seq1 = pF1KE5638.tfa, 1641 bp
seq2 = pF1KE5638/gi568815596r_230076668.tfa (gi568815596r:230076668_230316927), 240260 bp

>pF1KE5638 1641
>gi568815596r:230076668_230316927 (Chr2)

(complement)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-316  (101810-101978)   100% ->
317-583  (103901-104167)   99% ->
584-667  (104498-104581)   100% ->
668-751  (105375-105458)   100% ->
752-829  (106920-106997)   100% ->
830-898  (108869-108937)   98% ->
899-1042  (114206-114349)   99% ->
1043-1123  (115963-116043)   100% ->
1124-1273  (130785-130934)   99% ->
1274-1342  (133288-133356)   100% ->
1343-1441  (138673-138771)   100% ->
1442-1584  (139248-139390)   100% ->
1585-1641  (140204-140260)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCACCATGACAAGAGCCATGGAAGAGGCTCTTTTTCAGCACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCACCATGACAAGAGCCATGGAAGAGGCTCTTTTTCAGCACTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACCAGAAGCTGGGGATCGCCTATGCCATACACAAGCCATTTCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACCAGAAGCTGGGGATCGCCTATGCCATACACAAGCCATTTCCCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGAAGGCCTCCTAGACAACTCCATCATCACTAAGAGAATGTACATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 TTGAAGGCCTCCTAGACAACTCCATCATCACTAAGAGAATGTACATGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       GAATCTCTGGAAGCCTGTAGAAATTTGATCCCTGTATCCAGAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...TAGGAATCTCTGGAAGCCTGTAGAAATTTGATCCCTGTATCCAGAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGCACAACATTCTCACCCAACTGGAGAGGACTTTTAACCTGTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101854 GGTGCACAACATTCTCACCCAACTGGAGAGGACTTTTAACCTGTCTCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTGACATTGTTCAGTCAAATTAACCTGCGTGAATATCCCAATCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101904 TGGTGACATTGTTCAGTCAAATTAACCTGCGTGAATATCCCAATCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACGATTTACAGAAGCTTCAAACGTG         TTGGTGCTTCCTATGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101954 ACGATTTACAGAAGCTTCAAACGTGGTA...CAGTTGGTGCTTCCTATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACGGCAGAGCAGAGACACACCAATCCTACTTGAAGCCCCAACTGGCCTAG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103917 ATGGCAGAGCAGAGACACACCAATCCTACTTGAAGCCCCAACTGGCCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAAGGAAGCTCCCTCCATACCCCACTGGCGCTGCCCCCACCACAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103967 CAGAAGGAAGCTCCCTCCATACCCCACTGGCGCTGCCCCCACCACAACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTCAACCAAGCTGTTCACCCTGTGCGCCAAGAGTCAGTGAGCCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104017 CCTCAACCAAGCTGTTCACCCTGTGCGCCAAGAGTCAGTGAGCCTGGAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATCCTCCCAGCAAAGCGATGAGATCCTGAGTGAGTCGCCCAGCCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104067 ATCCTCCCAGCAAAGCGATGAGATCCTGAGTGAGTCGCCCAGCCCATCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCCTGTCCTGCCTCTCCCTGCACTCATCCAGGAAGGAAGAAGCACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104117 ACCCTGTCCTGCCTCTCCCTGCACTCATCCAGGAAGGAAGAAGCACTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 G         TGACCAATGACAAGTTAACATCCAAAATGAATGCGGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104167 GGTG...CAGTGACCAATGACAAGTTAACATCCAAAATGAATGCGGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGACTCAGAAGAGATGCCCAGCCTCCTCACTAGCACTGTGCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104538 AGACTCAGAAGAGATGCCCAGCCTCCTCACTAGCACTGTGCAAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668    TGGCCAGTGACAACCTGATCCCCCAAATAAGAGATAAAGAAGACCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105372 CAGTGGCCAGTGACAACCTGATCCCCCAAATAAGAGATAAAGAAGACCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAAGAGATGCCCCACTCTCCCTTGGGCTCTATGCCAG         AGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105422 CAAGAGATGCCCCACTCTCCCTTGGGCTCTATGCCAGGTA...CAGAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAGAGATAATTCTCCAGAACCAAATGACCCAGAAGAGCCCCAGGAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106924 AAGAGATAATTCTCCAGAACCAAATGACCCAGAAGAGCCCCAGGAGGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAGCACACCTTCAGACAAGAAAG         GAAAGAAAAGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106974 CCAGCACACCTTCAGACAAGAAAGGTA...TAGGAAAGAAAAGAAAAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGTATCTGGTCAACTCCAAAAAGGAGACATAAGAAAAAAAGCCTCCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 108886 TGTATCTGGTCAACTCCAAAAAGGAGACATAAGAAAAAAAGCCTCCCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AG         CCTTATCTAGACACGGAATCCAAAAGAAGCTCAAAAGGG
        ||>>>...>>>||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108936 AGGTA...CAGCCTCATCTAGACACGGAATCCAAAAGAAGCTCAAAAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGATCAGGTTCCTCAAAAGAAAGATGACTCAACTTGTAACTCCACGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114245 TGGATCAGGTTCCTCAAAAGAAAGATGACTCAACTTGTAACTCCACGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGACAAGGGCCCAAAAGGCGAGAACTGAATGTGCCCGAAAGTCGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114295 GAGACAAGGGCCCAAAAGGCGAGAACTGAATGTGCCCGAAAGTCGAGATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGG         AGATCATTGATGGCACTTCAGAAATGAATGAAGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114345 AGAGGGTA...CAGAGATCATTGATGGCACTTCAGAAATGAATGAAGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGAGGTCCCAGAAGACGCCTAGTACACCACGAAGGGTCACACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115999 AGAGGTCCCAGAAGACGCCTAGTACACCACGAAGGGTCACACAAGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124     GGGCAGCCTCACCTGGGCATGGCATCCAAGAGAAGCTCCAAGTGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116049 .CAGGGGCAGCCTCACCTGGGCATGGCATCCAAGAGAAGCTCCAAGTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGATAAGGTGACTCAAAGGAAAGACGACTCAACCTGGAACTCAGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130831 GGATAAGGTGACTCAAAGGAAAGACGACTCAACCTGGAACTCAGAGGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGATGAGGGTCCAAAAGGCAAGAACTAAATGTGCCCGAAAGTCCAGATCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 130881 TGATGAGGGTCCAAAAGGCAAGAACTAAATGTGCCCGAAAGTCCAGATTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAAG         AAAAGAAAAAGGAGAAAGATATCTGTTCAAGCTCAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130931 AAAGGTA...TAGAAAAGAAAAAGGAGAAAGATATCTGTTCAAGCTCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAGGAGATTTCAGAAAAATATTCACCGAAGAG         GAAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 133325 AAGGAGATTTCAGAAAAATATTCACCGAAGAGGTA...AAGGAAAACCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAAGTGACACTGTGGATTTTCACTGTTCTAAGCTCCCCGTGACCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138682 AAAGTGACACTGTGGATTTTCACTGTTCTAAGCTCCCCGTGACCTGTGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGGCGAAAGGGATTTTATATAAGAAGAAAATGAAACACG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 138732 GAGGCGAAAGGGATTTTATATAAGAAGAAAATGAAACACGGTG...CAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ATCCTCAGTGAAGTGCATTCGGAATGAGGATGGAACTTGGTTAACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139249 ATCCTCAGTGAAGTGCATTCGGAATGAGGATGGAACTTGGTTAACACCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATGAATTTGAAGTCGAAGGAAAAGGAAGGAACGCAAAGAACTGGAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139299 ATGAATTTGAAGTCGAAGGAAAAGGAAGGAACGCAAAGAACTGGAAACGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AATATACGTTGTGAAGGAATGACCCTAGGAGAGCTGCTGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 139349 AATATACGTTGTGAAGGAATGACCCTAGGAGAGCTGCTGAAGGTA...CA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1585  AGTGGACTTTTGCTCTGTCCTCCAAGAATAAATCTCAAGAGAGAGTTAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140203 GAGTGGACTTTTGCTCTGTCCTCCAAGAATAAATCTCAAGAGAGAGTTAA

   1750     .
   1634 ATAGCAAG
        ||||||||
 140253 ATAGCAAG