seq1 = pF1KE5650.tfa, 1494 bp
seq2 = pF1KE5650/gi568815587f_61855135.tfa (gi568815587f:61855135_62062894), 207760 bp

>pF1KE5650 1494
>gi568815587f:61855135_62062894 (Chr11)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-301  (100584-100817)   100% ->
302-456  (101710-101864)   100% ->
457-534  (102253-102330)   100% ->
535-687  (103012-103164)   100% ->
688-839  (104758-104909)   100% ->
840-1478  (107121-107759)   99% ->
1479-1494  (108970-108985)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGAGAAACTGACTCTGTATTGCGACAGCTACATCCAGCTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGAGAAACTGACTCTGTATTGCGACAGCTACATCCAGCTCATCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTTCCTTCGTGCTGG         GCTTCTACGTGACGCTGGTCGTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTTCCTTCGTGCTGGGTG...CAGGCTTCTACGTGACGCTGGTCGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCGCTGGTGGAACCAGTACGAGAACCTGCCGTGGCCCGACCGCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100608 CCCGCTGGTGGAACCAGTACGAGAACCTGCCGTGGCCCGACCGCCTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCTGGTGTCGGGCTTCGTCGAAGGCAAGGACGAGCAAGGCCGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100658 AGCCTGGTGTCGGGCTTCGTCGAAGGCAAGGACGAGCAAGGCCGGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGGCGCACGCTCATCCGCTACGCCAACCTGGGCAACGTGCTCATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100708 GCGGCGCACGCTCATCCGCTACGCCAACCTGGGCAACGTGCTCATCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGCGTCAGCACCGCAGTCTACAAGCGCTTCCCCAGCGCCCAGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100758 GCAGCGTCAGCACCGCAGTCTACAAGCGCTTCCCCAGCGCCCAGCACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGCAAGCAG         GCTTTATGACTCCGGCAGAACACAAGCAGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100808 GTGCAAGCAGGTG...CAGGCTTTATGACTCCGGCAGAACACAAGCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGAAACTGAGCCTACCACACAACATGTTCTGGGTGCCCTGGGTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101741 GGAGAAACTGAGCCTACCACACAACATGTTCTGGGTGCCCTGGGTGTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCCAACCTGTCAATGAAGGCGTGGCTTGGAGGTCGAATCCGGGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101791 TTGCCAACCTGTCAATGAAGGCGTGGCTTGGAGGTCGAATCCGGGACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCCTGCTCCAGAGCCTGCTGAAC         GAGATGAACACCTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101841 ATCCTGCTCCAGAGCCTGCTGAACGTG...CAGGAGATGAACACCTTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTCAGTGTGGACACCTGTATGCCTACGACTGGATTAGTATCCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102270 TACTCAGTGTGGACACCTGTATGCCTACGACTGGATTAGTATCCCACTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTATACACAG         GTGGTGACTGTGGCGGTGTACAGCTTCTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102320 TGTATACACAGGTG...CAGGTGGTGACTGTGGCGGTGTACAGCTTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGACTTGTCTAGTTGGGCGGCAGTTTCTGAACCCAGCCAAGGCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103042 CTGACTTGTCTAGTTGGGCGGCAGTTTCTGAACCCAGCCAAGGCCTACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGCCATGAGCTGGACCTCGTTGTGCCCGTCTTCACGTTCCTGCAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103092 TGGCCATGAGCTGGACCTCGTTGTGCCCGTCTTCACGTTCCTGCAGTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTTCTATGTTGGCTGGCTGAAG         GTGTCCCTGTTGGCTGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103142 TCTTCTATGTTGGCTGGCTGAAGGTG...CAGGTGTCCCTGTTGGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATGAGATGCACCAGGACCTGCCTCGGATGGAGCCGGACATGTACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104776 GATGAGATGCACCAGGACCTGCCTCGGATGGAGCCGGACATGTACTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAAGCCCGAGCCACAGCCCCCCTACACAGCTGCTTCCGCCCAGTTCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104826 TAAGCCCGAGCCACAGCCCCCCTACACAGCTGCTTCCGCCCAGTTCCGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GAGCCTCCTTTATGGGCTCCACCTTCAACATCAG         CCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104876 GAGCCTCCTTTATGGGCTCCACCTTCAACATCAGGTG...CAGCCTGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAGAGGAGATGGAGTTCCAGCCCAATCAGGAGGACGAGGAGGATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107128 AAAGAGGAGATGGAGTTCCAGCCCAATCAGGAGGACGAGGAGGATGCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGCTGGCATCATTGGCCGCTTCCTAGGCCTGCAGTCCCATGATCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107178 CGCTGGCATCATTGGCCGCTTCCTAGGCCTGCAGTCCCATGATCACCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTCCCAGGGCAAACTCAAGGACCAAACTACTGTGGCCCAAGAGGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107228 CTCCCAGGGCAAACTCAAGGACCAAACTACTGTGGCCCAAGAGGGAATCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTTCTCCACGAGGGCCTGCCCAAAAACCACAAGGCAGCCAAACAGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107278 CTTCTCCACGAGGGCCTGCCCAAAAACCACAAGGCAGCCAAACAGAACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TAGGGGCCAGGAAGACAACAAGGCCTGGAAGCTTAAGGCTGTGGACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107328 TAGGGGCCAGGAAGACAACAAGGCCTGGAAGCTTAAGGCTGTGGACGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCAAGTCTGCCCCACTGTATCAGAGGCCAGGCTACTACAGTGCCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107378 TCAAGTCTGCCCCACTGTATCAGAGGCCAGGCTACTACAGTGCCCCACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACACCCCTCAGCCCCACTCCCATGTTCTTCCCCCTAGAACCATCAGCGCC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107428 ACGCCCCTCAGCCCCACTCCCATGTTCTTCCCCCTAGAACCATCAGCGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GTCAAAGCTTCACAGTGTCACAGGCATAGACACCAAAGACAAAAGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107478 GTCAAAGCTTCACAGTGTCACAGGCATAGACACCAAAGACAAAAGCTTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGACTGTGAGTTCTGGGGCCAAGAAAAGTTTTGAATTGCTCTCAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107528 AGACTGTGAGTTCTGGGGCCAAGAAAAGTTTTGAATTGCTCTCAGAGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GATGGGGCCTTGATGGAGCACCCAGAAGTATCTCAAGTGAGGAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107578 GATGGGGCCTTGATGGAGCACCCAGAAGTATCTCAAGTGAGGAGGAAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGTGGAGTTTAACCTGACGGATATGCCAGAGATCCCCGAAAATCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107628 TGTGGAGTTTAACCTGACGGATATGCCAGAGATCCCCGAAAATCACCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AAGAACCTTTGGAACAATCACCAACCAACATACACACTACACTCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107678 AAGAACCTTTGGAACAATCACCAACCAACATACACACTACACTCAAAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CACATGGATCCTTATTGGGCCTTGGAAAACAG         GGATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107728 CACATGGATCCTTATTGGGCCTTGGAAAACAGGTC...TAGGGATGAAGC

   1550     .
   1488 ACATTCC
        |||||||
 108979 ACATTCC