAGGGAGTCCTTTCCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCAGCCCCACGAGAGCTTGGGGGAAGTGATCGACAGGATTGCTCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107104 CCAGCCCCACGAGAGCTTGGGGGAAGTGATCGACAGGATTGCTCGGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AG         GTACACAGGCTGGTGCTAGTGGACGAGACCCAGCATCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107154 AGGTA...CAGGTACACAGGCTGGTGCTAGTGGACGAGACCCAGCATCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TTGGGCGTGGTCTCCCTCTCCGACATCCTTCAGGCACTGGTGCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107538 TTGGGCGTGGTCTCCCTCTCCGACATCCTTCAGGCACTGGTGCTCAGCCC

   1550     .    :    .    :    .
   1443 TGCTGGCATCGATGCCCTCGGGGCC
        |||||||||||||||||||||||||
 107588 TGCTGGCATCGATGCCCTCGGGGCC