seq1 = pF1KE5608.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE5608/gi568815595r_51833509.tfa (gi568815595r:51833509_52041468), 207960 bp

>pF1KE5608 1425
>gi568815595r:51833509_52041468 (Chr3)

(complement)

1-87  (99602-99688)   100% ->
88-170  (99978-100060)   100% ->
171-280  (103265-103374)   100% ->
281-348  (103733-103800)   100% ->
349-390  (103883-103924)   100% ->
391-517  (104151-104277)   100% ->
518-642  (104914-105038)   100% ->
643-735  (105120-105212)   100% ->
736-836  (105777-105877)   100% ->
837-971  (105993-106127)   100% ->
972-1034  (106210-106272)   100% ->
1035-1180  (106693-106838)   100% ->
1181-1260  (106918-106997)   100% ->
1261-1334  (107688-107761)   100% ->
1335-1425  (107870-107960)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCAACAGCGGCTGCTCGTAAGCGGGGAAAGCCGGCCTCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99602 ATGTCGGCAACAGCGGCTGCTCGTAAGCGGGGAAAGCCGGCCTCTGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGCTGGCGCGGGGGCCGGCAAGCGGCGGCGAAAG         GCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  99652 CGGGGCTGGCGCGGGGGCCGGCAAGCGGCGGCGAAAGGTG...CAGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCTGCGGGGGACAGGGGCAAATCCAAGGGTGGCGGCAAGATGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99982 ACTCTGCGGGGGACAGGGGCAAATCCAAGGGTGGCGGCAAGATGAATGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATCTCCAGCGACTCTGAGAGCGAGAG         CCTAGCTCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100032 GAGATCTCCAGCGACTCTGAGAGCGAGAGGTG...CAGCCTAGCTCCAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGCCTGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGCTGGAGGAAACTGCACAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103277 GAAGCCTGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGCTGGAGGAAACTGCACAGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAAGCTGCGCTTGGCCAAGCTCTACCTAGAGCAGCTCCGTCAGCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103327 AGAAGCTGCGCTTGGCCAAGCTCTACCTAGAGCAGCTCCGTCAGCAAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        AGGAGGAGAAGGCTGAGGCCCGTGCATTTGAGGAGGACCAGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103377 G...CAGAGGAGGAGAAGGCTGAGGCCCGTGCATTTGAGGAGGACCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCGGGGCGCCTGAAGGAGGATGTG         CTTGAGCAGAGGGGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103776 GGCGGGGCGCCTGAAGGAGGATGTGGTA...CAGCTTGAGCAGAGGGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGCTGCAGAAGTTGGTGGCAAAAGAG         ATCCAGGCCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103899 GGCTGCAGAAGTTGGTGGCAAAAGAGGTG...CAGATCCAGGCCCCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TCAGCTGACATTCGCGTTTTACGGGGGCACCAGCTCTCTATCACATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104166 TCAGCTGACATTCGCGTTTTACGGGGGCACCAGCTCTCTATCACATGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGTCGTCACCCCCGATGACTCAGCCATCTTCTCTGCTGCCAAAGACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104216 GGTCGTCACCCCCGATGACTCAGCCATCTTCTCTGCTGCCAAAGACTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCATCATTAAGT         GGAGCGTGGAGAGTGGACGGAAGCTGCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104266 GCATCATTAAGTGTG...CAGGGAGCGTGGAGAGTGGACGGAAGCTGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGATTCCTCGAGCCAAGAAGGGTGCCGAGGGAAAGCCCCCTGGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104943 GTGATTCCTCGAGCCAAGAAGGGTGCCGAGGGAAAGCCCCCTGGCCACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAGCCACGTCCTCTGCATGGCCATCTCCTCCGACGGCAAGTACCTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104993 CAGCCACGTCCTCTGCATGGCCATCTCCTCCGACGGCAAGTACCTTGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      GCCTCTGGTGACCGCAGCAAGCTCATTCTCATTTGGGAGGCCCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105043 ..CAGGCCTCTGGTGACCGCAGCAAGCTCATTCTCATTTGGGAGGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGCTGCCAGCACTTGTACACCTTCACAGGACACCGGGATGCAGTGTCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105165 AGCTGCCAGCACTTGTACACCTTCACAGGACACCGGGATGCAGTGTCGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736        GGTCTGGCATTCCGCAGAGGCACCCACCAGCTCTACAGCACAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105215 G...TAGGGTCTGGCATTCCGCAGAGGCACCCACCAGCTCTACAGCACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCCACGATCGCTCCGTGAAGGTGTGGAATGTGGCAGAGAACTCCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105820 CCCACGATCGCTCCGTGAAGGTGTGGAATGTGGCAGAGAACTCCTACGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGACGCT         CTTCGGACACCAGGACGCTGTGGCTGCACTGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105870 GAGACGCTGTG...TAGCTTCGGACACCAGGACGCTGTGGCTGCACTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGCCTTGAGCCGGGAGTGCTGTGTGACGGCTGGGGGCCGGGATGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106026 TGCCTTGAGCCGGGAGTGCTGTGTGACGGCTGGGGGCCGGGATGGGACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TACGTGTGTGGAAGATCCCCGAGGAGTCCCAGCTTGTCTTCTATGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106076 TACGTGTGTGGAAGATCCCCGAGGAGTCCCAGCTTGTCTTCTATGGCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CA         GGGCTCCATCGACTGCATCCACCTAATCAATGAGGAGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106126 CAGTA...CAGGGGCTCCATCGACTGCATCCACCTAATCAATGAGGAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CATGGTGTCCGGCGCGGACGATGG         CTCTGTGGCCTTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106249 CATGGTGTCCGGCGCGGACGATGGGTA...TAGCTCTGTGGCCTTGTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GTCTCTCCAAGAAGCGACCACTTGCCCTGCAGCGTGAAGCTCACGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106710 GTCTCTCCAAGAAGCGACCACTTGCCCTGCAGCGTGAAGCTCACGGGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CGGGGAGAGCCAGGCCTGGAGCAGCCCTTCTGGATATCGTCGGTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106760 CGGGGAGAGCCAGGCCTGGAGCAGCCCTTCTGGATATCGTCGGTGGCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCTCCTCAACACAGACCTTGTGGCCACAG         GCTCCCACAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106810 CCTCCTCAACACAGACCTTGTGGCCACAGGTG...CAGGCTCCCACAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CCTGTGTGCGGCTTTGGCAGTGTGGGGAAGGCTTCCGGCAGCTTGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106930 CCTGTGTGCGGCTTTGGCAGTGTGGGGAAGGCTTCCGGCAGCTTGACCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTCTGTGACATCCCCCTG         GTGGGTTTTATCAACAGCCTCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106980 CTCTGTGACATCCCCCTGGTG...CAGGTGGGTTTTATCAACAGCCTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GTTCTCCAGCTCTGGGGACTTCCTGGTGGCTGGGGTAGGGCAGGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107711 GTTCTCCAGCTCTGGGGACTTCCTGGTGGCTGGGGTAGGGCAGGAGCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 G         GCTTGGCCGATGGTGGAGAATCAAAGAGGCTCGGAATTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107761 GGTA...CAGGCTTGGCCGATGGTGGAGAATCAAAGAGGCTCGGAATTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GTCTGCATCATCCCACTCCGCAGGGTCCCTGTACCCCCAGCTGCTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107910 GTCTGCATCATCCCACTCCGCAGGGTCCCTGTACCCCCAGCTGCTGGTTC

   1550 
   1425 C
        |
 107960 C