seq1 = pF1KE5612.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE5612/gi568815591f_123853571.tfa (gi568815591f:123853571_124059922), 206352 bp

>pF1KE5612 1533
>gi568815591f:123853571_124059922 (Chr7)

1-954  (100001-100954)   99% ->
955-1044  (101427-101516)   100% ->
1045-1485  (105914-106354)   100% ->
1486-1533  (116628-116675)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGTGCTAAAATTCAAGCACATCTTTTTCAGAAGCTTTGTTAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGTGCTAAAATTCAAGCACATCTTTTTCAGAAGCTTTGTTAAATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTGGAGTATCCCAGATAGTTTTCACCTTCCTTCTGATTCCATGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGTGGAGTATCCCAGATAGTTTTCACCTTCCTTCTGATTCCATGTTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACTCTGAATTTCAGAGCACCTCCTGTTATTCCAAATGTGCCTTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGACTCTGAATTTCAGAGCACCTCCTGTTATTCCAAATGTGCCTTTCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGGCCTGGAATGCCCCAAGTGAATTTTGTCTTGGAAAATTTGATGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGGCCTGGAATGCCCCAAGTGAATTTTGTCTTGGAAAATTTGATGAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTAGATATGAGCCTCTTCTCTTTCATAGGAAGCCCCCGAATAAACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTAGATATGAGCCTCTTCTCTTTCATAGGAAGCCCCCGAATAAACGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGGCAAGGTGTTACAATATTTTATGTTGATAGACTTGGCTACTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGGGCAAGGTGTTACAATATTTTATGTTGATAGACTTGGCTACTATCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACATAGATTCAATCACAGGAGTAACTGTGAATGGAGGAATCCCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACATAGATTCAATCACAGGAGTAACTGTGAATGGAGGAATCCCCCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATTTCCTTACAAGACCATCTGGACAAAGCTAAGAAAGACATTACATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATTTCCTTACAAGACCATCTGGACAAAGCTAAGAAAGACATTACATTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATATGCCAGTAGACAATTTGGGAATGGCTGTTATTGACTGGGAAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATATGCCAGTAGACAATTTGGGAATGGCTGTTATTGACTGGGAAGAATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGACCCACTTGGGCAAGAAACTGGAAACCTAAAGATGTTTACAAGAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGACCCACTTGGGCAAGAAACTGGAAACCTAAAGATGTTTACAAGAATAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTCTATTGAATTGGTTCAGCAACAAAATGTACAACTTAGTCTCACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTCTATTGAATTGGTTCAGCAACAAAATGTACAACTTAGTCTCACAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCACTGAGAAAGCAAAACAAGAATTTGAAAAAGCAGGGAAGGATTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100551 CCACTGAGAAAGCAAAACAAGAATTTGAAAAGGCAGGGAAGGATTTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTAGAGACTATAAAATTGGGAAAATTACTTCGGCCAAATCACTTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTAGAGACTATAAAATTGGGAAAATTACTTCGGCCAAATCACTTGTGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATTATCTTTTTCCGGATTGTTACAACCATCACTATAAGAAACCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTATTATCTTTTTCCGGATTGTTACAACCATCACTATAAGAAACCCGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAATGGAAGTTGCTTCAATGTAGAAATAAAAAGAAATGATGATCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAATGGAAGTTGCTTCAATGTAGAAATAAAAAGAAATGATGATCTCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGGTTGTGGAATGAAAGCACTGCTCTTTACCCATCCATTTATTTGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGGTTGTGGAATGAAAGCACTGCTCTTTACCCATCCATTTATTTGAACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCAGCAGTCTCCTGTAGCTGCTACACTCTATGTGCGCAATCGAGTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCAGCAGTCTCCTGTAGCTGCTACACTCTATGTGCGCAATCGAGTTCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGCCATCAGAGTTTCCAAAATACCTGATGCAAAAAGTCCACTTCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAGCCATCAGAGTTTCCAAAATACCTGATGCAAAAAGTCCACTTCCGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTTGCATATACCCGCATAGTTTTTACTGATCAAGTTTTGAAATTCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTTGCATATACCCGCATAGTTTTTACTGATCAAGTTTTGAAATTCCTTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCAA         GATGAACTTGTGTATACATTTGGCGAAACTGTTGCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TCAAGTA...CAGGATGAACTTGTGTATACATTTGGCGAAACTGTTGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGGGTGCTTCTGGAATTGTAATATGGGGAACCCTCAGTATAATGCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101464 TGGGTGCTTCTGGAATTGTAATATGGGGAACCCTCAGTATAATGCGAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATG         AAATCTTGCTTGCTCCTAGACAATTACATGGAGACTAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101514 ATGGTA...CAGAAATCTTGCTTGCTCCTAGACAATTACATGGAGACTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ACTGAATCCTTACATAATCAACGTCACACTAGCAGCCAAAATGTGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105952 ACTGAATCCTTACATAATCAACGTCACACTAGCAGCCAAAATGTGTAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AAGTGCTTTGCCAGGAGCAAGGAGTGTGTATAAGGAAAAACTGGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106002 AAGTGCTTTGCCAGGAGCAAGGAGTGTGTATAAGGAAAAACTGGAATTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGTGACTATCTTCACCTCAACCCAGATAATTTTGCTATTCAACTTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106052 AGTGACTATCTTCACCTCAACCCAGATAATTTTGCTATTCAACTTGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AGGTGGAAAGTTCACAGTACGTGGAAAACCGACACTTGAAGACCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106102 AGGTGGAAAGTTCACAGTACGTGGAAAACCGACACTTGAAGACCTGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AATTTTCTGAAAAATTTTATTGCAGCTGTTATAGCACCTTGAGTTGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106152 AATTTTCTGAAAAATTTTATTGCAGCTGTTATAGCACCTTGAGTTGTAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GAGAAAGCTGATGTAAAAGACACTGATGCTGTTGATGTGTGTATTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106202 GAGAAAGCTGATGTAAAAGACACTGATGCTGTTGATGTGTGTATTGCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGGTGTCTGTATAGATGCTTTTCTAAAACCTCCCATGGAGACAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106252 TGGTGTCTGTATAGATGCTTTTCTAAAACCTCCCATGGAGACAGAAGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CTCAAATTTTCTACAATGCTTCACCCTCCACACTATCTGCCACAATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106302 CTCAAATTTTCTACAATGCTTCACCCTCCACACTATCTGCCACAATGTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 ATT         TGGAGGCTGGAAGTCTGGGATCAAGGTATTAGCAGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106352 ATTGTT...CAGTGGAGGCTGGAAGTCTGGGATCAAGGTATTAGCAGAAT

   1550     .    :
   1524 TGGTTTCTTC
        ||||||||||
 116666 TGGTTTCTTC