seq1 = pF1KE5657.tfa, 1449 bp
seq2 = pF1KE5657/gi568815597f_70121730.tfa (gi568815597f:70121730_70350802), 229073 bp

>pF1KE5657 1449
>gi568815597f:70121730_70350802 (Chr1)

1-203  (99908-100110)   100% ->
204-337  (106693-106826)   100% ->
338-447  (110539-110648)   100% ->
448-540  (112967-113059)   100% ->
541-590  (113772-113821)   100% ->
591-718  (115696-115823)   100% ->
719-800  (117710-117791)   100% ->
801-932  (122955-123086)   100% ->
933-1022  (125089-125178)   100% ->
1023-1118  (128223-128318)   100% ->
1119-1257  (128636-128774)   100% ->
1258-1449  (128882-129073)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAACACTACCGTCGTCCCCAGCACTGCAGGTCCGGGCCCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99908 ATGAGCAACACTACCGTCGTCCCCAGCACTGCAGGTCCGGGCCCCAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCCCGGTGGCGGAGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGCGGCGGCACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99958 CGGGCCCGGTGGCGGAGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGCGGCGGCACCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAATCCAGGTGACTAATGTCTCCCCGAGCGCTAGCTCTGAGCAGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 TAATCCAGGTGACTAATGTCTCCCCGAGCGCTAGCTCTGAGCAGATGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTCTCTTCGGTTTCCTAGGCAAGATCGACGAACTGCGCCTCTTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 ACTCTCTTCGGTTTCCTAGGCAAGATCGACGAACTGCGCCTCTTCCCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGA         TGATTCGCCTTTGCCAGTCTCATCTCGTGTCTGCTTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100108 GGAGTG...TAGTGATTCGCCTTTGCCAGTCTCATCTCGTGTCTGCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAAGTTCCATGATCCAGACTCAGCAGTTGTGGCACAGCATCTGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106731 TTAAGTTCCATGATCCAGACTCAGCAGTTGTGGCACAGCATCTGACAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTGTATTCGTTGACAGAGCTTTGATAGTCGTACCATATGCAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106781 ACTGTATTCGTTGACAGAGCTTTGATAGTCGTACCATATGCAGAAGGTT.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      GAGTTATTCCTGATGAAGCTAAAGCTTTGTCTCTGTTGGCACCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106831 ..CAGGAGTTATTCCTGATGAAGCTAAAGCTTTGTCTCTGTTGGCACCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTAATGCAGTGGCAGGTCTTCTGCCTGGTGGTGGACTCCTGCCTACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110584 CTAATGCAGTGGCAGGTCTTCTGCCTGGTGGTGGACTCCTGCCTACTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACCCACTTACCCAG         ATTGGCGCTGTTCCACTGGCTGCTTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110634 AACCCACTTACCCAGGTA...CAGATTGGCGCTGTTCCACTGGCTGCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGGGCTCCTACTCTTGATCCTGCCCTTGCTGCACTTGGGCTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112993 GGGGGCTCCTACTCTTGATCCTGCCCTTGCTGCACTTGGGCTTCCTGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAACTTGAACTCTCAG         TCTCTTGCTGCAGATCAGTTGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113043 CAAACTTGAACTCTCAGGTA...CAGTCTCTTGCTGCAGATCAGTTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGCTTATGAGTACTGTTGATCCCAA         GTTGAATCATGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113796 AAGCTTATGAGTACTGTTGATCCCAAGTA...CAGGTTGAATCATGTAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCTGGTCTCGTTTCACCAAGTCTGAAATCGGATACCTCTAGTAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115711 TGCTGGTCTCGTTTCACCAAGTCTGAAATCGGATACCTCTAGTAAAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGAGGAAGCTATGAAAAGAGTACGAGAAGCACAGTCCCTAATTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115761 TAGAGGAAGCTATGAAAAGAGTACGAGAAGCACAGTCCCTAATTTCTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTATAGAACCAG         ATAAGAAAGAAGAAAAAAGAAGGCATTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 115811 GCTATAGAACCAGGTA...TAGATAAGAAAGAAGAAAAAAGAAGGCATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGATCAAGATCACGTTCTAGGAGGAGGAGGACTCCCTCATCTTCTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117738 AAGATCAAGATCACGTTCTAGGAGGAGGAGGACTCCCTCATCTTCTAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAG         GCGGTCAAGAAGCAGATCGAGACGGCGGTCACATTCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117788 ACAGGTT...TAGGCGGTCAAGAAGCAGATCGAGACGGCGGTCACATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGTCTAGGAGTCGGCGACGATCCAAAAGCCCAAGGCGGAGAAGATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122992 AAGTCTAGGAGTCGGCGACGATCCAAAAGCCCAAGGCGGAGAAGATCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTCCAGAGAAAGAGGTAGAAGGTCAAGGAGCACATCAAAAACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123042 TTCCAGAGAAAGAGGTAGAAGGTCAAGGAGCACATCAAAAACAAGGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933     AGACAAAAAGAAAGAAGACAAAGAAAAGAAACGTTCTAAAACACCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123092 .TAGAGACAAAAAGAAAGAAGACAAAGAAAAGAAACGTTCTAAAACACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCAAAAAGTTACAGCACAGCCAGACGTTCTAGAAGTGCAAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125135 CCAAAAAGTTACAGCACAGCCAGACGTTCTAGAAGTGCAAGCAGGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023    AGAGAGACGACGACGAAGAAGCAGGAGTGGCACAAGATCTCCTAAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128220 TAGAGAGAGACGACGACGAAGAAGCAGGAGTGGCACAAGATCTCCTAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCCTCGGTCTCCTAAAAGAAAATTGTCCCGCTCACCATCCCCTAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128270 AGCCTCGGTCTCCTAAAAGAAAATTGTCCCGCTCACCATCCCCTAGGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119         ACATAAAAAGGAGAAGAAGAAAGATAAAGACAAAGAAAGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128320 TA...TAGACATAAAAAGGAGAAGAAGAAAGATAAAGACAAAGAAAGAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAGGGATGAAAGAGAACGATCAACAAGCAAGAAGAAGAAGAGTAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128678 TAGGGATGAAAGAGAACGATCAACAAGCAAGAAGAAGAAGAGTAAAGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGGAAAAGGACCGGGAAAGAAAATCAGAGAGTGATAAAGATGTAAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128728 AGGAAAAGGACCGGGAAAGAAAATCAGAGAGTGATAAAGATGTAAAAGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1258       GTTACACGGGATTATGATGAAGAGGAACAGGGGTATGACAGTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128778 ...CAGGTTACACGGGATTATGATGAAGAGGAACAGGGGTATGACAGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAAAGAGAAAAAAGAAGAGAAGAAACCAATAGAAACAGGTTCCCCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128926 GAAAGAGAAAAAAGAAGAGAAGAAACCAATAGAAACAGGTTCCCCTAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAAAGGAATGTTCTGTGGAAAAGGGAACTGGTGATTCACTAAGAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128976 CAAAGGAATGTTCTGTGGAAAAGGGAACTGGTGATTCACTAAGAGAATCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1402 AAAGTGAATGGGGATGATCATCATGAAGAAGACATGGATATGAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129026 AAAGTGAATGGGGATGATCATCATGAAGAAGACATGGATATGAGTGAC