seq1 = pF1KE5641.tfa, 1749 bp
seq2 = pF1KE5641/gi568815583r_75368772.tfa (gi568815583r:75368772_75627264), 258493 bp

>pF1KE5641 1749
>gi568815583r:75368772_75627264 (Chr15)

(complement)

1-33  (48519-48551)   100% ->
34-177  (100004-100147)   100% ->
178-267  (102967-103056)   100% ->
268-392  (104020-104144)   100% ->
393-498  (109901-110006)   99% ->
499-609  (118238-118348)   100% ->
610-938  (121262-121590)   99% ->
939-1032  (136964-137057)   100% ->
1033-1099  (147351-147417)   100% ->
1100-1178  (153498-153576)   100% ->
1179-1329  (156435-156585)   100% ->
1330-1537  (157266-157473)   100% ->
1538-1749  (158282-158493)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGGAGCTGACCCCGGAGGAGGAGCAG         GCTACCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  48519 ATGGCGCCGGAGCTGACCCCGGAGGAGGAGCAGGTA...CAGGCTACCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGTTTCTCGAAGAGATTAACAAGTGGACAGTTCAGTACAATGTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 GCAGTTTCTCGAAGAGATTAACAAGTGGACAGTTCAGTACAATGTTTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCTGTCTTGGAATGTGGCTGTCAAGTTCCTCATGGCAAGGAAGTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 CGCTGTCTTGGAATGTGGCTGTCAAGTTCCTCATGGCAAGGAAGTTTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCTCCGTGCCATAGAATTGTTCCACTCCTACAGA         GAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100112 GTGCTCCGTGCCATAGAATTGTTCCACTCCTACAGAGTA...TAGGAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGAAGGAAGGAAGGCATTGTAAAGCTGAAACCTCATGAGGAACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102972 TCGAAGGAAGGAAGGCATTGTAAAGCTGAAACCTCATGAGGAACCTCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTTCTGAGATCCTCAGTGGAAAATTCACCATCTTA         AATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103022 GTTCTGAGATCCTCAGTGGAAAATTCACCATCTTAGTG...TAGAATGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGGGACCCAACAGGAGCCTCCATTGCCCTCTTTACTGCCAGGTTGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104026 CGGGACCCAACAGGAGCCTCCATTGCCCTCTTTACTGCCAGGTTGCATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCCCACAAGTCAGTCCAACATGTGGTACTTCAGGCTCTGTTTTACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104076 TCCCCACAAGTCAGTCCAACATGTGGTACTTCAGGCTCTGTTTTACTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGACAGAGCTGTGGATAG         CTTTGAAACTCAGAGGAATGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104126 TAGACAGAGCTGTGGATAGGTA...CAGCTTTGAAACTCAGAGGAATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGGTGTTTATCTATGACATGTGTGGTTCTAATTATGCCGACTTTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 109923 CTGGTGTTTATCTATGACATGTGTGGTTCTAATTATGCCAACTTTGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGATCTTGGCAAGAAAGTCCTAAACCTGCTGAAG         GGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109973 GGATCTTGGCAAGAAAGTCCTAAACCTGCTGAAGGTA...CAGGGAGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCCAGCTCGTTTGAAGAAGGTGCTGATTGTGGGGGCACCCATATGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118245 TTCCAGCTCGTTTGAAGAAGGTGCTGATTGTGGGGGCACCCATATGGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGAGTGCCCTATTCCATCATCAGTCTCCTCCTGAAGGACAAAGTCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118295 CGAGTGCCCTATTCCATCATCAGTCTCCTCCTGAAGGACAAAGTCCGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGG         ATTCAAATATTAAAGACATCTGAGGTCACGCAGCATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118345 GAGGGTA...CAGATTCAAATATTAAAGACATCTGAGGTCACGCAGCATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCCCAGGGAGTGTCTTCCAGAAAACCTGGGTGGGTACGTCAAAATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121299 TGCCCAGGGAGTGTCTTCCAGAAAACCTGGGTGGGTACGTCAAAATTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCGCCACTTGGAATTTCCAGTTCCTACCCCAGGTGAACGGCCACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121349 CTCGCCACTTGGAATTTCCAGTTCCTACCCCAGGTGAACGGCCACCCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCGCTTCGATGAGATCATCCTGTTCTCCCTCCCTCCTGCCTTAGACTGGG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121399 TCCCTTCGATGAGATCATCCTGTTCTCCCTCCCTCCTGCCTTAGACTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTCAGTACATGTTCCAGGTCCCCATGCTATGACCATCCAAGAGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121449 ACTCAGTACATGTTCCAGGTCCCCATGCTATGACCATCCAAGAGTTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTATGTTAATGCCAGGCAAAAGCAAGGAATCTATGAGGAATATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121499 GACTATGTTAATGCCAGGCAAAAGCAAGGAATCTATGAGGAATATGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATTCGTCGTGAGAACCCTGTTGGCACTTTCCACTGTTCCAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121549 CATTCGTCGTGAGAACCCTGTTGGCACTTTCCACTGTTCCATGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    939  GTCTCCAGGAAACCTAGAGAAAAACCGTTATGGGGATGTACCCTGCCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136963 GGTCTCCAGGAAACCTAGAGAAAAACCGTTATGGGGATGTACCCTGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACCAAACTAGAGTGAAGCTAACAAAGCGAAGTGGCCATACTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 137013 GACCAAACTAGAGTGAAGCTAACAAAGCGAAGTGGCCATACTCAGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033     ACAGATTACATCAATGCCAGTTTCATGGATGGCTACAAGCAGAAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137063 .TAGACAGATTACATCAATGCCAGTTTCATGGATGGCTACAAGCAGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGCTTACATTGGCACACAAG         GTCCTTTGGAGAATACCTAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 147397 ATGCTTACATTGGCACACAAGGTA...CAGGTCCTTTGGAGAATACCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGTGATTTCTGGCTCATGGTATGGGAGCAAAAAGTCTTGGTGATTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153518 CGTGATTTCTGGCTCATGGTATGGGAGCAAAAAGTCTTGGTGATTGTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GACCACCCG         CTTTGAGGAAGGCGGCAGGAGAAAGTGTGGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 153568 GACCACCCGGTG...CAGCTTTGAGGAAGGCGGCAGGAGAAAGTGTGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGTACTGGCCTTTAGAAAAAGACTCTCGGATCCGATTTGGCTTCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156467 AGTACTGGCCTTTAGAAAAAGACTCTCGGATCCGATTTGGCTTCCTCACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGACCAATCTAGGCGTGGAGAACATGAATCATTATAAGAAAACAACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156517 GTGACCAATCTAGGCGTGGAGAACATGAATCATTATAAGAAAACAACGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGAAATTCACAACACAGAG         GAACGGCAGAAACGCCAGGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 156567 AGAAATTCACAACACAGAGGTA...AAGGAACGGCAGAAACGCCAGGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCCACTTCCAGTTCTTGAGCTGGCCAGACTATGGTGTCCCTTCCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157288 CCCACTTCCAGTTCTTGAGCTGGCCAGACTATGGTGTCCCTTCCTCAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCTTCCCTCATTGACTTCTTGAGAGTGGTCAGAAACCAGCAGAGTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157338 GCTTCCCTCATTGACTTCTTGAGAGTGGTCAGAAACCAGCAGAGTCTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGTGAGCAACATGGGAGCACGCTCCAAAGGGCAGTGCCCTGAGCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157388 TGTGAGCAACATGGGAGCACGCTCCAAAGGGCAGTGCCCTGAGCCACCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTGTGGTCCATTGCAGTGCAGGCATTGGCAGGACAG         GTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 157438 TTGTGGTCCATTGCAGTGCAGGCATTGGCAGGACAGGTA...CAGGTACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCTGCTCACTGGACATCTGCCTGGCACAGCTGGAGGAGCTTGGCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158287 TTCTGCTCACTGGACATCTGCCTGGCACAGCTGGAGGAGCTTGGCACCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TAATGTGTTCCAGACGGTGTCACGCATGAGGACCCAGAGGGCCTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158337 TAATGTGTTCCAGACGGTGTCACGCATGAGGACCCAGAGGGCCTTCAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCCAGACCCCTGAGCAGTACTATTTTTGCTACAAGGCCATCCTGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158387 TCCAGACCCCTGAGCAGTACTATTTTTGCTACAAGGCCATCCTGGAGTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GCAGAGAAGGAGGGCATGGTATCCTCTGGCCAAAACCTGCTGGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158437 GCAGAGAAGGAGGGCATGGTATCCTCTGGCCAAAACCTGCTGGCCGTGGA

   1850     .
   1743 GAGTCAG
        |||||||
 158487 GAGTCAG