seq1 = pF1KE5610.tfa, 1752 bp
seq2 = pF1KE5610/gi568815597r_206491778.tfa (gi568815597r:206491778_206712342), 220565 bp

>pF1KE5610 1752
>gi568815597r:206491778_206712342 (Chr1)

(complement)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-247  (100969-101159)   100% ->
248-331  (102884-102967)   100% ->
332-422  (104017-104107)   100% ->
423-530  (106836-106943)   100% ->
531-784  (109139-109392)   100% ->
785-902  (109890-110007)   100% ->
903-948  (112035-112080)   100% ->
949-1052  (112507-112610)   100% ->
1053-1202  (112731-112880)   100% ->
1203-1292  (113251-113340)   100% ->
1293-1388  (115148-115243)   100% ->
1389-1509  (116505-116625)   100% ->
1510-1684  (118550-118724)   100% ->
1685-1752  (120498-120565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGCCAAGGCCTTTCGGGTCAAGTCCAACACGGCCATCAAGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGCCAAGGCCTTTCGGGTCAAGTCCAACACGGCCATCAAGGGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACAG         GAGAAAGCTTCGAGCTGATGTGACAACTGCTTTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACAGGTG...CAGGAGAAAGCTTCGAGCTGATGTGACAACTGCTTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACCCTTGGAACTGATCAAGTCTCTGAGTTAGTACCTGGAAAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101004 CCACCCTTGGAACTGATCAAGTCTCTGAGTTAGTACCTGGAAAGGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCAACATTGTGAAGTTGTATGCTCACAAAGGGGATGCAGTGACTGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101054 CTCAACATTGTGAAGTTGTATGCTCACAAAGGGGATGCAGTGACTGTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGAGTGGTGGTAACCCCATCCTCTTTGAACTGGAGAAAAATCTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101104 CGTGAGTGGTGGTAACCCCATCCTCTTTGAACTGGAGAAAAATCTGTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAACAG         TGTACACGCTGTGGTCCTATCCTGATCTTCTGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101154 CAACAGGTA...CAGTGTACACGCTGTGGTCCTATCCTGATCTTCTGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCTTTACAACATGGCCTCTGGTGCTCGAGAAACTGGTAGGGGGAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102919 ACCTTTACAACATGGCCTCTGGTGCTCGAGAAACTGGTAGGGGGAGCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         ATTTGATGCTGCCTGGACTGGTGATGCCCCCTGCTGGTCTGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102969 TA...CAGATTTGATGCTGCCTGGACTGGTGATGCCCCCTGCTGGTCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCAGGTACAGAAGGGCGACCTCTGTGCCATTTCTTTGGTGGGGAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104059 CTCAGGTACAGAAGGGCGACCTCTGTGCCATTTCTTTGGTGGGGAACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423         AGCCCCTGTAGCCATTGGAGTTGCAGCCATGTCCACAGCTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104109 TA...TAGAGCCCCTGTAGCCATTGGAGTTGCAGCCATGTCCACAGCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATGCTCACGTCAGGCCTGAAGGGAAGGGGCTTCTCTGTGCTCCACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106878 GATGCTCACGTCAGGCCTGAAGGGAAGGGGCTTCTCTGTGCTCCACACTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCAGGACCACTTGTG         GCGGTCTGGAAACAAGTCCTCTCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106928 ACCAGGACCACTTGTGGTG...CAGGCGGTCTGGAAACAAGTCCTCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTTCCATTGCTCCACTGGCCCTGGATTCAGCAGATCTCAGTGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109164 CCTTCCATTGCTCCACTGGCCCTGGATTCAGCAGATCTCAGTGAAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGGTCTGTCCAGATGGACTCCACCCTGCAGGGAGACATGAGGCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109214 GGGGTCTGTCCAGATGGACTCCACCCTGCAGGGAGACATGAGGCACATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCTGGAGGGGGAAGAGGAGAATGGGGAGGTTCACCAGGCACGTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109264 CCCTGGAGGGGGAAGAGGAGAATGGGGAGGTTCACCAGGCACGTGAAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGTCTCTCTCAGAAGCCCCAGAAGACACCAGCACCAGGGGCCTGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109314 AAGTCTCTCTCAGAAGCCCCAGAAGACACCAGCACCAGGGGCCTGAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGACTCCACAGATAGCAAAACGCTTCAAG         AACAAATGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109364 AGACTCCACAGATAGCAAAACGCTTCAAGGTA...CAGAACAAATGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCTGTTACAGCAATGCTTCTTACATGCCTTGAAGTGCCGAGTCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109902 AGCTGTTACAGCAATGCTTCTTACATGCCTTGAAGTGCCGAGTCAAAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGACCTCCCTTTACTCACCAGCACTTTCCTTGGCAGCCACATGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109952 GCTGACCTCCCTTTACTCACCAGCACTTTCCTTGGCAGCCACATGTTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGCTG         CCCCGAAGGACGACAACTGGACATAAAGAAGTCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110002 CTGCTGGTA...CAGCCCCGAAGGACGACAACTGGACATAAAGAAGTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCTACAAAAAG         CTCTCTAAGTTCCTGCAGCAAATGCAGCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112070 GCTACAAAAAGGTA...TAGCTCTCTAAGTTCCTGCAGCAAATGCAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGCAGATTATACAGGTGAAGGAGCTGAGCAAAGGGGTGGAGAGCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112537 GAGCAGATTATACAGGTGAAGGAGCTGAGCAAAGGGGTGGAGAGCATTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCTGTGGACTGGAAACACCCGAG         GATTACATCTTTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112587 GGCTGTGGACTGGAAACACCCGAGGTG...TAGGATTACATCTTTCGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TACCCGAGCCCTCCCCGACCTCCCAGACTATCCAGGAGGGTAGCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112748 TACCCGAGCCCTCCCCGACCTCCCAGACTATCCAGGAGGGTAGCAGGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGCCCTATCACCCTCCAGATATAAAACCCCTCTACTGTGTCCCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112798 CAGCCCTATCACCCTCCAGATATAAAACCCCTCTACTGTGTCCCAGCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATGACCCTGCTCTTCCAGGAGTCTGGCCACAA         GAAGGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112848 CATGACCCTGCTCTTCCAGGAGTCTGGCCACAAGTG...TAGGAAGGGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCTTTCTGGAGGGCAGTGAGGTCCGAACGATCGTCATTAACTACGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113259 GCTTTCTGGAGGGCAGTGAGGTCCGAACGATCGTCATTAACTACGCCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAAAATGACCTGGTTGATGCAGACAACAAAAA         TCTTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113309 AAAAATGACCTGGTTGATGCAGACAACAAAAAGTG...TAGTCTTGTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATTGGATCCCATCCTATGTGACTGCATCTTAGAGAAAAATGAACAGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115157 ATTGGATCCCATCCTATGTGACTGCATCTTAGAGAAAAATGAACAGCATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAGTCATGAAGCTTCCATGGGACAGTCTTCTGACCAG         GTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115207 CAGTCATGAAGCTTCCATGGGACAGTCTTCTGACCAGGTA...CAGGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TTGGAAAAATTACAGCCTGCCTATCAAGTGACCCTTCCCGGACAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116509 TTGGAAAAATTACAGCCTGCCTATCAAGTGACCCTTCCCGGACAAGAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CATTGTGAAGAAAGGGAGAATCTGTCCAATTGACATCACCCTAGCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116559 CATTGTGAAGAAAGGGAGAATCTGTCCAATTGACATCACCCTAGCACAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAGCGTCTAATAAAAAG         GTGACCGTGGTCCGGAACTTGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116609 GAGCGTCTAATAAAAAGGTA...CAGGTGACCGTGGTCCGGAACTTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCCTATGGTCTGGACCCATACTCAGTGGCTGCCATCCTTCAGCAGCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118574 GCCTATGGTCTGGACCCATACTCAGTGGCTGCCATCCTTCAGCAGCGATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCAGGCTAGCACCACCGTCAATCCTGCCCCTGGGGCCAAGGACAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118624 CCAGGCTAGCACCACCGTCAATCCTGCCCCTGGGGCCAAGGACAGCCTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGGTGCAGATCCAGGGAAACCAGGTCCACCACCTCGGCTGGCTATTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118674 AGGTGCAGATCCAGGGAAACCAGGTCCACCACCTCGGCTGGCTATTGCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 G         AAGAGTATCAGCTCCCTCGAAAACACATCCAAGGTCTAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118724 GGTG...TAGAAGAGTATCAGCTCCCTCGAAAACACATCCAAGGTCTAGA

   1850     .    :    .    :    .
   1725 AAAGGCCCTCAAACCTGGCAAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 120538 AAAGGCCCTCAAACCTGGCAAGAAGAAG