seq1 = pF1KE5631.tfa, 1431 bp
seq2 = pF1KE5631/gi568815582f_83857672.tfa (gi568815582f:83857672_84066004), 208333 bp

>pF1KE5631 1431
>gi568815582f:83857672_84066004 (Chr16)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-204  (101589-101725)   100% ->
205-396  (102898-103089)   100% ->
397-488  (103310-103401)   100% ->
489-1431  (107391-108333)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCCTCCAGAAAGGACCACCTCGGCGCCAGCAGCTCAGAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTCCTCCAGAAAGGACCACCTCGGCGCCAGCAGCTCAGAGCCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGTCATCATTGTGG         GTAACGGCCCCTCTGGTATCTGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGGTCATCATTGTGGGTG...CAGGTAACGGCCCCTCTGGTATCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTCCTACCTGCTCTCCGGCTACACACCCTACACGAAGCCAGATGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101613 TGTCCTACCTGCTCTCCGGCTACACACCCTACACGAAGCCAGATGCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACCCACACCCCCTGCTGCAGAGGAAGCTCACCGAGGCCCCGGGGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101663 CACCCACACCCCCTGCTGCAGAGGAAGCTCACCGAGGCCCCGGGGGTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCTGGACCAG         GACCTGGACTACCTGTCCGAAGGCCTCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101713 CATCCTGGACCAGGTG...CAGGACCTGGACTACCTGTCCGAAGGCCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGGCCGATCCCAAAGCCCCGTGGCCCTGCTCTTTGATGCCCTTCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102926 AAGGCCGATCCCAAAGCCCCGTGGCCCTGCTCTTTGATGCCCTTCTACGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGACACAGACTTTGGGGGAAACATGAAGTCGGTCCTCACCTGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102976 CCAGACACAGACTTTGGGGGAAACATGAAGTCGGTCCTCACCTGGAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGGAAGGAGCACGCCATCCCCCACGTGGTTCTGGGCCGGAACCTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103026 CCGGAAGGAGCACGCCATCCCCCACGTGGTTCTGGGCCGGAACCTCCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGGAGCCTGGCAC         TCCATCGAAGGCTCCATGGTGATCCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103076 GGGGAGCCTGGCACGTG...CAGTCCATCGAAGGCTCCATGGTGATCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCCAAGGCCAGTGGATGGGGCTCCCGGACCTGGAGGTCAAGGACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103337 AGCCAAGGCCAGTGGATGGGGCTCCCGGACCTGGAGGTCAAGGACTGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGAAGAAGCGAAG         AGGTCTTCGCAACAGCCGGGCCACTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103387 GCAGAAGAAGCGAAGGTG...CAGAGGTCTTCGCAACAGCCGGGCCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGGGGACATCGCCCACTACTACAGGGACTACGTGGTCAAGAAGGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107417 CCGGGGACATCGCCCACTACTACAGGGACTACGTGGTCAAGAAGGGTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGCATAACTTTGTGTCCGGTGCTGTAGTCACAGCCGTGGAGTGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107467 GGGCATAACTTTGTGTCCGGTGCTGTAGTCACAGCCGTGGAGTGGGGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCCGATCCCAGCAGCTGTGGGGCCCAGGACTCCAGCCCCCTCTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107517 CCCCGATCCCAGCAGCTGTGGGGCCCAGGACTCCAGCCCCCTCTTCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAGCGGCTTCCTGACCAGGAACCAGGCCCAGCAGCCCTTCTCGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107567 TGAGCGGCTTCCTGACCAGGAACCAGGCCCAGCAGCCCTTCTCGCTGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCCCGCAACGTGGTCCTCGCCACAGGCACGTTCGACAGCCCGGCCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107617 GCCCGCAACGTGGTCCTCGCCACAGGCACGTTCGACAGCCCGGCCCGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGGCATCCCCGGGGAGGCCCTGCCCTTCATCCACCATGAGCTGTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107667 GGGCATCCCCGGGGAGGCCCTGCCCTTCATCCACCATGAGCTGTCTGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGAGGCCGCCACAAGGGTGGGTGCGGTGACCCCGGCCTCGGACCCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 107717 TGGAGGCCGCCACAAGGGTGGGTGCGGTGACCCCGGCCTCAGACCCTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCATCATTGGCGCGGGGCTGTCAGCGGCCGACGCGGTCCTCTACGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107767 CTCATCATTGGCGCGGGGCTGTCAGCGGCCGACGCGGTCCTCTACGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCACTACAACATCCCGGTGATCCATGCCTTCCGCCGGGCCGTGGACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107817 CCACTACAACATCCCGGTGATCCATGCCTTCCGCCGGGCCGTGGACGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTGGCCTGGTGTTCAACCAGCTGCCCAAGATGCTGTACCCCGAGTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107867 CTGGCCTGGTGTTCAACCAGCTGCCCAAGATGCTGTACCCCGAGTACCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAGGTGCACCAGATGATGCGGGAGCAGTCCATCCTGTCGCCCAGCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107917 AAGGTGCACCAGATGATGCGGGAGCAGTCCATCCTGTCGCCCAGCCCCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGAGGGTTACCGCAGCCTCCCCAGGCACCAGCTGCTGTGCTTCAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107967 TGAGGGTTACCGCAGCCTCCCCAGGCACCAGCTGCTGTGCTTCAAGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACTGCCAGGCCGTGTTCCAGGACCTCGAGGGTGTCGAGAAGGTGTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108017 ACTGCCAGGCCGTGTTCCAGGACCTCGAGGGTGTCGAGAAGGTGTTTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTCTCCCTGGTGCTGGTCCTCATCGGCTCCCACCCCGACCTCTCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108067 GTCTCCCTGGTGCTGGTCCTCATCGGCTCCCACCCCGACCTCTCCTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GCCTGGGGCAGGGGCTGACTTTGCAGTGGATCCTGACCAGCCGCTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108117 GCCTGGGGCAGGGGCTGACTTTGCAGTGGATCCTGACCAGCCGCTGAGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCAAGAGGAACCCCATTGACGTGGACCCCTTCACCTACCAGAGCACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108167 CCAAGAGGAACCCCATTGACGTGGACCCCTTCACCTACCAGAGCACCCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CAGGAGGGCCTGTACGCCATGGGGCCGCTGGCCGGGGACAACTTCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108217 CAGGAGGGCCTGTACGCCATGGGGCCGCTGGCCGGGGACAACTTCGTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GTTTGTGCAGGGGGGCGCCTTGGCTGTGGCCAGCTCCCTGCTAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108267 GTTTGTGCAGGGGGGCGCCTTGGCTGTGGCCAGCTCCCTGCTAAGGAAGG

   1450     .    :    .
   1415 AGACCAGGAAGCCACCC
        |||||||||||||||||
 108317 AGACCAGGAAGCCACCC