seq1 = pF1KE5648.tfa, 1455 bp
seq2 = pF1KE5648/gi568815581r_64377826.tfa (gi568815581r:64377826_64596968), 219143 bp

>pF1KE5648 1455
>gi568815581r:64377826_64596968 (Chr17)

(complement)

1-562  (100001-100562)   100% ->
563-689  (103948-104074)   100% ->
690-795  (104197-104302)   100% ->
796-969  (106000-106173)   100% ->
970-1110  (111101-111241)   100% ->
1111-1191  (113970-114050)   100% ->
1192-1292  (116580-116680)   99% ->
1293-1455  (118981-119143)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCTCTCGTGTAGCCGTCAGGGCCTGCCATAAGGTCTGCAGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCTCTCGTGTAGCCGTCAGGGCCTGCCATAAGGTCTGCAGGTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGTCTGGGTTTGGGGGTCGAGTAGATGCGGGGCAGCCGGAGCTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTGTCTGGGTTTGGGGGTCGAGTAGATGCGGGGCAGCCGGAGCTGTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAAAGGAGTAGCCCCAAAGGAGGGCATGTGAAGTCGCACGCGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAAAGGAGTAGCCCCAAAGGAGGGCATGTGAAGTCGCACGCGGAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGGGAACGGCGAGCACCCAGAAGCCCCCGGGTCTGGAGAGGGAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGGGAACGGCGAGCACCCAGAAGCCCCCGGGTCTGGAGAGGGAAGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGCTGTTAGAGATCTGTCAGAGAAGGCATTTCCTAAGTGGAAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCGCTGTTAGAGATCTGTCAGAGAAGGCATTTCCTAAGTGGAAGCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCAGCTTAGCCGGGATTCTCTTCTGAGTGGGTGCCACCCCGGCTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCAGCTTAGCCGGGATTCTCTTCTGAGTGGGTGCCACCCCGGCTTCGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCTTGGGCGTAGAGTTGCGGAAGAACCTGGCCGCAGAATGGTGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCTTGGGCGTAGAGTTGCGGAAGAACCTGGCCGCAGAATGGTGGACCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGTGGTGTTCAGGGAGCAGGTATTCCCGGTGGACGCCCTCCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGTGGTGTTCAGGGAGCAGGTATTCCCGGTGGACGCCCTCCACCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AACCAGGCCCTTTGCTACCCGGGGACAGTGCCTTCAGGTTAGTTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AACCAGGCCCTTTGCTACCCGGGGACAGTGCCTTCAGGTTAGTTTCTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAACTCTACGCGAAATCTTGCAAGACAAAGAGCTGAGTAAGGAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAACTCTACGCGAAATCTTGCAAGACAAAGAGCTGAGTAAGGAACAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTAGCATTTCTTGAGAACGTATTAAAAACTTCTGGGAAACTACGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGTAGCATTTCTTGAGAACGTATTAAAAACTTCTGGGAAACTACGGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCTTCTTCACG         GTGCCTTGGAACACTATGTTAATTGCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCTTCTTCACGGTA...CAGGTGCCTTGGAACACTATGTTAATTGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GATCTGGTAAACAAGAGGCTACCTTATGGCCTTGCTCAGATTGGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103977 GATCTGGTAAACAAGAGGCTACCTTATGGCCTTGCTCAGATTGGAGTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTTTCATCCTGTTTTTGACACTAAGCAGATACGAAATGGTGTTAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104027 TTTTCATCCTGTTTTTGACACTAAGCAGATACGAAATGGTGTTAAAAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690        TATTGGTGAGAAGACTGAAGCTTCGTTAGTATGGTTTACTCCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104077 A...AAGTATTGGTGAGAAGACTGAAGCTTCGTTAGTATGGTTTACTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCGAGAACTTCAAACCAGTGGCTTGATTTCTGGTTACGTCATCGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104240 CCGAGAACTTCAAACCAGTGGCTTGATTTCTGGTTACGTCATCGACTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GTGGTGGAGAAAG         TTTGCCATGAGTCCATCTAACTTCAGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104290 GTGGTGGAGAAAGGTA...CAGTTTGCCATGAGTCCATCTAACTTCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCAGTGACTGTCAGGATGAAGAAGGCCGGAAAGGAAACAAACTTTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106028 GCAGTGACTGTCAGGATGAAGAAGGCCGGAAAGGAAACAAACTTTACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AATTTTCCCTGGGGAAAGGAGTTAATAGAAACCCTGTGGAACCTAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106078 AATTTTCCCTGGGGAAAGGAGTTAATAGAAACCCTGTGGAACCTAGGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TCACGAACTTTTACACATGTATCCTGGCAATGTGTCTAAATTACAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106128 TCACGAACTTTTACACATGTATCCTGGCAATGTGTCTAAATTACATGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970      GGCCGAGATGGACGAAAAAATGTGGTTCCTTGTGTTCTCTCTGTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106178 ..AAGGGCCGAGATGGACGAAAAAATGTGGTTCCTTGTGTTCTCTCTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AATGGGGACCTAGACCGAGGCATGCTGGCCTACCTCTATGATTCTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111146 AATGGGGACCTAGACCGAGGCATGCTGGCCTACCTCTATGATTCTTTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCTGACAGAGAACTCCTTTACAAGAAAGAAAAATCTTCATAGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111196 GCTGACAGAGAACTCCTTTACAAGAAAGAAAAATCTTCATAGAAAGGTG.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111      GTACTTAAACTTCACCCTTGTTTAGCCCCTATTAAGGTTGCTTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111246 ..TAGGTACTTAAACTTCACCCTTGTTTAGCCCCTATTAAGGTTGCTTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GATGTAGGAAGAGGCCCCACATTGGAACTAAGACAG         GTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114015 GATGTAGGAAGAGGCCCCACATTGGAACTAAGACAGGTG...TAGGTTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCAAGGGCTATTTAATGAGTTACTAGAAAATGGGATTTCTGTGTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116585 TCAAGGGCTATTTAATGAGTTACTAGAAAATGGGATTTCTGTGTGGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTTATTTGGAAACTATGCAGTCCTCATTGGAACAACTTTATTCGAA    
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116635 GTTATTTGGAAACTATGCAGTCCTCATTGGAACAACTTTATTCGAAGTA.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293      GTATGATGAAATGAGTATTCTCTTCACAGTTTTGGTTACTGAAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116685 ..TAGGTATGATGAAATGAGTATTCTCTTCACAGTTTTGGTTACTGAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TACTTTGGAGAATGGATTAATACATCTGAGAAGCAGAGACACCACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119026 TACTTTGGAGAATGGATTAATACATCTGAGAAGCAGAGACACCACAATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGGAAATGATGCATATATCCAAATTAAAAGACTTTTTGATTAAGTATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119076 AGGAAATGATGCATATATCCAAATTAAAAGACTTTTTGATTAAGTATATA

   1500     .    :    .
   1438 TCATCAGCTAAGAATGTA
        ||||||||||||||||||
 119126 TCATCAGCTAAGAATGTA