seq1 = pF1KE5619.tfa, 1443 bp
seq2 = pF1KE5619/gi568815587r_125793788.tfa (gi568815587r:125793788_125996284), 202497 bp

>pF1KE5619 1443
>gi568815587r:125793788_125996284 (Chr11)

(complement)

1-378  (100001-100378)   99% ->
379-944  (100496-101061)   100% ->
945-1443  (101999-102497)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGATAATGACACAGACAGAAACCAGACTGAGAAGCTCCTAAAAAG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTATAATGACACAGACAGAAACCAGACTGAGAAGCTCCTAAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTACGAGAACTGGAGCAAGAGGTGCAAAGACTTAAAAAGGAACAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTACGAGAACTGGAGCAAGAGGTGCAAAGACTTAAAAAGGAACAGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAATAAGGAGGACTCAAACATTAGAGAAAATTCATCAGGAGCTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100101 AAAATAAGGAGGACTCAAACATTAGAGAAAATTCAGCAGGAGCTGGAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTAAGCGTGCATTTGATTTCAGTGCTCATGGCCGAAGACACGTAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTAAGCGTGCATTTGATTTCAGTGCTCATGGCCGAAGACACGTAGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGAATAGCCTATATGGGCTGGGGATACCAGGGCTTTGCTAGTCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAGAATAGCCTATATGGGCTGGGGATACCAGGGCTTTGCTAGTCAGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACACAAATAATACCATTGAAGAGAAACTGTTTGAAGCTCTAACCAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACACAAATAATACCATTGAAGAGAAACTGTTTGAAGCTCTAACCAAGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGACTAGTAGAAAGCAGACAGACATCCAACTATCACCGATGTGGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGACTAGTAGAAAGCAGACAGACATCCAACTATCACCGATGTGGGAGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGATAAAGGAGTTAGTGCCTTTGGACAG         GTGATCTCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100351 AGATAAAGGAGTTAGTGCCTTTGGACAGGTA...CAGGTGATCTCACTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCTTCGCTCTCAGTTTCCAAGGGGCAGGGATTCCGAGGACTTTAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100509 ACCTTCGCTCTCAGTTTCCAAGGGGCAGGGATTCCGAGGACTTTAATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAAGAGGAGGCTAATGCTGCTGCTGAAGAGATCCGTTATACCCACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100559 AAAGAGGAGGCTAATGCTGCTGCTGAAGAGATCCGTTATACCCACATTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAATCGGGTACTCCCTCCAGACATCCGTATATTGGCCTGGGCCCCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 CAATCGGGTACTCCCTCCAGACATCCGTATATTGGCCTGGGCCCCTGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AACCAAGCTTCAGTGCTAGGTTCAGCTGCCTTGAGCGGACTTACCGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100659 AACCAAGCTTCAGTGCTAGGTTCAGCTGCCTTGAGCGGACTTACCGCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTTTTCCCTCGTGCTGATTTAGATATTGTAACCATGGATTATGCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100709 TTTTTCCCTCGTGCTGATTTAGATATTGTAACCATGGATTATGCAGCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAAGTATGTTGGCACCCATGATTTCAGGAACTTGTGTAAAATGGATGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100759 GAAGTATGTTGGCACCCATGATTTCAGGAACTTGTGTAAAATGGATGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCAACGGTGTGATTAATTTTCAGAGGACTATTCTATCTGCTCAAGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100809 CCAACGGTGTGATTAATTTTCAGAGGACTATTCTATCTGCTCAAGTACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTAGTGGGCCAGAGCCCAGGTGAGGGGAGATGGCAAGAACCTTTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100859 CTAGTGGGCCAGAGCCCAGGTGAGGGGAGATGGCAAGAACCTTTCCAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ATGTCAGTTTGAAGTGACTGGCCAGGCATTCCTTTATCATCAAGTCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100909 ATGTCAGTTTGAAGTGACTGGCCAGGCATTCCTTTATCATCAAGTCCGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GTATGATGGCTATCCTCTTTCTGATTGGCCAAGGAATGGAGAAGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100959 GTATGATGGCTATCCTCTTTCTGATTGGCCAAGGAATGGAGAAGCCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATTATTGATGAGCTGCTGAATATAGAGAAAAATCCCCAAAAGCCTCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 ATTATTGATGAGCTGCTGAATATAGAGAAAAATCCCCAAAAGCCTCAATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TAG         TATGGCTGTAGAATTTCCTCTAGTCTTATATGACTGTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 TAGGTG...TAGTATGGCTGTAGAATTTCCTCTAGTCTTATATGACTGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGTTTGAAAATGTCAAGTGGATCTATGACCAGGAGGCTCAGGAGTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 AGTTTGAAAATGTCAAGTGGATCTATGACCAGGAGGCTCAGGAGTTCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATTACCCACCTACAACAACTGTGGGCTAATCATGCTGTCAAAACTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102087 ATTACCCACCTACAACAACTGTGGGCTAATCATGCTGTCAAAACTCACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GTTGTATAGTATGCTACAAGGACTGGACACTGTTCCAGTACCCTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102137 GTTGTATAGTATGCTACAAGGACTGGACACTGTTCCAGTACCCTGTGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TAGGACCAAAGATGGATGGAATGACAGAATGGGGAAATGTTAAGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102187 TAGGACCAAAGATGGATGGAATGACAGAATGGGGAAATGTTAAGCCCTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GTCATAAAGCAGACCAGTGCCTTTGTAGAAGGAGTGAAGATGCGCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102237 GTCATAAAGCAGACCAGTGCCTTTGTAGAAGGAGTGAAGATGCGCACATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TAAGCCCCTCATGGACCGTCCTAAATGCCAAGGACTGGAATCCCGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102287 TAAGCCCCTCATGGACCGTCCTAAATGCCAAGGACTGGAATCCCGGATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGCATTTTGTACGTAGGGGACGAATTGAGCACCCACATTTATTCCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102337 AGCATTTTGTACGTAGGGGACGAATTGAGCACCCACATTTATTCCATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GAAGAAACAAAAGCCAAAAGGGACTGTAATGACACACTAGAGGAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 102387 GAAGAAACAAAAGCCAAAAGGGACTGTAATGACACACTAGAGGAAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TACTAATTTGGAGACACCAACGAAGAGGGTCTGTGTTGACACAGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102437 TACTAATTTGGAGACACCAACGAAGAGGGTCTGTGTTGACACAGAAATTA

   1450     .    :
   1433 AAAGCATCATT
        |||||||||||
 102487 AAAGCATCATT