seq1 = pF1KE5611.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KE5611/gi568815589r_137010651.tfa (gi568815589r:137010651_137214713), 204063 bp

>pF1KE5611 1476
>gi568815589r:137010651_137214713 (Chr9)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-181  (100138-100251)   100% ->
182-321  (100332-100471)   99% ->
322-485  (100686-100849)   100% ->
486-621  (101218-101353)   100% ->
622-703  (101427-101508)   100% ->
704-870  (101595-101761)   100% ->
871-931  (101909-101969)   100% ->
932-1050  (102484-102602)   100% ->
1051-1207  (102685-102841)   99% ->
1208-1272  (102960-103024)   98% ->
1273-1343  (103764-103834)   100% ->
1344-1476  (103931-104063)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCCGCTCCCTGGGCCCCGGTCCTGCTGCTGGCGCTCGGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTCCGCTCCCTGGGCCCCGGTCCTGCTGCTGGCGCTCGGGCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCCTCCAGGCGGGGG         CCCGCAGGGCCCCGGACCCCGGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCCTCCAGGCGGGGGGTG...CAGCCCGCAGGGCCCCGGACCCCGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGGAGCGCTTCTTCCAGCAGCGTCTGGACCACTTCAACTTCGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100162 TCCAGGAGCGCTTCTTCCAGCAGCGTCTGGACCACTTCAACTTCGAGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCGGCAACAAGACCTTCCCTCAGCGCTTCCTGGTGTCGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100212 TTCGGCAACAAGACCTTCCCTCAGCGCTTCCTGGTGTCGGGTG...CAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGTTCTGGGTCCGGGGCGAGGGGCCCATCTTCTTCTACACTGGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100333 CAGGTTCTGGGTCCGGGGCGAGGGGCCCATCTTCTTCTACACTGGGAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGGCGACGTGTGGGCCTTCGCCAACAACTCGGGCTTCGTCGCGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100383 AGGGCGACGTGTGGGCCTTCGCCAACAACTCGGCCTTCGTCGCGGAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGGCCGAGCGGGGGGCTCTACTGGTCTTCGCGGAGCAC         CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100433 GCGGCCGAGCGGGGGGCTCTACTGGTCTTCGCGGAGCACGTG...CAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTACTACGGGAAGTCGCTGCCGTTCGGTGCGCAGTCCACGCAGCGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100688 CTACTACGGGAAGTCGCTGCCGTTCGGTGCGCAGTCCACGCAGCGCGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACACGGAGCTGCTGACGGTGGAGCAGGCCCTGGCCGACTTCGCAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100738 ACACGGAGCTGCTGACGGTGGAGCAGGCCCTGGCCGACTTCGCAGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCCGCGCGCTACGACGCGACCTCGGGGCCCAGGATGCCCCCGCCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100788 CTCCGCGCGCTACGACGCGACCTCGGGGCCCAGGATGCCCCCGCCATCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCGGTGGAAG         TTATGGGGGGATGCTCAGTGCCTACCTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100838 CTTCGGTGGAAGGTG...CAGTTATGGGGGGATGCTCAGTGCCTACCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGATGAAGTATCCCCACCTGGTGGCGGGGGCGCTGGCGGCCAGCGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101247 GGATGAAGTATCCCCACCTGGTGGCGGGGGCGCTGGCGGCCAGCGCGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTCTAGCTGTGGCAGGCCTCGGCGACTCCAACCAGTTCTTCCGGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101297 GTTCTAGCTGTGGCAGGCCTCGGCGACTCCAACCAGTTCTTCCGGGACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACGGCG         GACTTTGAGGGCCAGAGTCCCAAATGCACCCAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101347 CACGGCGGTG...CAGGACTTTGAGGGCCAGAGTCCCAAATGCACCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGTGCGGGAAGCGTTCCGACAGATCAAGGACTTGTTCCTACAGGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101461 GTGTGCGGGAAGCGTTCCGACAGATCAAGGACTTGTTCCTACAGGGAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    704        CCTACGACACGGTCCGCTGGGAGTTCGGCACCTGCCAGCCGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101511 G...CAGCCTACGACACGGTCCGCTGGGAGTTCGGCACCTGCCAGCCGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTCAGACGAGAAGGACCTGACCCAGCTCTTCATGTTCGCCCGGAATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101638 GTCAGACGAGAAGGACCTGACCCAGCTCTTCATGTTCGCCCGGAATGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCACCGTGCTGGCCATGATGGACTACCCCTACCCCACTGACTTCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101688 TCACCGTGCTGGCCATGATGGACTACCCCTACCCCACTGACTTCCTGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCCTCCCTGCCAACCCCGTCAAG         GTGGGCTGTGATCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101738 CCCCTCCCTGCCAACCCCGTCAAGGTG...CAGGTGGGCTGTGATCGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCTGAGTGAGGCCCAGAGGATCACGGGGCTGCGAGCACTGGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101926 GCTGAGTGAGGCCCAGAGGATCACGGGGCTGCGAGCACTGGCAGGTG...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932    GGCTGGTCTACAACGCCTCGGGCTCCGAGCACTGCTACGACATCTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102481 CAGGGCTGGTCTACAACGCCTCGGGCTCCGAGCACTGCTACGACATCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGGCTCTACCACAGCTGTGCTGACCCCACTGGCTGCGGCACCGGCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102531 CGGCTCTACCACAGCTGTGCTGACCCCACTGGCTGCGGCACCGGCCCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGCCAGGGCCTGGGACTACCAG         GCCTGCACCGAGATCAACC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102581 CGCCAGGGCCTGGGACTACCAGGTG...CAGGCCTGCACCGAGATCAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGACCTTCGCCAGCAACAATGTGACCGATATGTTCCCCGACCTGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 102704 TGACCTTCGCCAGCAACAATGTGACCGATATGTTCCCGGACCTGCCCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACTGACGAGCTCCGCCAGCGGTACTGCCTGGACACCTGGGGCGTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102754 ACTGACGAGCTCCGCCAGCGGTACTGCCTGGACACCTGGGGCGTGTGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCGGCCCGACTGGCTGCTGACCAGCTTCTGGGGGGGTG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102804 CCGGCCCGACTGGCTGCTGACCAGCTTCTGGGGGGGTGGTA...CAGATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTAGAGCCGCCAGCAACATCATCTTCTCCAACGGGAACCTGGACCCCTGG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102963 TCAGAGCCGCCAGCAACATCATCTTCTCCAACGGGAACCTGGACCCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCAGGGGGCGGG         ATTCGGAGGAACCTGAGTGCCTCAGTCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103013 GCAGGGGGCGGGGTG...CAGATTCGGAGGAACCTGAGTGCCTCAGTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGCCGTCACCATCCAGGGGGGAGCGCACCACCTCGACCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103793 CGCCGTCACCATCCAGGGGGGAGCGCACCACCTCGACCTCAGGTG...CA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1344  AGCCTCCCACCCAGAAGATCCTGCTTCCGTGGTTGAGGCGCGGAAGCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103930 GAGCCTCCCACCCAGAAGATCCTGCTTCCGTGGTTGAGGCGCGGAAGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGGCCACCATCATCGGCGAGTGGGTAAAGGCAGCCAGGCGTGAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103980 GAGGCCACCATCATCGGCGAGTGGGTAAAGGCAGCCAGGCGTGAGCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :
   1443 GCCAGCTCTGCGTGGGGGGCCCAGACTCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104030 GCCAGCTCTGCGTGGGGGGCCCAGACTCAGCCTC