seq1 = pF1KE5637.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KE5637/gi568815584f_34896710.tfa (gi568815584f:34896710_35129149), 232440 bp

>pF1KE5637 1512
>gi568815584f:34896710_35129149 (Chr14)

1-78  (100001-100078)   98% ->
79-170  (102849-102940)   100% ->
171-255  (104227-104311)   100% ->
256-360  (110574-110678)   100% ->
361-427  (111918-111984)   100% ->
428-485  (112065-112122)   100% ->
486-636  (114800-114950)   100% ->
637-785  (116637-116785)   100% ->
786-886  (117093-117193)   100% ->
887-973  (118035-118121)   100% ->
974-1047  (121983-122056)   100% ->
1048-1156  (122257-122365)   100% ->
1157-1327  (126201-126371)   100% ->
1328-1423  (131379-131474)   100% ->
1424-1512  (132352-132440)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTCTAGCAGACCTTGGAAGAAAAATAACATCAGCATTACGCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100001 ATGGTTCTAGCAGACCTTGGAAGAAAAATAACATCAGCATTACGCTCGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCAATGCCACCATTATCAATGAAGAG         GTATTGAATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 GAGCAATGCCACCATTATCAATGAAGAGGTA...CAGGTATTGAATGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTAAAAGAAGTCTGTACCGCTTTGTTGGAAGCAGATGTTAATATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102862 TGCTAAAAGAAGTCTGTACCGCTTTGTTGGAAGCAGATGTTAATATTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAGTGAAGCAACTAAGAGAAAATGTTAA         GTCTGCTATTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102912 CTAGTGAAGCAACTAAGAGAAAATGTTAAGTA...AAGGTCTGCTATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTTGAAGAGATGGCATCTGGTCTTAACAAAAGAAAAATGATTCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104239 TCTTGAAGAGATGGCATCTGGTCTTAACAAAAGAAAAATGATTCAGCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTATTTAAAGAACTTGTGAAG         CTTGTAGACCCTGGAGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104289 CTGTATTTAAAGAACTTGTGAAGGTA...TAGCTTGTAGACCCTGGAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGGCATGGACACCCACTAAAGGAAAACAAAATGTGATTATGTTTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110592 AAGGCATGGACACCCACTAAAGGAAAACAAAATGTGATTATGTTTGTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTGCAAGGGAGTGGTAAAACAACAACATGTTCAAAG         CTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110642 ATTGCAAGGGAGTGGTAAAACAACAACATGTTCAAAGGTA...CAGCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CATATTATTACCAGAGGAAAGGTTGGAAGACCTGTTTAATATGTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111922 CATATTATTACCAGAGGAAAGGTTGGAAGACCTGTTTAATATGTGCAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACATTCAGAGCAG         GGGCTTTTGACCAACTAAAACAGAATGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111972 ACATTCAGAGCAGGTA...CAGGGGCTTTTGACCAACTAAAACAGAATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TACCAAAGCAAGAATTCCATTTTATGGAAG         CTATACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112093 TACCAAAGCAAGAATTCCATTTTATGGAAGGTA...TAGCTATACAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGATCCTGTCATCATTGCTTCTGAAGGAGTAGAGAAATTTAAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114811 TGGATCCTGTCATCATTGCTTCTGAAGGAGTAGAGAAATTTAAAAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AATTTTGAAATTATTATTGTTGATACAAGTGGCCGCCACAAACAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114861 AATTTTGAAATTATTATTGTTGATACAAGTGGCCGCCACAAACAAGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTCTTTGTTTGAAGAAATGCTTCAAGTTGCTAATGCTATA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114911 CTCTTTGTTTGAAGAAATGCTTCAAGTTGCTAATGCTATAGTA...TAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AACCTGATAACATTGTTTATGTGATGGATGCCTCCATTGGGCAGGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116638 AACCTGATAACATTGTTTATGTGATGGATGCCTCCATTGGGCAGGCTTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAAGCCCAGGCTAAGGCTTTTAAAGATAAAGTAGATGTAGCCTCAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116688 GAAGCCCAGGCTAAGGCTTTTAAAGATAAAGTAGATGTAGCCTCAGTAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGTGACAAAACTTGATGGCCATGCAAAAGGAGGTGGTGCACTCAGTGC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116738 AGTGACAAAACTTGATGGCCATGCAAAAGGAGGTGGTGCACTCAGTGCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    786        AGTCGCTGCCACAAAAAGTCCGATTATTTTCATTGGTACAGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116788 A...CAGAGTCGCTGCCACAAAAAGTCCGATTATTTTCATTGGTACAGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAACATATAGATGACTTTGAACCTTTCAAAACACAGCCTTTTATTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117136 GAACATATAGATGACTTTGAACCTTTCAAAACACAGCCTTTTATTAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACTTCTTG         GTATGGGCGACATTGAAGGACTGATAGATAAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117186 ACTTCTTGGTA...TAGGTATGGGCGACATTGAAGGACTGATAGATAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCAACGAGTTGAAGTTGGATGACAATGAAGCACTTATAGAGAAGTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118068 TCAACGAGTTGAAGTTGGATGACAATGAAGCACTTATAGAGAAGTTGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CATG         GTCAGTTTACGTTGCGAGACATGTATGAGCAATTTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118118 CATGGTA...CAGGTCAGTTTACGTTGCGAGACATGTATGAGCAATTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AAATATCATGAAAATGGGCCCCTTCAGTCAGATCTTG         GGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 122020 AAATATCATGAAAATGGGCCCCTTCAGTCAGATCTTGGTT...TAGGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGATCCCTGGTTTTGGGACAGATTTTATGAGCAAAGGAAATGAACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122261 TGATCCCTGGTTTTGGGACAGATTTTATGAGCAAAGGAAATGAACAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TCAATGGCAAGGCTAAAGAAATTAATGACAATAATGGATAGTATGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122311 TCAATGGCAAGGCTAAAGAAATTAATGACAATAATGGATAGTATGAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCAAG         AACTAGACAGTACGGATGGTGCCAAAGTTTTTAGTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122361 TCAAGGTA...CAGAACTAGACAGTACGGATGGTGCCAAAGTTTTTAGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AACAACCAGGAAGAATCCAAAGAGTAGCAAGAGGATCGGGTGTATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126237 AACAACCAGGAAGAATCCAAAGAGTAGCAAGAGGATCGGGTGTATCAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AGAGATGTTCAAGAACTTTTGACACAATATACCAAGTTTGCACAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126287 AGAGATGTTCAAGAACTTTTGACACAATATACCAAGTTTGCACAGATGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AAAAAAGATGGGAGGTATCAAAGGACTTTTCAAAG         GTGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 126337 AAAAAAGATGGGAGGTATCAAAGGACTTTTCAAAGGTA...CAGGTGGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ACATGTCTAAGAATGTGAGCCAGTCACAGATGGCAAAATTGAACCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131385 ACATGTCTAAGAATGTGAGCCAGTCACAGATGGCAAAATTGAACCAACAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ATGGCCAAAATGATGGATCCTAGGGTTCTTCATCACATGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 131435 ATGGCCAAAATGATGGATCCTAGGGTTCTTCATCACATGGGTA...TAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TGGTATGGCAGGACTTCAGTCAATGATGAGGCAGTTTCAACAGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132353 TGGTATGGCAGGACTTCAGTCAATGATGAGGCAGTTTCAACAGGGTGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1475 CTGGCAACATGAAAGGCATGATGGGATTCAATAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132403 CTGGCAACATGAAAGGCATGATGGGATTCAATAATATG