seq1 = pF1KE5622.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KE5622/gi568815597r_27877285.tfa (gi568815597r:27877285_28148426), 271142 bp

>pF1KE5622 1608
>gi568815597r:27877285_28148426 (Chr1)

(complement)

27-77  (99997-100044)   92% ->
78-157  (105777-105856)   100% ->
158-224  (109522-109588)   100% ->
225-361  (112747-112883)   100% ->
362-447  (131188-131273)   100% ->
448-631  (135133-135316)   100% ->
632-771  (137341-137480)   100% ->
772-855  (144008-144091)   100% ->
856-945  (148378-148467)   100% ->
946-1004  (151049-151107)   100% ->
1005-1165  (154867-155027)   100% ->
1166-1280  (158616-158730)   100% ->
1281-1402  (159771-159892)   100% ->
1403-1503  (169953-170053)   100% ->
1504-1608  (171038-171142)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     27 GCAACCAGTGAAAAAAGCCAAGATGCAGGAATCAGGAGAGCAAACTATAA
        ||| ---|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 GCAG   GTGAAAAAAGCCAAGATGCAGGAATCAGGAGAGCAAACTATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     77 G         TCAAGTAAGCAATCCAGATGTCAGTGATCAGAAGCCTGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 GGTA...CAGTCAAGTAAGCAATCCAGATGTCAGTGATCAGAAGCCTGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    118 ACATCAAGCCTTGCTTCAAACCTTCCCATGTCAGAGGAAA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105817 ACATCAAGCCTTGCTTCAAACCTTCCCATGTCAGAGGAAAGTA...CAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    159 TATGACATGCACCGATTACATCCCTCGCTCATCCAATGATTATACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109523 TATGACATGCACCGATTACATCCCTCGCTCATCCAATGATTATACCTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    209 AAATGTATTCTGCAAA         ACCTTATGCACATATTCTCTCAGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109573 AAATGTATTCTGCAAAGTA...CAGACCTTATGCACATATTCTCTCAGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 CCTGTTTCGGAAACTGCTTACCCTGGACAGACTCAATACCAGACACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112772 CCTGTTTCGGAAACTGCTTACCCTGGACAGACTCAATACCAGACACTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 GCAGACTCAACCCTATGCTGTCTACCCTCAGGCAACCCAAACGTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112822 GCAGACTCAACCCTATGCTGTCTACCCTCAGGCAACCCAAACGTATGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TACCTCCTTTTG         CTTCAAGCACAAATGCCAGCCTGATATCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112872 TACCTCCTTTTGGTA...TAGCTTCAAGCACAAATGCCAGCCTGATATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 ACTTCTTCTACAATTGCCAATATTCCAGCAGCAGCAGTAGCCAGCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131217 ACTTCTTCTACAATTGCCAATATTCCAGCAGCAGCAGTAGCCAGCATCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 AAACCAG         GATTATCCCACCTATACTATTCTTGGTCAGAATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131267 AAACCAGGTA...CAGGATTATCCCACCTATACTATTCTTGGTCAGAATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 AGTACCAGGCCTGCTACCCCAGCTCCAGCTTTGGAGTCACAGGTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135167 AGTACCAGGCCTGCTACCCCAGCTCCAGCTTTGGAGTCACAGGTCAGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 AACAGTGATGCAGAGAGCACCACATTAGCAGCAACCACATACCAGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135217 AACAGTGATGCAGAGAGCACCACATTAGCAGCAACCACATACCAGTCGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 GAAGCCTAGTGTCATGGCGCCTGCACCTGCAGCACAGAGACTTTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135267 GAAGCCTAGTGTCATGGCGCCTGCACCTGCAGCACAGAGACTTTCCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632          GAGACCCTTCTACAAGTCCATCTTTGTCCCAGACTACACCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135317 GTA...CAGGAGACCCTTCTACAAGTCCATCTTTGTCCCAGACTACACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 AGTAAAGATACTGATGATCAGTCCAGGAAAAACATGACTAGCAAGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137382 AGTAAAGATACTGATGATCAGTCCAGGAAAAACATGACTAGCAAGAACCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 GGGCAAGAGGAAAGCTGATGCCACTTCTTCCCAAGACAGTGAATTAGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 137432 GGGCAAGAGGAAAGCTGATGCCACTTCTTCCCAAGACAGTGAATTAGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772         CGGGTATTTCTGTGGGACTTGGATGAAACCATCATCATCTTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137482 TA...CAGCGGGTATTTCTGTGGGACTTGGATGAAACCATCATCATCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 CACTCACTTCTTACTGGATCCTATGCCCAGAAATATGGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 144050 CACTCACTTCTTACTGGATCCTATGCCCAGAAATATGGAAAGGTA...TA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856  GACCCAACAGTAGTGATTGGCTCAGGTTTAACAATGGAAGAAATGATTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148377 GGACCCAACAGTAGTGATTGGCTCAGGTTTAACAATGGAAGAAATGATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 TTGAAGTGGCTGATACTCATCTATTTTTCAATGACTTAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 148427 TTGAAGTGGCTGATACTCATCTATTTTTCAATGACTTAGAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 GAGTGTGACCAGGTACATGTGGAAGATGTGGCTTCTGATGACAATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151049 GAGTGTGACCAGGTACATGTGGAAGATGTGGCTTCTGATGACAATGGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 AGACTTGAG         CAACTACAGTTTCTCAACAGATGGTTTCAGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 151099 AGACTTGAGGTG...CAGCAACTACAGTTTCTCAACAGATGGTTTCAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 GCTCAGGAGGTAGTGGCAGCCATGGTTCATCTGTGGGTGTTCAGGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154899 GCTCAGGAGGTAGTGGCAGCCATGGTTCATCTGTGGGTGTTCAGGGAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 GTGGACTGGATGAGGAAACTAGCTTTCCGCTACCGGAAAGTGAGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154949 GTGGACTGGATGAGGAAACTAGCTTTCCGCTACCGGAAAGTGAGAGAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 CTATGATAAGCATAAAAGCAACGTGGGTG         GTCTCCTCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 154999 CTATGATAAGCATAAAAGCAACGTGGGTGGTA...AAGGTCTCCTCAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 CCCAGAGGAAGGAAGCACTGCAGAGATTAAGAGCAGAAATTGAAGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158628 CCCAGAGGAAGGAAGCACTGCAGAGATTAAGAGCAGAAATTGAAGTTTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228 ACAGATTCCTGGTTAGGAACTGCATTAAAGTCCTTACTTCTCATCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158678 ACAGATTCCTGGTTAGGAACTGCATTAAAGTCCTTACTTCTCATCCAGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278 CAG         AAAGAATTGTGTGAATGTTCTGATCACTACCACCCAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158728 CAGGTA...TAGAAAGAATTGTGTGAATGTTCTGATCACTACCACCCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319 TGGTTCCAGCCCTGGCCAAGGTTCTCCTATATGGACTAGGAGAAATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159809 TGGTTCCAGCCCTGGCCAAGGTTCTCCTATATGGACTAGGAGAAATATTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369 CCTATTGAGAACATCTATAGTGCTACCAAAATTG         GTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 159859 CCTATTGAGAACATCTATAGTGCTACCAAAATTGGTA...CAGGTAAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1410 GAGCTGCTTTGAGAGAATTGTGTCAAGGTTTGGAAAGAAAGTCACATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169960 GAGCTGCTTTGAGAGAATTGTGTCAAGGTTTGGAAAGAAAGTCACATATG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460 TAGTGATTGGAGATGGACGAGATGAAGAAATTGCAGCCAAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 170010 TAGTGATTGGAGATGGACGAGATGAAGAAATTGCAGCCAAACAGGTA...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1504    CAACTCTATTTCTTAGACATGGAGGCATTGGGTTGCCAGCTAGAACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171035 CAGCAACTCTATTTCTTAGACATGGAGGCATTGGGTTGCCAGCTAGAACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 AACTGCCCTGATACTCTTCATCCAGTTAAGTGGAAACCTTAGCAACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171085 AACTGCCCTGATACTCTTCATCCAGTTAAGTGGAAACCTTAGCAACTATA

   1700     .
   1601 ATAAACTA
        ||||||||
 171135 ATAAACTA