seq1 = pF1KE5621.tfa, 1536 bp
seq2 = pF1KE5621/gi568815581r_32913968.tfa (gi568815581r:32913968_34256532), 1342565 bp

>pF1KE5621 1536
>gi568815581r:32913968_34256532 (Chr17)

(complement)

1-555  (100001-100555)   99% ->
556-706  (1144466-1144616)   100% ->
707-834  (1167543-1167670)   100% ->
835-985  (1228141-1228291)   100% ->
986-1042  (1230551-1230607)   100% ->
1043-1196  (1232519-1232672)   100% ->
1197-1288  (1235223-1235314)   100% ->
1289-1368  (1238849-1238928)   100% ->
1369-1437  (1240494-1240562)   100% ->
1438-1536  (1242467-1242565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTCAAGGAAAGCCCCAGTGAGGGCAGCCTGCAACCTTCTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCTCAAGGAAAGCCCCAGTGAGGGCAGCCTGCAACCTTCTAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGATCTTTGCCAACACCTCCACCCTCCATGGCATCCGCCACATCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGATCTTTGCCAACACCTCCACCCTCCATGGCATCCGCCACATCTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTATGGGCCGCTGACCATCCGGCGTGTGCTGTGGGCAGTGGCCTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTATGGGCCGCTGACCATCCGGCGTGTGCTGTGGGCAGTGGCCTTCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTCTCTGGGCCTGCTGCTGGTGGAGAGCTCTGAGAGGGTGTCCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTCTCTGGGCCTGCTGCTGGTGGAGAGCTCTGAGAGGGTGTCCTACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCTCCTACCAGCATGTCACTAAGGTGGACGAAGTGGTGGCTCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCTCCTACCAGCATGTCACTAAGGTGGACGAAGTGGTGGCTCAAAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTCTTCCCAGCTGTGACCCTCTGTAACCTCAATGGCTTCCGGTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100251 TGGTCTTCCCAGCTGTGACCCTCTGTAACCTGAATGGCTTCCGGTTCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGCTCACCACCAACGACCTGTACCATGCTGGGGAGCTGCTGGCCCTGCT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGGCTCACCACCAATGACCTGTACCATGCTGGGGAGCTGCTGGCCCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGATGTCAACCTGCAGATCCCGGACCCCCATCTGGCTGACCCCTCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGATGTCAACCTGCAGATCCCGGACCCCCATCTGGCTGACCCCTCCGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGAGGCCCTGCGGCAGAAGGCCAACTTCAAGCACTACAAACCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGAGGCCCTGCGGCAGAAGGCCAACTTCAAGCACTACAAACCCAAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCAGCATGCTGGAGTTCCTGCACCGTGTGGGCCATGACCTGAAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCAGCATGCTGGAGTTCCTGCACCGTGTGGGCCATGACCTGAAGGATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GATGCTCTACTGCAAGTTCAAAGGGCAGGAGTGCGGCCACCAAGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GATGCTCTACTGCAAGTTCAAAGGGCAGGAGTGCGGCCACCAAGACTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCACA         GTGTTTACAAAATATGGGAAGTGTTACATGTTTAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCACAGTG...CAGGTGTTTACAAAATATGGGAAGTGTTACATGTTTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCAGGCGAGGATGGCAAACCTCTGCTCACCACGGTCAAGGGGGGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1144502 TCAGGCGAGGATGGCAAACCTCTGCTCACCACGGTCAAGGGGGGGACAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAACGGGCTGGAGATCATGCTGGACATTCAGCAGGATGAGTACCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1144552 CAACGGGCTGGAGATCATGCTGGACATTCAGCAGGATGAGTACCTGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCTGGGGAGAGACAG         AGGAAACGACATTTGAAGCAGGAGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
1144602 TCTGGGGAGAGACAGGTG...CAGAGGAAACGACATTTGAAGCAGGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGTTCAGATCCACAGTCAGTCTGAGCCACCTTTCATCCAAGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1167569 AAAGTTCAGATCCACAGTCAGTCTGAGCCACCTTTCATCCAAGAGCTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTTTGGGGTGGCTCCAGGGTTCCAGACCTTTGTGGCCACACAGGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1167619 CTTTGGGGTGGCTCCAGGGTTCCAGACCTTTGTGGCCACACAGGAGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GG         CTCACATACCTGCCCCCACCGTGGGGTGAGTGCCGATCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1167669 GGGTA...CAGCTCACATACCTGCCCCCACCGTGGGGTGAGTGCCGATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCAGAGATGGGCCTCGACTTTTTTCCTGTTTACAGCATCACCGCCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1228180 TCAGAGATGGGCCTCGACTTTTTTCCTGTTTACAGCATCACCGCCTGTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GATTGACTGTGAGACCCGCTACATTGTGGAAAACTGCAACTGCCGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1228230 GATTGACTGTGAGACCCGCTACATTGTGGAAAACTGCAACTGCCGCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTCACATGCCAG         GGGATGCCCCTTTTTGTACCCCTGAGCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
1228280 TTCACATGCCAGGTC...CAGGGGATGCCCCTTTTTGTACCCCTGAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CACAAGGAGTGTGCAGAGCCTGCCCTAG         GTCTGTTGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
1230580 CACAAGGAGTGTGCAGAGCCTGCCCTAGGTC...CAGGTCTGTTGGCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AAAGGACAGCAATTACTGTCTCTGCAGGACACCCTGCAACCTAACCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1232532 AAAGGACAGCAATTACTGTCTCTGCAGGACACCCTGCAACCTAACCCGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACAACAAAGAGCTCTCCATGGTGAAGATCCCCAGCAAGACATCAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1232582 ACAACAAAGAGCTCTCCATGGTGAAGATCCCCAGCAAGACATCAGCCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TACCTTGAGAAGAAATTTAACAAATCAGAAAAATATATCTC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
1232632 TACCTTGAGAAGAAATTTAACAAATCAGAAAAATATATCTCGTA...CAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGAGAACATCCTTGTTCTGGATATATTTTTTGAAGCTCTCAATTATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1235223 AGAGAACATCCTTGTTCTGGATATATTTTTTGAAGCTCTCAATTATGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAATTGAACAGAAGAAGGCGTATGAAGTTGCTGCCTTACTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
1235273 CAATTGAACAGAAGAAGGCGTATGAAGTTGCTGCCTTACTTGGTA...CA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1289  GTGATATTGGTGGTCAGATGGGATTGTTCATTGGTGCTAGTATCCTTAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1238848 GGTGATATTGGTGGTCAGATGGGATTGTTCATTGGTGCTAGTATCCTTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AATACTAGAGCTCTTTGATTATATTTATGAG         CTGATCAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
1238898 AATACTAGAGCTCTTTGATTATATTTATGAGGTA...CAGCTGATCAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGAAGCTATTAGACCTGCTTGGCAAAGAGGAGGACGAAGGGAGCCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1240504 AGAAGCTATTAGACCTGCTTGGCAAAGAGGAGGACGAAGGGAGCCACGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAGAATGTG         AGTACTTGTGACACAATGCCAAACCACTCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
1240554 GAGAATGTGGTA...CAGAGTACTTGTGACACAATGCCAAACCACTCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AACCATCAGTCACACTGTGAACGTGCCCCTGCAGACGACCCTGGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1242499 AACCATCAGTCACACTGTGAACGTGCCCCTGCAGACGACCCTGGGGACCT

   1600     .    :    .
   1520 TGGAGGAGATTGCCTGC
        |||||||||||||||||
1242549 TGGAGGAGATTGCCTGC