seq1 = pF1KE5646.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KE5646/gi568815592r_149405534.tfa (gi568815592r:149405534_149646005), 240472 bp

>pF1KE5646 1476
>gi568815592r:149405534_149646005 (Chr6)

(complement)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-138  (104420-104487)   100% ->
139-203  (104575-104639)   100% ->
204-321  (104947-105064)   100% ->
322-464  (110268-110410)   100% ->
465-561  (111232-111328)   100% ->
562-678  (112432-112548)   99% ->
679-803  (119230-119354)   100% ->
804-870  (120797-120863)   100% ->
871-982  (124835-124946)   100% ->
983-1079  (128556-128652)   100% ->
1080-1227  (133704-133851)   100% ->
1228-1476  (140302-140550)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTTCTACTGGAGACCACTTTAGGCGACGTCGTCATCGACTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTTCTACTGGAGACCACTTTAGGCGACGTCGTCATCGACTTGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGAAGAACGGCCGCGTG         CCTGCTTGAATTTCTTGAAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CACCGAAGAACGGCCGCGTGGTG...CAGCCTGCTTGAATTTCTTGAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTGCAAAATAAAATATTACAATTATTGCCTTATTCACAATGTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104441 TGTGCAAAATAAAATATTACAATTATTGCCTTATTCACAATGTACAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       AGGGATTTTATCATACAAACTGGCGATCCTACAGGGACTGGCCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104491 ...CAGAGGGATTTTATCATACAAACTGGCGATCCTACAGGGACTGGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGAGGAGAGTCTATCTTTGG         CCAACTGTATGGTGATCAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104619 TGGAGGAGAGTCTATCTTTGGGTA...CAGCCAACTGTATGGTGATCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAAGCTTTTTTGAGGCAGAAAAAGTCCCAAGAATTAAGCACAAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104967 CAAGCTTTTTTGAGGCAGAAAAAGTCCCAAGAATTAAGCACAAGAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCACAGTGTCCATGGTGAATAATGGCAGTGATCAACATGGATCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105017 GGCACAGTGTCCATGGTGAATAATGGCAGTGATCAACATGGATCTCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        TTTCTTATCACCACAGGAGAAAATCTAGATTATCTTGATGGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105067 T...TAGTTTCTTATCACCACAGGAGAAAATCTAGATTATCTTGATGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCCATACGGTGTTTGGTGAGGTGACAGAAGGCATGGACATAATTAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110311 TCCATACGGTGTTTGGTGAGGTGACAGAAGGCATGGACATAATTAAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTAATGAGACCTTTGTTGACAAGGACTTTGTACCATATCAGGATATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110361 ATTAATGAGACCTTTGTTGACAAGGACTTTGTACCATATCAGGATATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465          GATAAATCATACGGTGATTTTAGATGATCCATTTGATGACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110411 GTA...AAGGATAAATCATACGGTGATTTTAGATGATCCATTTGATGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCCTGATTTATTAATCCCTGATCGATCACCAGAACCTACAAGGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111273 CTCCTGATTTATTAATCCCTGATCGATCACCAGAACCTACAAGGGAACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTAGAT         AGTGGTCGAATAGGGGCAGATGAAGAAATTGATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 111323 TTAGATGTA...CAGAGTGGTCGAATAGGAGCAGATGAAGAAATTGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTTCAAAGGAAGATCAGCTGAGGAAGTAGAAGAAATAAAGGCAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112467 TTTCAAAGGAAGATCAGCTGAGGAAGTAGAAGAAATAAAGGCAGAAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGCTAAAACTCAGGCTATACTTTTGGAGATG         GTGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112517 AGGCTAAAACTCAGGCTATACTTTTGGAGATGGTA...TAGGTGGGAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTACCTGATGCAGATATTAAACCTCCAGAAAATGTACTGTTTGTGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119239 CTACCTGATGCAGATATTAAACCTCCAGAAAATGTACTGTTTGTGTGTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATTGAACCCAGTGACCACAGATGAGGATCTGGAAATAATATTCTCTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119289 ATTGAACCCAGTGACCACAGATGAGGATCTGGAAATAATATTCTCTAGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGGGCCAATAAGAAG         TTGTGAAGTTATCCGAGACTGGAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119339 TTGGGCCAATAAGAAGGTA...CAGTTGTGAAGTTATCCGAGACTGGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACAGGAGAGTCCCTCTGTTACGCTTTTATTGAATTTGAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120822 ACAGGAGAGTCCCTCTGTTACGCTTTTATTGAATTTGAAAAGGTA...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871  GAAGAAGATTGTGAGAAAGCATTCTTCAAAATGGACAATGTGCTTATAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124834 GGAAGAAGATTGTGAGAAAGCATTCTTCAAAATGGACAATGTGCTTATAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATGACAGAAGAATACATGTGGATTTTAGCCAGTCGGTTGCAAAGGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124884 ATGACAGAAGAATACATGTGGATTTTAGCCAGTCGGTTGCAAAGGTTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGGAAAGGAAAAG         GTGGGAAATACACCAAGAGTGATTTCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 124934 TGGAAAGGAAAAGGTA...TAGGTGGGAAATACACCAAGAGTGATTTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGAGTATGAAAAAGAACAGGATAAACCACCTAATTTGGTTCTGAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128584 GGAGTATGAAAAAGAACAGGATAAACCACCTAATTTGGTTCTGAAAGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAGTAAAGCCCAAACAGGA         TACAAAATACGATCTTATATTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128634 AAGTAAAGCCCAAACAGGAGTA...CAGTACAAAATACGATCTTATATTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GATGAGCAGGCCGAAGACTCAAAATCAAGTCACTCACACACAAGTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133726 GATGAGCAGGCCGAAGACTCAAAATCAAGTCACTCACACACAAGTAAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ACACAAGAAGAAAACCCATCACTGTTCTGAAGAGAAAGAAGATGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133776 ACACAAGAAGAAAACCCATCACTGTTCTGAAGAGAAAGAAGATGAGGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ACATGCCAATCAAAAATACTAATCAG         GATATCTATAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 133826 ACATGCCAATCAAAAATACTAATCAGGTA...CAGGATATCTATAGAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATGGGGTTTGGTCACTATGAAGAAGAAGAAAGCTGTTGGGAGAAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140317 ATGGGGTTTGGTCACTATGAAGAAGAAGAAAGCTGTTGGGAGAAACAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAGTGAAAAGAGAGACCGAACTCAGAACCGAAGTCGTAGCCGATCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140367 GAGTGAAAAGAGAGACCGAACTCAGAACCGAAGTCGTAGCCGATCTCGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGAGGGATGGCCATTATAGTAATAGTCATAAATCAAAATACCAAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140417 AGAGGGATGGCCATTATAGTAATAGTCATAAATCAAAATACCAAACAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTTTATGAAAGAGAAAGGAGTAAAAAGAGAGACCGAAGCAGAAGTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140467 CTTTATGAAAGAGAAAGGAGTAAAAAGAGAGACCGAAGCAGAAGTCCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :
   1443 GAAGTCCAAAGATAAAGAAAAATCTAAGTATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140517 GAAGTCCAAAGATAAAGAAAAATCTAAGTATAGA