seq1 = pF1KE5649.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KE5649/gi568815579r_40743799.tfa (gi568815579r:40743799_40950426), 206628 bp

>pF1KE5649 1482
>gi568815579r:40743799_40950426 (Chr19)

(complement)

1-180  (100001-100180)   98% ->
181-343  (100447-100609)   100% ->
344-493  (101664-101813)   100% ->
494-654  (102048-102208)   100% ->
655-831  (103376-103552)   99% ->
832-973  (104330-104471)   100% ->
974-1161  (104946-105133)   100% ->
1162-1303  (105655-105796)   99% ->
1304-1482  (106450-106628)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCCTCAGGGATGCTTCTGGTGGCCTTGCTGGTCTGCCTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCCTCAGGGATGCTTCTGGTGGCCTTGCTGGTCTGCCTGACTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGGTCTTGATGTCTGTTTGGCAGCAGAGGAAGAGCAAGGGGAAGCTGC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATGGTCTTGATGTCTGTTTGGCAGCAGAGGAAGAGCAAGGGGAAGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCGGGACCCACCCCATTGCCCTTCATTGGAAACTACCTGCAACTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100101 CTCCGGGACCCACCCCATTGCCCTTCATTGGAAACTACCTGCAGCTGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGAGCAGATGTACAACTCCCTCATGAAG         ATCAGTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 ACAGAGCAGATGTACAACTCCCTCATGAAGGTG...CAGATCAGTGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATGGCCCCGTGTTCACCATTCACTTGGGGCCCCGGCGGGTCGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100458 CTATGGCCCCGTGTTCACCATTCACTTGGGGCCCCGGCGGGTCGTGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGTGGACATGATGCCGTCAGGGAGGCTCTGGTGGACCAGGCTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100508 TGTGTGGACATGATGCCGTCAGGGAGGCTCTGGTGGACCAGGCTGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCAGCGGGCGAGGCGAGCAAGCCACCTTCGACTGGGTCTTCAAAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100558 TTCAGCGGGCGAGGCGAGCAAGCCACCTTCGACTGGGTCTTCAAAGGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TG         GCGTGGTATTCAGCAACGGGGAGCGCGCCAAGCAGCTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100608 TGGTG...CAGGCGTGGTATTCAGCAACGGGGAGCGCGCCAAGCAGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCGCTTCTCCATCGCCACCCTGCGGGACTTCGGGGTGGGCAAGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101703 GGCGCTTCTCCATCGCCACCCTGCGGGACTTCGGGGTGGGCAAGCGAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCGAGGAGCGCATCCAGGAGGAGGCGGGCTTCCTCATCGACGCCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101753 ATCGAGGAGCGCATCCAGGAGGAGGCGGGCTTCCTCATCGACGCCCTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGCACTGGCG         GCGCCAATATCGATCCCACCTTCTTCCTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101803 GGGCACTGGCGGTG...CAGGCGCCAATATCGATCCCACCTTCTTCCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCGCACAGTCTCCAATGTCATCAGCTCCATTGTCTTTGGGGACCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102078 GCCGCACAGTCTCCAATGTCATCAGCTCCATTGTCTTTGGGGACCGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACTATAAGGACAAAGAGTTCCTGTCACTGTTGCGCATGATGCTAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102128 GACTATAAGGACAAAGAGTTCCTGTCACTGTTGCGCATGATGCTAGGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTCCAGTTCACGTCAACCTCCACGGGGCAG         CTCTATGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102178 CTTCCAGTTCACGTCAACCTCCACGGGGCAGGTA...CAGCTCTATGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTCTCTTCGGTGATGAAACACCTGCCAGGACCACAGCAACAGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103386 TGTTCTCTTCGGTGATGAAACACCTGCCAGGACCACAGCAACAGGCCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGTTGCTGCAAGGGCTGGAGGACTTCATAGCCAAGAAGGTGGAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103436 CAGTTGCTGCAAGGGCTGGAGGACTTCATAGCCAAGAAGGTGGAGCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCAGCGTACGCTGGATCCCAATTCCCCACGGGACTTCATTGACTCCTTTC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103486 CCAGCGCACGCTGGATCCCAATTCCCCACGGGACTTCATTGACTCCTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCATCCGCATGCAGGAG         GAGGAGAAGAACCCCAACACGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103536 TCATCCGCATGCAGGAGGTA...CAGGAGGAGAAGAACCCCAACACGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCTACTTGAAAAACCTGGTGATGACCACGTTGAACCTCTTCATTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104354 TTCTACTTGAAAAACCTGGTGATGACCACGTTGAACCTCTTCATTGGGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACCGAGACCGTCAGCACCACCCTGCGCTATGGCTTCTTGCTGCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104404 CACCGAGACCGTCAGCACCACCCTGCGCTATGGCTTCTTGCTGCTCATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCACCCAGAGGTGGAGG         CCAAGGTCCATGAGGAGATTGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104454 AGCACCCAGAGGTGGAGGGTA...CAGCCAAGGTCCATGAGGAGATTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAGTGATCGGCAAGAACCGGCAGCCCAAGTTTGAGGACCGGGCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104969 AGAGTGATCGGCAAGAACCGGCAGCCCAAGTTTGAGGACCGGGCCAAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCCTACATGGAGGCAGTGATCCACGAGATCCAAAGATTTGGAGACGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105019 GCCCTACATGGAGGCAGTGATCCACGAGATCCAAAGATTTGGAGACGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCCCCATGAGTTTGGCCCGCAGAGTCAAAAAGGACACCAAGTTTCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105069 TCCCCATGAGTTTGGCCCGCAGAGTCAAAAAGGACACCAAGTTTCGGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTCTTCCTCCCTAAG         GGCACCGAAGTGTACCCTATGCTGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105119 TTCTTCCTCCCTAAGGTG...CAGGGCACCGAAGTGTACCCTATGCTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTCTGTGCTGAGAGACCCCAGTTTCTTCTCCAACCCCCAGGACTTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105681 CTCTGTGCTGAGAGACCCCAGTTTCTTCTCCAACCCCCAGGACTTCAATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCCAGCATTTCCTGAATGAGAAGGGGCAGTTTAAGAAGAGTGATGCTTTT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105731 CCCAGCACTTCCTGAATGAGAAGGGGCAGTTTAAGAAGAGTGATGCTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTGCCCTTTTCCATCG         GAAAGCGGAACTGTTTCGGAGAAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105781 GTGCCCTTTTCCATCGGTA...CAGGAAAGCGGAACTGTTTCGGAGAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGGCCAGAATGGAGCTCTTTCTCTTCTTCACCACCGTCATGCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106475 CCTGGCCAGAATGGAGCTCTTTCTCTTCTTCACCACCGTCATGCAGAACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCCGCCTCAAGTCCTCCCAGTCACCTAAGGACATTGACGTGTCCCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106525 TCCGCCTCAAGTCCTCCCAGTCACCTAAGGACATTGACGTGTCCCCCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CACGTGGGCTTTGCCACGATCCCACGAAACTACACCATGAGCTTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106575 CACGTGGGCTTTGCCACGATCCCACGAAACTACACCATGAGCTTCCTGCC

   1550 
   1479 CCGC
        ||||
 106625 CCGC