seq1 = pF1KE5626.tfa, 1449 bp
seq2 = pF1KE5626/gi568815579f_18819742.tfa (gi568815579f:18819742_19028313), 208572 bp

>pF1KE5626 1449
>gi568815579f:18819742_19028313 (Chr19)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-239  (100839-100962)   100% ->
240-325  (101922-102007)   100% ->
326-447  (102102-102223)   100% ->
448-635  (102585-102772)   100% ->
636-776  (102863-103003)   100% ->
777-852  (104492-104567)   100% ->
853-929  (104882-104958)   100% ->
930-1027  (105141-105238)   100% ->
1028-1102  (106562-106636)   100% ->
1103-1191  (108025-108113)   100% ->
1192-1263  (108224-108295)   100% ->
1264-1449  (108387-108572)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGCTTCGCGGAGCTCGGGCTGTCATCGTGGCTCGTGGAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGCTTCGCGGAGCTCGGGCTGTCATCGTGGCTCGTGGAACAATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGCAGCTGGGTTTGAAGCAGCCCACGCCCGTGCAGCTCGGCTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGCAGCTGGGTTTGAAGCAGCCCACGCCCGTGCAGCTCGGCTGCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCATCCTGGAGG         GTCGAGACTGCTTGGGCTGTGCTAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCCATCCTGGAGGGTG...CAGGTCGAGACTGCTTGGGCTGTGCTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGGCAGTGGGAAGACAGCAGCGTTTGTCCTTCCCATCTTGCAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100865 ACAGGCAGTGGGAAGACAGCAGCGTTTGTCCTTCCCATCTTGCAGAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCTGAGGATCCCTATGGCATCTTCTGCCTCGTCCTGACACCCACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100915 GTCTGAGGATCCCTATGGCATCTTCTGCCTCGTCCTGACACCCACCAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        GGAGCTGGCCTACCAGATCGCAGAGCAGTTCCGGGTCCTGGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100965 A...CAGGGAGCTGGCCTACCAGATCGCAGAGCAGTTCCGGGTCCTGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCCTCTAGGGCTGAAAGACTGCATCATCGTCGGTGGCATGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101965 AAGCCTCTAGGGCTGAAAGACTGCATCATCGTCGGTGGCATGGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   ACATGGTGGCCCAGGCGCTGGAGCTCTCTCGGAAACCACACGTGGTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102100 AGACATGGTGGCCCAGGCGCTGGAGCTCTCTCGGAAACCACACGTGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCGCCACGCCGGGGCGCCTGGCAGATCACCTGCGCAGCTCCAACACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102150 TCGCCACGCCGGGGCGCCTGGCAGATCACCTGCGCAGCTCCAACACTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTATAAAGAAGATCCGCTTCCTG         GTGATGGATGAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102200 AGTATAAAGAAGATCCGCTTCCTGGTG...CAGGTGATGGATGAGGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGGCTGCTGGAACAGGGCTGCACTGACTTCACCGTGGACCTGGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102602 CCGGCTGCTGGAACAGGGCTGCACTGACTTCACCGTGGACCTGGAGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTGGCGGCTGTGCCGGCCCGCAGGCAGACACTGCTGTTCAGCGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102652 TCCTGGCGGCTGTGCCGGCCCGCAGGCAGACACTGCTGTTCAGCGCCACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGACCGACACACTCCGGGAGCTGCAGGGTCTGGCCACCAACCAGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102702 CTGACCGACACACTCCGGGAGCTGCAGGGTCTGGCCACCAACCAGCCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTCTGGGAAGCACAGGCCCC         GGTGAGCACCGTGGAGCAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102752 CTTCTGGGAAGCACAGGCCCCGTG...CAGGGTGAGCACCGTGGAGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGACCAGCGCTACCTGCTGGTGCCTGAGAAGGTCAAGGACGCCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102883 TGGACCAGCGCTACCTGCTGGTGCCTGAGAAGGTCAAGGACGCCTACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCCACCTGATCCAGCGCTTCCAGGATGAGCACGAGGACTGGTCCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102933 GTCCACCTGATCCAGCGCTTCCAGGATGAGCACGAGGACTGGTCCATTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCTTCACCAACACGTGCAA         GACCTGCCAGATTCTGTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102983 CATCTTCACCAACACGTGCAAGTG...CAGGACCTGCCAGATTCTGTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGATGCTGCGCAAATTCAGCTTCCCCACCGTGGCTCTGCACTCCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104512 TGATGCTGCGCAAATTCAGCTTCCCCACCGTGGCTCTGCACTCCATGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGCAG         AAAGAACGCTTTGCCGCCCTAGCCAAGTTCAAGTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104562 AAGCAGGTG...CAGAAAGAACGCTTTGCCGCCCTAGCCAAGTTCAAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGCATCTACCGGATCCTGATCGCAACAGACGTGGCCTCCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104917 CAGCATCTACCGGATCCTGATCGCAACAGACGTGGCCTCCCGGTG...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930  GGGCCTGGACATCCCTACGGTACAGGTGGTCATCAACCACAACACCCCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105140 GGGGCCTGGACATCCCTACGGTACAGGTGGTCATCAACCACAACACCCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGCTCCCCAAGATCTACATCCACCGAGTCGGCCGGACGGCCCGTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105190 GGGCTCCCCAAGATCTACATCCACCGAGTCGGCCGGACGGCCCGTGCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028         GGCGGCAGGGTCAGGCCATCACGCTGGTGACACAGTACGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105240 TG...CAGGGCGGCAGGGTCAGGCCATCACGCTGGTGACACAGTACGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCCACCTGGTGCACGCCATCGAGGAGCAGATCA         AGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106604 TCCACCTGGTGCACGCCATCGAGGAGCAGATCAGTG...CAGAGAAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGGAGGAGTTCTCCGTGGAAGAGGCCGAGGTGCTACAGATCCTCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108033 CTGGAGGAGTTCTCCGTGGAAGAGGCCGAGGTGCTACAGATCCTCACACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTCAACGTGGTGCGAAGAGAGTGTGAGATC         AAACTGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108083 GGTCAACGTGGTGCGAAGAGAGTGTGAGATCGTG...CAGAAACTGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CGGCCCACTTTGACGAAAAGAAGGAGATCAACAAACGGAAGCAGCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108234 CGGCCCACTTTGACGAAAAGAAGGAGATCAACAAACGGAAGCAGCTGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTGGAGGGGAAG         GACCCTGACCTGGAGGCCAAGCGCAAGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108284 CTGGAGGGGAAGGTG...CAGGACCCTGACCTGGAGGCCAAGCGCAAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGAGCTGGCCAAGATCAAGCAGAAGAACCGGCGCTTCAAGGAGAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108416 TGAGCTGGCCAAGATCAAGCAGAAGAACCGGCGCTTCAAGGAGAAGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGGAGACGCTGAAGCGACAGAAGGCTGGCAGGGCTGGCCACAAGGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108466 AGGAGACGCTGAAGCGACAGAAGGCTGGCAGGGCTGGCCACAAGGGGCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCACCCAGGACACCGTCTGGGTCCCACTCAGGCCCAGTCCCCTCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108516 CCACCCAGGACACCGTCTGGGTCCCACTCAGGCCCAGTCCCCTCCCAGGG

   1550     .
   1443 CCTGGTC
        |||||||
 108566 CCTGGTC