seq1 = pF1KE5656.tfa, 1434 bp
seq2 = pF1KE5656/gi568815582f_70246992.tfa (gi568815582f:70246992_70471983), 224992 bp

>pF1KE5656 1434
>gi568815582f:70246992_70471983 (Chr16)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-106  (103566-103614)   100% ->
107-157  (108494-108544)   100% ->
158-293  (109121-109256)   100% ->
294-386  (114427-114519)   100% ->
387-489  (117552-117654)   100% ->
490-604  (118026-118140)   100% ->
605-782  (119094-119271)   100% ->
783-1020  (119633-119870)   100% ->
1021-1183  (123232-123394)   100% ->
1184-1375  (124381-124572)   100% ->
1376-1434  (124934-124992)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCGACTCGTGGGCCCTGGCGGTGGACGAGCAGGAAGCGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCGACTCGTGGGCCCTGGCGGTGGACGAGCAGGAAGCGGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTCG         ATGACCAATTTGCAGATCAAGGAAGAGAAAGTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGTCGGTC...CAGATGACCAATTTGCAGATCAAGGAAGAGAAAGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCAGATACCAATG         GTATTATCAAAACCAGTACCACTGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103600 AAGCAGATACCAATGGTG...TAGGTATTATCAAAACCAGTACCACTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGAAAACAGATGAAGAGGAGAAAG         AGGACAGAGCTGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108520 GAGAAAACAGATGAAGAGGAGAAAGGTA...CAGAGGACAGAGCTGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GTCCTTACTCAACAAGCTGATCAGAAGCAACCTTGTTGATAACACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109137 GTCCTTACTCAACAAGCTGATCAGAAGCAACCTTGTTGATAACACAAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGTGGAAGTCCTGCAACGGGATCCAAACTCCCCTCTGTACTCGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109187 AAGTGGAAGTCCTGCAACGGGATCCAAACTCCCCTCTGTACTCGGTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCGTTTGAAGAGCTTCGGCT         GAAACCACAGCTTCTCCAGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109237 TCGTTTGAAGAGCTTCGGCTGTG...TAGGAAACCACAGCTTCTCCAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGTCTATGCCATGGGCTTCAATCGACCCTCCAAGATACAAGAGAACGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114448 AGTCTATGCCATGGGCTTCAATCGACCCTCCAAGATACAAGAGAACGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TACCCATGATGCTTGCTGAACC         CCCACAGAATCTGATTGCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114498 TACCCATGATGCTTGCTGAACCGTG...CAGCCCACAGAATCTGATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGTCTCAGTCTGGCACTGGTAAAACAGCTGCCTTTGTCTTAGCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117571 CAGTCTCAGTCTGGCACTGGTAAAACAGCTGCCTTTGTCTTAGCCATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAGCCGAGTGGAGCCATCAGACAGATACCCCCAG         TGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117621 CAGCCGAGTGGAGCCATCAGACAGATACCCCCAGGTG...CAGTGTCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCCTCTCCCCAACATATGAGCTGGCGCTTCAAACAGGAAAAGTGATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118033 GCCTCTCCCCAACATATGAGCTGGCGCTTCAAACAGGAAAAGTGATTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAGATGGGCAAATTTTACCCAGAACTGAAGCTTGCCTATGCCGTTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118083 CAGATGGGCAAATTTTACCCAGAACTGAAGCTTGCCTATGCCGTTCGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAATAAAT         TGGAAAGAGGCCAGAAGATCAGTGAGCAGATTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118133 CAATAAATGTG...CAGTGGAAAGAGGCCAGAAGATCAGTGAGCAGATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCATTGGCACCCCTGGGACCGTGCTGGACTGGTGCTCCAAGCTCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119127 TCATTGGCACCCCTGGGACCGTGCTGGACTGGTGCTCCAAGCTCAAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATTGATCCCAAGAAAATCAAGGTGTTTGTTCTGGATGAGGCTGATGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119177 ATTGATCCCAAGAAAATCAAGGTGTTTGTTCTGGATGAGGCTGATGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GATAGCCACTCAGGGCCACCAAGATCAGAGCATCCGCATCCAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119227 GATAGCCACTCAGGGCCACCAAGATCAGAGCATCCGCATCCAGAGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783     GATGCTGCCCAGGAACTGCCAGATGCTGCTTTTCTCCGCCACCTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119277 .CAGGATGCTGCCCAGGAACTGCCAGATGCTGCTTTTCTCCGCCACCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAGACTCTGTGTGGAAGTTTGCCCAGAAAGTGGTCCCAGACCCAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119679 GAAGACTCTGTGTGGAAGTTTGCCCAGAAAGTGGTCCCAGACCCAAATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TATCAAACTGAAGCGTGAGGAAGAGACCCTGGATACCATCAAGCAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119729 TATCAAACTGAAGCGTGAGGAAGAGACCCTGGATACCATCAAGCAGTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGTCCTGTGCAGCAGCAGAGACGAGAAGTTCCAGGCCTTGTGTAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119779 ATGTCCTGTGCAGCAGCAGAGACGAGAAGTTCCAGGCCTTGTGTAACCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TACGGGGCCATCACCATTGCTCAAGCCATGATCTTCTGCCAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119829 TACGGGGCCATCACCATTGCTCAAGCCATGATCTTCTGCCATGTG...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021  ACTCGCAAAACAGCTAGTTGGCTGGCAGCAGAGCTCTCAAAAGAAGGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123231 GACTCGCAAAACAGCTAGTTGGCTGGCAGCAGAGCTCTCAAAAGAAGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACCAGGTGGCTCTGCTGAGTGGGGAGATGATGGTGGAGCAGAGGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123281 ACCAGGTGGCTCTGCTGAGTGGGGAGATGATGGTGGAGCAGAGGGCTGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGATTGAGCGCTTCCGAGAGGGCAAAGAGAAGGTTTTGGTGACCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123331 GTGATTGAGCGCTTCCGAGAGGGCAAAGAGAAGGTTTTGGTGACCACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGTGTGTGCCCGCG         GCATTGATGTTGAACAAGTGTCTGTCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 123381 CGTGTGTGCCCGCGGTG...CAGGCATTGATGTTGAACAAGTGTCTGTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCATCAACTTTGATCTTCCCGTGGACAAGGACGGGAATCCTGACAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124408 TCATCAACTTTGATCTTCCCGTGGACAAGGACGGGAATCCTGACAATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACCTACCTGCACCGGATCGGGCGCACGGGCCGCTTTGGCAAGAGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124458 ACCTACCTGCACCGGATCGGGCGCACGGGCCGCTTTGGCAAGAGGGGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCAGTGAACATGGTGGACAGCAAGCACAGCATGAACATCCTGAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124508 GGCAGTGAACATGGTGGACAGCAAGCACAGCATGAACATCCTGAACAGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCCAGGAGCATTTTA         ATAAGAAGATAGAAAGATTGGACACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 124558 TCCAGGAGCATTTTAGTG...CAGATAAGAAGATAGAAAGATTGGACACA

   1500     .    :    .    :    .    :
   1402 GATGATTTGGACGAGATTGAGAAAATAGCCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 124960 GATGATTTGGACGAGATTGAGAAAATAGCCAAC