seq1 = pF1KE5625.tfa, 1479 bp
seq2 = pF1KE5625/gi568815582f_67938024.tfa (gi568815582f:67938024_68178983), 240960 bp

>pF1KE5625 1479
>gi568815582f:67938024_68178983 (Chr16)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-172  (111482-111527)   100% ->
173-264  (115541-115632)   100% ->
265-308  (116551-116594)   100% ->
309-369  (118341-118401)   100% ->
370-417  (123043-123090)   100% ->
418-483  (128294-128359)   100% ->
484-554  (128543-128613)   100% ->
555-641  (132111-132197)   100% ->
642-810  (132917-133085)   100% ->
811-932  (136011-136132)   100% ->
933-1082  (137332-137481)   100% ->
1083-1170  (138609-138696)   100% ->
1171-1244  (140422-140495)   100% ->
1245-1479  (140726-140960)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTTTGAATAGCCTCTCTCTGTGTTACCATAATAAGCTAATCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTTTGAATAGCCTCTCTCTGTGTTACCATAATAAGCTAATCCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAATGGTTCGGGTAGGGACTCTTCCAATGAGGCTGCTGGCCCTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAATGGTTCGGGTAGGGACTCTTCCAATGAGGCTGCTGGCCCTGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGAGCGGACATTGTTTACTGTGAG         GAGCTGATCGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 ATGGAGCGGACATTGTTTACTGTGAGGTA...CAGGAGCTGATCGACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATGATTCAGTGCAAGAGAGTTGTTAATG         AGGTGCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111497 AAGATGATTCAGTGCAAGAGAGTTGTTAATGGTG...CAGAGGTGCTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACAGTGGACTTTGTCGCCCCTGATGATCGAGTTGTCTTCCGCACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115551 CACAGTGGACTTTGTCGCCCCTGATGATCGAGTTGTCTTCCGCACCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAGAGAGCAGAACAGGGTGGTCTTCCAGATG         GGGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115601 AAAGAGAGCAGAACAGGGTGGTCTTCCAGATGGTG...CAGGGGACTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACGCAGAGCGAGCCCTTGCTGTGGCCAGGCTTGT         AGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116560 GACGCAGAGCGAGCCCTTGCTGTGGCCAGGCTTGTGTA...CAGAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGATGTGGCTGGTATTGATGTCAACATGGGCTGTCCAAAACAATATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118347 TGATGTGGCTGGTATTGATGTCAACATGGGCTGTCCAAAACAATATTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCAAG         GGAGGAATGGGAGCTGCCCTGCTGTCAGACCCTGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118397 CCAAGGTA...TAGGGAGGAATGGGAGCTGCCCTGCTGTCAGACCCTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGATTGAGAAG         ATCCTCAGCACTCTTGTTAAAGGGACACG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 123079 AAGATTGAGAAGGTA...CAGATCCTCAGCACTCTTGTTAAAGGGACACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CAGACCTGTGACCTGCAAGATTCGCATCCTGCCATCG         CTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 128323 CAGACCTGTGACCTGCAAGATTCGCATCCTGCCATCGGTA...CAGCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AAGATACCCTGAGCCTTGTGAAGCGGATAGAGAGGACTGGCATTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128547 AAGATACCCTGAGCCTTGTGAAGCGGATAGAGAGGACTGGCATTGCTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 ATCGCAGTTCATGGGAG         GAAGCGGGAGGAGCGACCTCAGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 128597 ATCGCAGTTCATGGGAGGTG...AAGGAAGCGGGAGGAGCGACCTCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TCCTGTCAGCTGTGAAGTCATCAAAGCCATTGCTGATACCCTCTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132135 TCCTGTCAGCTGTGAAGTCATCAAAGCCATTGCTGATACCCTCTCCATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CTGTCATAGCCAA         CGGAGGATCTCATGACCACATCCAACAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132185 CTGTCATAGCCAAGTA...TAGCGGAGGATCTCATGACCACATCCAACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 TATTCGGACATAGAGGACTTTCGACAAGCCACGGCAGCCTCTTCCGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132945 TATTCGGACATAGAGGACTTTCGACAAGCCACGGCAGCCTCTTCCGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GGTGGCCCGAGCAGCCATGTGGAACCCATCTATCTTCCTCAAGGAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132995 GGTGGCCCGAGCAGCCATGTGGAACCCATCTATCTTCCTCAAGGAGGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGCGGCCCCTGGAGGAGGTCATGCAGAAATACATCAGATAC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 133045 TGCGGCCCCTGGAGGAGGTCATGCAGAAATACATCAGATACGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GCGGTGCAGTATGACAACCACTACACCAACACCAAGTACTGCTTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136011 GCGGTGCAGTATGACAACCACTACACCAACACCAAGTACTGCTTGTGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GATGCTACGAGAACAGCTGGAGTCGCCCCAGGGAAGGTTGCTCCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136061 GATGCTACGAGAACAGCTGGAGTCGCCCCAGGGAAGGTTGCTCCATGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCCAGTCTTCCCGGGAAATTTG         TGAGGCCTTTGGCCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 136111 CCCAGTCTTCCCGGGAAATTTGGTA...TAGTGAGGCCTTTGGCCTTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GCCTTCTATGAGGAGACCACACAGGAGCTGGATGCCCAGCAGGCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137351 GCCTTCTATGAGGAGACCACACAGGAGCTGGATGCCCAGCAGGCCAGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTCAGCCAAGACTTCAGAGCAGACAGGGGAGCCAGCTGAAGATACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137401 CTCAGCCAAGACTTCAGAGCAGACAGGGGAGCCAGCTGAAGATACCTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GTGTCATTAAGATGGCTGTCAAGTTTGACCG         GAGAGCATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 137451 GTGTCATTAAGATGGCTGTCAAGTTTGACCGGTA...CAGGAGAGCATAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CCAGCCCAGATCACCCCTAAGATGTGCCTACTAGAGTGGTGCCGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138619 CCAGCCCAGATCACCCCTAAGATGTGCCTACTAGAGTGGTGCCGGAGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GAAGTTGGCACAGCCTGTGTATGAAACG         GTTCAACGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 138669 GAAGTTGGCACAGCCTGTGTATGAAACGGTG...CAGGTTCAACGCCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TAGATCGCCTGTTCTCCTCTATTGTCACCGTTGCTGAACAAAAGTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140435 TAGATCGCCTGTTCTCCTCTATTGTCACCGTTGCTGAACAAAAGTATCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 TCTACCTTGTG         GGACAAGTCCAAGAAACTGGCGGAGCAGGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140485 TCTACCTTGTGGTA...CAGGGACAAGTCCAAGAAACTGGCGGAGCAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGCAGCCATCGTCTGTCTGCGGAGCCAGGGCCTCCCTGAGGGTCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140756 TGCAGCCATCGTCTGTCTGCGGAGCCAGGGCCTCCCTGAGGGTCGGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GTGAGGAGAGCCCTTCCTTGCACAAGCGAAAGAGGGAGGCTCCTGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140806 GTGAGGAGAGCCCTTCCTTGCACAAGCGAAAGAGGGAGGCTCCTGACCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GACCCTGGGGGCCCCAGAGCTCAGGAGCTAGCACAACCTGGGGATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140856 GACCCTGGGGGCCCCAGAGCTCAGGAGCTAGCACAACCTGGGGATCTGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CAAGAAGCCCTTTGTGGCCTTGGGAAGTGGTGAAGAAAGCCCCCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140906 CAAGAAGCCCTTTGTGGCCTTGGGAAGTGGTGAAGAAAGCCCCCTGGAAG

   1600     .
   1475 GCTGG
        |||||
 140956 GCTGG