seq1 = pF1KE5606.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE5606/gi568815597f_103579497.tfa (gi568815597f:103579497_103858655), 279159 bp

>pF1KE5606 1533
>gi568815597f:103579497_103858655 (Chr1)

1-168  (37945-38112)   100% ->
169-315  (38458-38604)   100% ->
316-513  (39415-39612)   100% ->
514-744  (40058-40288)   100% ->
745-878  (41055-41188)   100% ->
879-1001  (42081-42203)   100% ->
1002-1101  (42298-42397)   100% ->
1102-1220  (44370-44488)   100% ->
1221-1346  (44600-44725)   100% ->
1347-1533  (46061-46247)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTCTTTCTGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37945 ATGAAGTTCTTTCTGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCCAAATACACAACAAGGACGGACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37995 TTCCCCAAATACACAACAAGGACGGACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38045 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGATTTGGAGGGGTTCAG         GTCTCTCCACCAAATGAAAATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  38095 GGATTTGGAGGGGTTCAGGTG...TAGGTCTCTCCACCAAATGAAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCAATTTACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38481 TGCAATTTACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38531 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGACTAGATGTAACAATGTTGGG         GTTCGTATTTATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  38581 GTGACTAGATGTAACAATGTTGGGGTA...TAGGTTCGTATTTATGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAACGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39432 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAACGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39482 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCATATTCTGGATGGGATTTCAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39532 CCATATTCTGGATGGGATTTCAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATATCGAGAACTACAATGATGCTACTCAG         GTCAGAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  39582 AGATATCGAGAACTACAATGATGCTACTCAGGTA...CAGGTCAGAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGTCTGACTGGTCTTCTTGATCTTGCACTGGAGAAGGATTACGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  40068 GTCGTCTGACTGGTCTTCTTGATCTTGCACTGGAGAAGGATTACGTGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  40118 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTCAGACTTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  40168 GTTCAGACTTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCTGCAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  40218 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCTGCAGGAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAACCTTTCATTTACCAGGAG         GTAATTGATCTGGGTGGTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  40268 AAACCTTTCATTTACCAGGAGGTA...TAGGTAATTGATCTGGGTGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  41075 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  41125 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGTCTTACTTAAA         GAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  41175 ATGTCTTACTTAAAGTA...TAGGAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  42108 ACCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GACATGGGGCTGGAGGAGCCTCTATTCTTACCTTCTGGGATGCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  42158 GACATGGGGCTGGAGGAGCCTCTATTCTTACCTTCTGGGATGCTAGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002      GCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTACGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  42208 ..CAGGCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTACGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGACAGTTTCAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  42343 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGACAGTTTCAAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAAAC         GATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATAATAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  42393 GAAACGTA...AAGGATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATAATAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGAGTAATTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  44406 GGAGTAATTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAG         GAACATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  44456 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAGGTG...TAGGAACATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTATTTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAATTGGTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  44608 TTATTTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAATTGGTATGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  44658 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TTTCAACAATGATGACTG         GTCATTTTCTTTAACTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  44708 TTTCAACAATGATGACTGGTA...CAGGTCATTTTCTTTAACTTTGCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  46084 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AATGGCAATTGCACAGGCATTAAAATTTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  46134 AATGGCAATTGCACAGGCATTAAAATTTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  46184 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG

   1600     .    :
   1520 CTGAATCTAAATTG
        ||||||||||||||
  46234 CTGAATCTAAATTG