seq1 = pF1KE5630.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KE5630/gi568815586r_120920564.tfa (gi568815586r:120920564_121138971), 218408 bp

>pF1KE5630 1542
>gi568815586r:120920564_121138971 (Chr12)

(complement)

1-198  (100001-100198)   100% ->
199-481  (105229-105511)   99% ->
482-657  (107355-107530)   100% ->
658-899  (111155-111396)   100% ->
900-1047  (114835-114982)   100% ->
1048-1542  (117914-118408)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACTGATGCAGGAACTGTATAGCACACCAGCCTCCAGGCTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACTGATGCAGGAACTGTATAGCACACCAGCCTCCAGGCTGGACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGTGGCTCAGTGGCTGCAGCCCCACCGGGAGTGGAAGGAAGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCGTGGCTCAGTGGCTGCAGCCCCACCGGGAGTGGAAGGAAGAGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGACGCTGTGCGGACCGTGGAGGAGTTTCTGAGGCAGGAGCATTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGACGCTGTGCGGACCGTGGAGGAGTTTCTGAGGCAGGAGCATTTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGAAGCGTGGGCTGGACCAGGATGTGCGGGTGCTGAAGGTAGTCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100151 GGGAAGCGTGGGCTGGACCAGGATGTGCGGGTGCTGAAGGTAGTCAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199        GTGGGCTCCTTCGGGAATGGCACGGTTCTCAGGAGCACCAGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 A...CAGGTGGGCTCCTTCGGGAATGGCACGGTTCTCAGGAGCACCAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTGGAGCTGGTGGCGTTTCTGAGCTGTTTCCACAGCTTCCAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105272 AGGTGGAGCTGGTGGCGTTTCTGAGCTGTTTCCACAGCTTCCAGGAGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAAGCATCACAAAGATGTTCTGAGGCTGATATGGAAAACCATGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105322 GCCAAGCATCACAAAGATGTTCTGAGGCTGATATGGAAAACCATGTGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAGCCAGGACCTGCTGGACCTCGGGCTCGAGGACCTGAGGATGGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105372 AAGCCAGGACCTGCTGGACCTCGGGCTCGAGGACCTGAGGATGGAGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAGTCCCCGATGCTCTTGTCTTCACCATCCAGACCAGGGGGACTGCGGAG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 105422 GAGTCCCCGATGCTCTCGTCTTCACCATCCAGACCAGGGGGACTGCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCATCACGGTCACCATTGTGCCTGCCTACAGAGCCCTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105472 CCCATCACGGTCACCATTGTGCCTGCCTACAGAGCCCTGGGTA...CAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCTTCTCTTCCCAACTCCCAGCCACCCCCTGAGGTCTATGTGAGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107356 GCCTTCTCTTCCCAACTCCCAGCCACCCCCTGAGGTCTATGTGAGCCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAAGGCCTGCGGTGGTCCTGGAAATTTCTGCCCATCCTTCAGCGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107406 TCAAGGCCTGCGGTGGTCCTGGAAATTTCTGCCCATCCTTCAGCGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGAGAAATTTCGTGAAACATCGGCCAACTAAGCTGAAGAGCCTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107456 CAGAGAAATTTCGTGAAACATCGGCCAACTAAGCTGAAGAGCCTCCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTGGTGAAACACTGGTACCAGCAG         TATGTGAAAGCCAGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107506 CCTGGTGAAACACTGGTACCAGCAGGTG...CAGTATGTGAAAGCCAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCCCAGAGCCAATCTGCCCCCTCTCTATGCTCTTGAACTTCTAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111171 CCCCCAGAGCCAATCTGCCCCCTCTCTATGCTCTTGAACTTCTAACCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TATGCCTGGGAAATGGGTACTGAAGAAGACGAGAATTTCATGTTGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111221 TATGCCTGGGAAATGGGTACTGAAGAAGACGAGAATTTCATGTTGGACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGGCTTCACCACTGTGATGGACCTGCTCCTGGAGTATGAAGTCATCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111271 AGGCTTCACCACTGTGATGGACCTGCTCCTGGAGTATGAAGTCATCTGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCTACTGGACCAAGTACTACACACTCCACAATGCAATCATTGAGGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111321 TCTACTGGACCAAGTACTACACACTCCACAATGCAATCATTGAGGATTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTCAGAAAACAGCTCAAAAAAGAGAG         GCCCATCATCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111371 GTCAGAAAACAGCTCAAAAAAGAGAGGTA...CAGGCCCATCATCCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCCGGCCGACCCCACCCTCAACGTGGCAGAAGGGTACAGATGGGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114850 TCCGGCCGACCCCACCCTCAACGTGGCAGAAGGGTACAGATGGGACATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTGCTCAGAGGGCCTCCCAGTGCCTGAAACAGGACTGTTGCTATGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114900 TTGCTCAGAGGGCCTCCCAGTGCCTGAAACAGGACTGTTGCTATGACAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AGGGAGAACCCCATCTCCAGCTGGAACGTGAAG         AGGGCACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114950 AGGGAGAACCCCATCTCCAGCTGGAACGTGAAGGTA...CAGAGGGCACG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGACATCCACTTGACAGTGGAGCAGAGGGGTTACCCAGATTTCAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117922 AGACATCCACTTGACAGTGGAGCAGAGGGGTTACCCAGATTTCAACCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCGTGAACCCTTATGAGCCCATAAGGAAGGTTAAAGAGAAAATCCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117972 TCGTGAACCCTTATGAGCCCATAAGGAAGGTTAAAGAGAAAATCCGGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACCAGGGGCTACTCTGGCCTGCAGCGTCTGTCCTTCCAGGTTCCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118022 ACCAGGGGCTACTCTGGCCTGCAGCGTCTGTCCTTCCAGGTTCCTGGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGAGAGGCAGCTTCTCAGCAGCAGGTGCTCCTTAGCCAAATATGGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118072 TGAGAGGCAGCTTCTCAGCAGCAGGTGCTCCTTAGCCAAATATGGGATCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TCTCCCACACTCACATCTATCTGCTGGAGACCATCCCCTCCGAGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118122 TCTCCCACACTCACATCTATCTGCTGGAGACCATCCCCTCCGAGATCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GTCTTCGTGAAGAATCCTGATGGTGGGAGCTACGCCTATGCCATCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118172 GTCTTCGTGAAGAATCCTGATGGTGGGAGCTACGCCTATGCCATCAACCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CAACAGCTTCATCCTGGGTCTGAAGCAGCAGATTGAAGACCAGCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118222 CAACAGCTTCATCCTGGGTCTGAAGCAGCAGATTGAAGACCAGCAGGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TTCCTAAAAAGCAGCAGCAGCTGGAATTCCAAGGCCAAGTCCTGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118272 TTCCTAAAAAGCAGCAGCAGCTGGAATTCCAAGGCCAAGTCCTGCAGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TGGTTGGGTCTGGGGATCTATGGCATCCAAGACAGTGACACTCTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118322 TGGTTGGGTCTGGGGATCTATGGCATCCAAGACAGTGACACTCTCATCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1506 CTCGAAGAAGAAAGGAGAGGCTCTGTTTCCAGCCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118372 CTCGAAGAAGAAAGGAGAGGCTCTGTTTCCAGCCAGT