seq1 = pF1KE5636.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KE5636/gi568815575f_15690496.tfa (gi568815575f:15690496_15923239), 232744 bp

>pF1KE5636 1446
>gi568815575f:15690496_15923239 (ChrX)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-121  (100439-100518)   100% ->
122-203  (109377-109458)   100% ->
204-312  (113193-113301)   100% ->
313-399  (113616-113702)   100% ->
400-438  (117738-117776)   100% ->
439-557  (118705-118823)   100% ->
558-771  (125182-125395)   100% ->
772-827  (128092-128147)   100% ->
828-937  (129712-129821)   100% ->
938-1446  (132236-132744)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGCCCGAGAAGATGACGTTTCCCGAGAAACCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGCTGCGCCCGAGAAGATGACGTTTCCCGAGAAACCAAGGTA...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCACAAAAAGTACAGGGCCGCCCTGAAGAAGGAGAAACGAAAGAAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100439 CCACAAAAAGTACAGGGCCGCCCTGAAGAAGGAGAAACGAAAGAAACGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCAGGAACTTGCTCGACTGAGAGACTCAG         GACTCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100489 GGCAGGAACTTGCTCGACTGAGAGACTCAGGTG...TAGGACTCTCACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGGAGGAAGAGGAGGACACTTTTATTGAAGAACAACAACTAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109388 AAGGAGGAAGAGGAGGACACTTTTATTGAAGAACAACAACTAGAAGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGCTATTGGAAAGAGAGAG         GCAAAGATTACATGAGGAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109438 GAAGCTATTGGAAAGAGAGAGGTC...TAGGCAAAGATTACATGAGGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGTTGCTAAGAGAGCAGAAGGCACAAGAAGAATTCAGAATAAAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113213 GGTTGCTAAGAGAGCAGAAGGCACAAGAAGAATTCAGAATAAAGAAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGGAAGAGGCGGCTAAAAAACGGCAAGAAGAACAAGAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113263 AAGGAAGAGGCGGCTAAAAAACGGCAAGAAGAACAAGAGGTA...AAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AAAGTTAAAGGAACAATGGGAAGAACAGCAGAGGAAAGAGAGAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113618 AAAGTTAAAGGAACAATGGGAAGAACAGCAGAGGAAAGAGAGAGAAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGAGCAGAAACGACAGGAGAAGAAAGAAAAAGAG         GAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113668 AGGAGCAGAAACGACAGGAGAAGAAAGAAAAAGAGGTG...TAGGAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTGCAGAAGATGCTGGATCAGGCTGAAAATGAG         TTGGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117744 TTGCAGAAGATGCTGGATCAGGCTGAAAATGAGGTA...CAGTTGGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGGTACCACATGGCAAAACCCAGAACCACCCGTGGATTTCAGAGTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118713 TGGTACCACATGGCAAAACCCAGAACCACCCGTGGATTTCAGAGTAATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGAAGGATCGAGCTAATTGTCCCTTCTACAGTAAAACAGGAGCTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118763 AGAAGGATCGAGCTAATTGTCCCTTCTACAGTAAAACAGGAGCTTGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTGGAGATAG         ATGTTCACGTAAACATAATTTCCCAACATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118813 TTTGGAGATAGGTA...CAGATGTTCACGTAAACATAATTTCCCAACATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAGTCCTACCCTTCTTATTAAGAGCATGTTTACGACGTTTGGAATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125212 CAGTCCTACCCTTCTTATTAAGAGCATGTTTACGACGTTTGGAATGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGTGCAGGAGGGATGACTATGACCCTGACGCAAGCCTGGAGTACAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125262 AGTGCAGGAGGGATGACTATGACCCTGACGCAAGCCTGGAGTACAGCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAAGAAACCTACCAACAGTTCCTAGACTTCTATGAGGATGTGTTGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125312 GAAGAAACCTACCAACAGTTCCTAGACTTCTATGAGGATGTGTTGCCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTTCAAGAACGTGGGGAAAGTGATTCAGTTCAAG         GTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125362 GTTCAAGAACGTGGGGAAAGTGATTCAGTTCAAGGTG...TAGGTCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCAATTTGGAACCTCACCTGAGGGGCAATGTATATGTTCAGTACCAGTC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 128099 GCAATTTGGAACCTCACCTGAGGGGCAATGTATATGTTCAGTACCAGTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828         GGAAGAAGAATGCCAAGCAGCCCTTTCTCTGTTTAACGGACG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128149 TA...AAGGGAAGAAGAATGCCAAGCAGCCCTTTCTCTGTTTAACGGACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ATGGTATGCAGGACGACAGCTGCAGTGTGAATTCTGCCCCGTGACCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129754 ATGGTATGCAGGACGACAGCTGCAGTGTGAATTCTGCCCCGTGACCCGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGAAAATGGCGATTTGTG         GTTTATTTGAAATACAACAATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129804 GGAAAATGGCGATTTGTGGTA...CAGGTTTATTTGAAATACAACAATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCAAGAGGAAAGCACTGCAACTTTCTTCATGTGTTCAGAAATCCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132259 CCAAGAGGAAAGCACTGCAACTTTCTTCATGTGTTCAGAAATCCCAACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGAATTCTGGGAAGCTAATAGAGACATCTACTTGTCTCCAGATCGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132309 TGAATTCTGGGAAGCTAATAGAGACATCTACTTGTCTCCAGATCGGACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCTCCTCCTTTGGGAAGAACTCCGAAAGGAGGGAGAGGATGGGCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132359 GCTCCTCCTTTGGGAAGAACTCCGAAAGGAGGGAGAGGATGGGCCACCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACGACTACTACAGCAGGCTGCGGGGAAGGAGAAACCCTAGTCCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132409 GACGACTACTACAGCAGGCTGCGGGGAAGGAGAAACCCTAGTCCAGACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTCCTACAAAAGAAATGGGGAATCCGAGAGGAAAAGTAGTCGTCACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132459 CTCCTACAAAAGAAATGGGGAATCCGAGAGGAAAAGTAGTCGTCACAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGAAGAAATCTCACAAACGCACATCAAAGAGTCGGGAGAGGCACAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132509 GGAAGAAATCTCACAAACGCACATCAAAGAGTCGGGAGAGGCACAATTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGAAGCAGAGGAAGAAATAGGGACCGCAGCAGGGACCGCAGCCGGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132559 CGAAGCAGAGGAAGAAATAGGGACCGCAGCAGGGACCGCAGCCGGGGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGGCAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGCAGGAGCCGCCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132609 GGGCAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGCAGGAGCCGCCGCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GGAGCCAAAGTTCCTCTAGGTCCCGAAGTCGTGGCAGGAGGAGGTCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132659 GGAGCCAAAGTTCCTCTAGGTCCCGAAGTCGTGGCAGGAGGAGGTCGGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1411 AATAGAGACAGAACTGTTCAGAGTCCCAAATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132709 AATAGAGACAGAACTGTTCAGAGTCCCAAATCCAAA