seq1 = pF1KE5639.tfa, 1686 bp
seq2 = pF1KE5639/gi568815579f_49290884.tfa (gi568815579f:49290884_49517507), 226624 bp

>pF1KE5639 1686
>gi568815579f:49290884_49517507 (Chr19)

1-43  (100001-100043)   97% ->
44-148  (103593-103697)   100% ->
149-335  (104223-104409)   100% ->
336-400  (104886-104950)   98% ->
401-467  (106768-106834)   100% ->
468-629  (107099-107260)   99% ->
630-747  (108142-108259)   100% ->
748-798  (108574-108624)   100% ->
799-876  (116003-116080)   100% ->
877-933  (116357-116413)   100% ->
934-993  (116729-116788)   100% ->
994-1058  (118084-118148)   100% ->
1059-1146  (118313-118400)   100% ->
1147-1269  (118870-118992)   100% ->
1270-1328  (122085-122143)   100% ->
1329-1374  (124068-124113)   100% ->
1375-1439  (126132-126196)   100% ->
1440-1547  (126276-126383)   100% ->
1548-1686  (126486-126624)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTGCCTGAGGGCCCGGTGGGTGGCCCCACTGCGGAAA       
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGACCTGCCCGAGGGCCCGGTGGGTGGCCCCACTGCGGAAAGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   TGTACCTCCGGGAGCGGCCTGAGGAGGCAAGGCTGGGAATGCCGGTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103591 AGTGTACCTCCGGGAGCGGCCTGAGGAGGCAAGGCTGGGAATGCCGGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTTGGAGGAGCAAATACTCAACTCCACGTTCGAAGCTTGTGACCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103641 GCTTGGAGGAGCAAATACTCAACTCCACGTTCGAAGCTTGTGACCCTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGACAG         GCACTGTGGCTGTGGCCCAGGTGCTGGCCTACCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103691 AGGACAGGTG...CAGGCACTGTGGCTGTGGCCCAGGTGCTGGCCTACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGGCTGTGACAGGCCAGGGCCCCCAGGATGCACGCCTCCAAACATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104257 GGAGGCTGTGACAGGCCAGGGCCCCCAGGATGCACGCCTCCAAACATTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAACAGCCTGGACCCCAATGGGGAGGGCCCTAAGGCCACTGTGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104307 CCAACAGCCTGGACCCCAATGGGGAGGGCCCTAAGGCCACTGTGGACTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACACTTTCCTGGTTGTCATGCGTGACTGGATTGCTGCCTGTCAACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104357 GACACTTTCCTGGTTGTCATGCGTGACTGGATTGCTGCCTGTCAACTACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGG         GGGATTAGAGCTGGAAGAGGAGACCGCCTTCCAGGGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104407 TGGGTG...CAGGGGATTAGAGCTGGAAGAGGAGACCGCCTTCCAGGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTGACCTCCCAGCAACTGCCATCTG         GATGCCCAGAAGCT
        |||||||||||| ||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104924 CCCTGACCTCCCGGCAACTGCCATCTGGTG...CAGGATGCCCAGAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGGAGCCAGCCAACCTGGAGAGCTTCGGAGGCGAAGACCCCAGACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106782 GAGGAGCCAGCCAACCTGGAGAGCTTCGGAGGCGAAGACCCCAGACCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCT         ACAAGCCACAGCTGACCTGCTGAGCAGCCTGGAGGACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106832 GCTGTA...TAGACAAGCCACAGCTGACCTGCTGAGCAGCCTGGAGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAGCTCAGCAACCGACGTCTGGTTGGGGAGAATGCCAAACTGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 107137 TGGAGCTCAGCAACCGACGTCTGGTTGGGGAGAATGCCAAATTGCAGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCATGGAGACAGCTGAGGAGGGGTCAGCACGCCTTGGGGAGGAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107187 AGCATGGAGACAGCTGAGGAGGGGTCAGCACGCCTTGGGGAGGAGATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCTCTGCGTAAGCAGCTTCACAG         CACCCAGCAGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107237 GGCTCTGCGTAAGCAGCTTCACAGGTG...CAGCACCCAGCAGGCCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGTTTGCCAAGGCCATGGATGAGGAGCTGGAGGACCTGAAGACTCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108159 AGTTTGCCAAGGCCATGGATGAGGAGCTGGAGGACCTGAAGACTCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGGAGCCTGGAGGAACAGAATCGCAGCCTTCTGGCCCAAGCCCGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108209 AGGAGCCTGGAGGAACAGAATCGCAGCCTTCTGGCCCAAGCCCGGCAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         GAAAAGGAGCAGCAGCATCTGGTGGCTGAGATGGAGACTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108259 GGTG...CAGGAAAAGGAGCAGCAGCATCTGGTGGCTGAGATGGAGACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGCAGGAGGAG         AACGGGAAGCTGCTTGCCGAGCGGGATGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108614 TGCAGGAGGAGGTG...TAGAACGGGAAGCTGCTTGCCGAGCGGGATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTGAAAAAGAGAAGTCAGGAGCTGGCCATGGAGAAGGACACTTTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116033 GTGAAAAAGAGAAGTCAGGAGCTGGCCATGGAGAAGGACACTTTGAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877        CGGCAGCTCTTTGAGTGTGAACACCTCATTTGCCAAAGAGACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116083 G...CAGCGGCAGCTCTTTGAGTGTGAACACCTCATTTGCCAAAGAGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCATCCTCTCTGAG         CGCACTCGCGATGTGGAGAGCCTGGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116400 CCATCCTCTCTGAGGTA...TAGCGCACTCGCGATGTGGAGAGCCTGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CAGACCCTGGAAGAATACAGAGTGACGACGCAG         GAACTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116756 CAGACCCTGGAAGAATACAGAGTGACGACGCAGGTA...CAGGAACTGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCTGGAGATTTCACGCCTGGAGGAGCAGCTGAGTCAGACCTATGAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118092 GCTGGAGATTTCACGCCTGGAGGAGCAGCTGAGTCAGACCTATGAGGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCGATGA         GCTACCTGAAGGGGCCCAGCTGAGAAGAGTGGGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118142 CCGATGAGTG...CAGGCTACCTGAAGGGGCCCAGCTGAGAAGAGTGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TGGACCGAGCTGCTACCCCCATCGCTGGGCTTGGAGATCGAGGCCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118347 TGGACCGAGCTGCTACCCCCATCGCTGGGCTTGGAGATCGAGGCCATTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 ACAG         AAACAGGAAGTGGCAACTGCTGATCTCTCCAACCCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118397 ACAGGTG...CAGAAACAGGAAGTGGCAACTGCTGATCTCTCCAACCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TGTGTGGGGTGTGGCAGTGGGAGGAAGTCATCCATGAGACCAGTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118907 TGTGTGGGGTGTGGCAGTGGGAGGAAGTCATCCATGAGACCAGTGAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 ACTGAGTTTCCATCTGAAGCCCCAGCTGGGGGACAG         AGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118957 ACTGAGTTTCCATCTGAAGCCCCAGCTGGGGGACAGGTG...CAGAGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CTTCCAGGGAGAGCCAGCGCACCCTGAAGAAGGAAGGAAGGAGCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122090 CTTCCAGGGAGAGCCAGCGCACCCTGAAGAAGGAAGGAAGGAGCCATCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TGTG         GTTGACCAGAAGAGAGGAAGAGGAGGATGCAGAGAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122140 TGTGGTA...CAGGTTGACCAGAAGAGAGGAAGAGGAGGATGCAGAGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CAGGTCACG         GCTGATCTCCCTGTCCCTCTAGGAGCCCCTCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 124105 CAGGTCACGGTA...CAGGCTGATCTCCCTGTCCCTCTAGGAGCCCCTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 CCCTGGAGACATCCCAGAAAACCCTCCAGAGAG         ACCTGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 126164 CCCTGGAGACATCCCAGAAAACCCTCCAGAGAGGTA...CAGACCTGCGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1448 GGCGGGAACTCCAGCAAGCCCTGGTGCCTGTGATGAAAAAGCTGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126284 GGCGGGAACTCCAGCAAGCCCTGGTGCCTGTGATGAAAAAGCTGGTCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 GTCAGGAGGAGGGCCTGGGGCCAGCTCTGCCTGCCCCCACAGCGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126334 GTCAGGAGGAGGGCCTGGGGCCAGCTCTGCCTGCCCCCACAGCGGCTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548          AGTCACTCGACATCCACTGATCCCAGCTCCTGTCCTGGGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126384 GTG...CAGAGTCACTCGACATCCACTGATCCCAGCTCCTGTCCTGGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TGCTGCTGCTGCTGCTGCTCTCTGTCCTGCTGCTTGGCCCGTCCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126527 TGCTGCTGCTGCTGCTGCTCTCTGTCCTGCTGCTTGGCCCGTCCCCACCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1639 CCCACCTGGCCCCACCTCCAGCTCTGCTACCTCCAGCCCCCTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126577 CCCACCTGGCCCCACCTCCAGCTCTGCTACCTCCAGCCCCCTCCAGTG