seq1 = pF1KE5643.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KE5643/gi568815579r_57034921.tfa (gi568815579r:57034921_57238601), 203681 bp

>pF1KE5643 1416
>gi568815579r:57034921_57238601 (Chr19)

(complement)

9-142  (99998-100130)   98% ->
143-241  (101631-101729)   100% ->
242-1416  (102507-103681)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 TTCCCAGGGAAGAGTGACCTTCGAGGATGTCACTGTGAACTTCACCCAGG
        || |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TTAC AGGGAAGAGTGACCTTCGAGGATGTCACTGTGAACTTCACCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 GGGAGTGGCAGCGGCTGAATCCCGAACAGAGAAACTTGTACAGGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 GGGAGTGGCAGCGGCTGAATCCCGAACAGAGAAACTTGTACAGGGATGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 ATGCTGGAGAATTACAGCAACCTTGTCTCTGTGG         GACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100097 ATGCTGGAGAATTACAGCAACCTTGTCTCTGTGGGTA...CAGGACAAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GGAAACCACCAAACCCGATGTGATCTTGAGGTTGGAACAAGGAAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101638 GGAAACCACCAAACCCGATGTGATCTTGAGGTTGGAACAAGGAAAGGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 CATGGTTGGAGGAAGAGGAAGTGCTGGGAAGTGGCCGTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101688 CATGGTTGGAGGAAGAGGAAGTGCTGGGAAGTGGCCGTGCAGGTA...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242  AAAAAAATGGGGACATTGGAGGGCAGATTTGGAAGCCAAAGGATGTGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102506 GAAAAAAATGGGGACATTGGAGGGCAGATTTGGAAGCCAAAGGATGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 AGAGAGTCTCGCAAGAGAAGTCCCATCAATCAATAAGGAAACGCTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 AGAGAGTCTCGCAAGAGAAGTCCCATCAATCAATAAGGAAACGCTGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 CGCAGAAAGGTGTAGAATGTGACGGATCTAAGAAAATACTTCCACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 CGCAGAAAGGTGTAGAATGTGACGGATCTAAGAAAATACTTCCACTGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 ATAGATGATGTATCTTCCTTGCAACACTATGTACAAAATAATTCTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102656 ATAGATGATGTATCTTCCTTGCAACACTATGTACAAAATAATTCTCACGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 TGATAATGGATACAGAAAATTAGTTGGCAATAATCCATCCAAATTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102706 TGATAATGGATACAGAAAATTAGTTGGCAATAATCCATCCAAATTTGTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 GACAACAACTGAAATGTAATGCCTGTAGAAAGTTATTCAGTTCAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102756 GACAACAACTGAAATGTAATGCCTGTAGAAAGTTATTCAGTTCAAAGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541 CGCCTTCAAAGTCACCTGAGGAGGCATGCCTGTCAAAAACCCTTTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102806 CGCCTTCAAAGTCACCTGAGGAGGCATGCCTGTCAAAAACCCTTTGAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591 TCATAGCTGTGGAAGAGCATTCGGGGAGAAGTGGAAGCTTGATAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102856 TCATAGCTGTGGAAGAGCATTCGGGGAGAAGTGGAAGCTTGATAAACATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 AGAAAACTCACGCAGAGGAAAGGCCCTATAAATGTGAGAACTGTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102906 AGAAAACTCACGCAGAGGAAAGGCCCTATAAATGTGAGAACTGTGGAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 GCCTACAAGCAGAAGTCAAATCTCTTTCAACATCAGAAAATGCATACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102956 GCCTACAAGCAGAAGTCAAATCTCTTTCAACATCAGAAAATGCATACTAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 AGAGAAACCCTATCAGTGTAAGACATGTGGAAAAGCCTTTTCCTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103006 AGAGAAACCCTATCAGTGTAAGACATGTGGAAAAGCCTTTTCCTGGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791 CATCCTGCATTAATCATGAGAAAATTCATAATGCCAAGAAATCCTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103056 CATCCTGCATTAATCATGAGAAAATTCATAATGCCAAGAAATCCTATCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 TGTAATGAATGTGAGAAATCCTTCAGGCAGAACTCAACCCTCATTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103106 TGTAATGAATGTGAGAAATCCTTCAGGCAGAACTCAACCCTCATTCAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891 TAAAAAAGTTCACACTGGACAAAAACCCTTTCAATGTACGGACTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103156 TAAAAAAGTTCACACTGGACAAAAACCCTTTCAATGTACGGACTGTGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 AGGCTTTCATTTACAAGTCAGATCTTGTGAAACACCAGAGAATACACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103206 AGGCTTTCATTTACAAGTCAGATCTTGTGAAACACCAGAGAATACACACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991 GGAGAGAAACCCTATAAATGTAGCATATGTGAGAAGGCCTTTTCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103256 GGAGAGAAACCCTATAAATGTAGCATATGTGAGAAGGCCTTTTCCCAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1041 ATCCAATGTCATCGATCATGAGAAAATTCACACTGGGAAGAGAGCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103306 ATCCAATGTCATCGATCATGAGAAAATTCACACTGGGAAGAGAGCTTATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 AGTGTGATCTATGTGGAAATACCTTTATCCAGAAGAAAAACCTCATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103356 AGTGTGATCTATGTGGAAATACCTTTATCCAGAAGAAAAACCTCATTCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 CATAAAAAAATCCATACTGGGGAAAAGCCCTATGAATGTAACAGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103406 CATAAAAAAATCCATACTGGGGAAAAGCCCTATGAATGTAACAGATGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 AAAAGCCTTCTTTCAGAAGTCAAACCTTCATAGCCATCAGAAAACTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103456 AAAAGCCTTCTTTCAGAAGTCAAACCTTCATAGCCATCAGAAAACTCATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 GCGGAGAGAGGACCTATAGATGTAGTGAATGTGGAAAAACCTTCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103506 GCGGAGAGAGGACCTATAGATGTAGTGAATGTGGAAAAACCTTCATCCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1291 AAATTAAACCTTAGTTTGCATAAAAAAACCCATACTGGACAAAAACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103556 AAATTAAACCTTAGTTTGCATAAAAAAACCCATACTGGACAAAAACCTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1341 TGGATGTTCTGAATGCGGTAAAGCCTTCGCTGACAGGTCATACCTTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103606 TGGATGTTCTGAATGCGGTAAAGCCTTCGCTGACAGGTCATACCTTGTTA

   1400     .    :    .    :    .
   1391 GGCACCAGAAAAGAATTCACTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||
 103656 GGCACCAGAAAAGAATTCACTCCAGA