seq1 = pF1KE5623.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KE5623/gi568815596f_178012547.tfa (gi568815596f:178012547_178226173), 213627 bp

>pF1KE5623 1422
>gi568815596f:178012547_178226173 (Chr2)

1-300  (100001-100300)   100% ->
301-423  (103716-103838)   100% ->
424-550  (105509-105635)   100% ->
551-673  (107741-107863)   100% ->
674-853  (108634-108813)   100% ->
854-983  (110976-111105)   100% ->
984-1068  (111282-111366)   100% ->
1069-1232  (111581-111744)   100% ->
1233-1422  (113438-113627)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAAGCTGGCAGCTCTGCGAGCGGCGGGGGCTTCCGCCCGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGAAGCTGGCAGCTCTGCGAGCGGCGGGGGCTTCCGCCCGGGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACAGCCTGGACGAACCGCCCAACAGCCGCATCTTCCTTGTGATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACAGCCTGGACGAACCGCCCAACAGCCGCATCTTCCTTGTGATCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTACACACCTGAGTCGGTGCTGAGGGAGCGCTTCTCGCCTTTTGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTACACACCTGAGTCGGTGCTGAGGGAGCGCTTCTCGCCTTTTGGCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCAGGACATCTGGGTGGTGCGGGACAAGCACACCAAGGAGTCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCAGGACATCTGGGTGGTGCGGGACAAGCACACCAAGGAGTCCAAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTGCTTTCGTCAAGTTCGCCCGCAGCTCACAGGCCTGCAGGGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATTGCTTTCGTCAAGTTCGCCCGCAGCTCACAGGCCTGCAGGGCCATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGAGATGCATGGCCAGTGCCTCGGCCCCAACGACACCAAGCCCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGAGATGCATGGCCAGTGCCTCGGCCCCAACGACACCAAGCCCATCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301          GTTTTCATTGCTCAGTCCCGATCATCTGGAAGTCACCGAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTG...TAGGTTTTCATTGCTCAGTCCCGATCATCTGGAAGTCACCGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTTGAAGATGAAGAACTTACAAGAATCTTTGTTATGATACCAAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103757 TGTTGAAGATGAAGAACTTACAAGAATCTTTGTTATGATACCAAAGTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACACAGAAGAAGATCTGCGGGAAAAATTTAAG         GTGTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103807 ACACAGAAGAAGATCTGCGGGAAAAATTTAAGGTA...TAGGTGTATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATATCGAGTATTGCAGCATTATTAAGAATAAAGTGACTGGAGAAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105518 GATATCGAGTATTGCAGCATTATTAAGAATAAAGTGACTGGAGAAAGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGGTTTGGGCTACGTACGATACTTAAAACCATCACAAGCTGCCCAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105568 AGGTTTGGGCTACGTACGATACTTAAAACCATCACAAGCTGCCCAAGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAGAAAACTGTGATCGAA         GTTTTAGAGCAATCTTGGCTGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105618 TAGAAAACTGTGATCGAAGTA...CAGGTTTTAGAGCAATCTTGGCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTAAAAATAAAGCATCTGAATCCTCTGAACAAGATTATTATAGTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107764 CCTAAAAATAAAGCATCTGAATCCTCTGAACAAGATTATTATAGTAATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGGCAAGAAGCTTTGGGACATGAACCTAGAGTAAATATGTTTCCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107814 GAGGCAAGAAGCTTTGGGACATGAACCTAGAGTAAATATGTTTCCATTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674          AACAACAATCTGAATTTTCAAGTTTTGACAAGAATGATAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107864 GTA...GAGAACAACAATCTGAATTTTCAAGTTTTGACAAGAATGATAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGAGGCCAGGAAGCAATCTCCAAACGCTTGTCAGTTGTATCAAGAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108675 CGAGGCCAGGAAGCAATCTCCAAACGCTTGTCAGTTGTATCAAGAGTTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTTCACTGAAGAACAGCTTTTCAGCATTTTTGATATAGTACCAGGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108725 TTTCACTGAAGAACAGCTTTTCAGCATTTTTGATATAGTACCAGGATTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AATATTGTGAAGTTCAACGAGATCCTTATTCAAATTATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108775 AATATTGTGAAGTTCAACGAGATCCTTATTCAAATTATGGTA...TAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATGGAGTGGTTCAGTATTTTAATGTAGCATCAGCTATTTATGCAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110978 CATGGAGTGGTTCAGTATTTTAATGTAGCATCAGCTATTTATGCAAAATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAAATTACATGGATTTCAGTACCCTCCTGGGAACCGAATAGGTGTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111028 CAAATTACATGGATTTCAGTACCCTCCTGGGAACCGAATAGGTGTTTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCATTGATGATGGAAGTAATGCAACAGA         TCTCCTTAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111078 TCATTGATGATGGAAGTAATGCAACAGAGTA...CAGTCTCCTTAGAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATGGCAACACAGATGGTAGCTGCACAGCTTGCATCAATGGTGTGGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111295 ATGGCAACACAGATGGTAGCTGCACAGCTTGCATCAATGGTGTGGAATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCCAAGTCAGCAACAATTTATG         CAATTTGGAGGAAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111345 CCCAAGTCAGCAACAATTTATGGTA...CAGCAATTTGGAGGAAGCTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GATCACAGTTGCCTCAAATCCAGACAGATGTTGTACTTCCATCATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111600 GATCACAGTTGCCTCAAATCCAGACAGATGTTGTACTTCCATCATGCAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAAAAAGCTCCTGCTGAAACTCCTGTGAAAGAAAGACTTTTTATTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111650 AAAAAAGCTCCTGCTGAAACTCCTGTGAAAGAAAGACTTTTTATTGTGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TAATCCTCATCCTTTACCTTTAGACGTATTAGAAGATATATTCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 111700 TAATCCTCATCCTTTACCTTTAGACGTATTAGAAGATATATTCTGGTA..

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233     TCGTTTTGGTAACCTGATCGAAGTTTACCTTGTGTCAGGAAAAAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111750 .CAGTCGTTTTGGTAACCTGATCGAAGTTTACCTTGTGTCAGGAAAAAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTGGGGTATGCCAAGTATGCCGATAGAATAAGTGCTAATGATGCCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113484 GTGGGGTATGCCAAGTATGCCGATAGAATAAGTGCTAATGATGCCATTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CACTCTACATGGAAAGATTCTGAATGGGGTGAGACTTAAAGTTATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113534 CACTCTACATGGAAAGATTCTGAATGGGGTGAGACTTAAAGTTATGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAGATTCGCCAAGAGAAGAATCTAACAAACGGCAAAGAACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113584 CAGATTCGCCAAGAGAAGAATCTAACAAACGGCAAAGAACTTAC