seq1 = pF1KE5606.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE5606/gi568815597f_103471603.tfa (gi568815597f:103471603_103617440), 145838 bp

>pF1KE5606 1533
>gi568815597f:103471603_103617440 (Chr1)

1-168  (100001-100168)   99% ->
169-315  (100508-100654)   99% ->
316-513  (101461-101658)   98% ->
514-744  (102106-102336)   97% ->
745-878  (102658-102791)   98% ->
879-1001  (103621-103743)   97% ->
1002-1101  (103839-103938)   97% ->
1102-1220  (105888-106006)   100% ->
1221-1346  (106118-106243)   98% ->
1347-1533  (107709-107894)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTCTTTCTGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTCTTTCTGTTGCTTTTCACCATTGGGTTCTGCTGGGCTCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCCAAATACACAACAAGGACGGACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCCCAAATACACAACAAGGACGGACATCTATTGTTCATCTGTTTGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100101 GGCGATGGGTTGATATTGCTCTTGAATGTGAGCGATATTTAGCTCCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGATTTGGAGGGGTTCAG         GTCTCTCCACCAAATGAAAATGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GGATTTGGAGGGGTTCAGGTG...TAGGTCTCTCCACCAAATGAAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCAATTTACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100531 TGCAATTCACAACCCTTTCAGACCTTGGTGGGAAAGATACCAACCAGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100581 GCTATAAATTATGCACAAGATCTGGAAATGAAGATGAATTTAGAAACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGACTAGATGTAACAATGTTGGG         GTTCGTATTTATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100631 GTGACTAGATGTAACAATGTTGGGGTA...TAGGTTCGTATTTATGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGTAATTAATCATATGTGTGGTAACGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA
        |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
 101478 TGCTGTAATTAATCATATGTCTGGTAATGCTGTGAGTGCAGGAACAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101528 GTACCTGTGGAAGTTACTTCAACCCTGGAAGTAGGGACTTTCCAGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCATATTCTGGATGGGATTTCAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 101578 CCATATTCTGGATGGGATTTTAATGATGGTAAATGTAAAACTGGAAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATATCGAGAACTACAATGATGCTACTCAG         GTCAGAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101628 AGATATCGAGAACTACAATGATGCTACTCAGGTA...CAGGTCAGAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGTCTGACTGGTCTTCTTGATCTTGCACTGGAGAAGGATTACGTGCGT
        ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
 102116 GTCGTCTGGTTGGTCTTCTTGATCTTGCACTGGAGAAAGATTATGTGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTAAGATTGCCGAATATATGAACCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG
        || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 102166 TCCAAGATTGCCGAATATATGAATCATCTCATTGACATTGGTGTTGCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTCAGACTTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102216 GTTCAGACTTGATGCTTCCAAGCACATGTGGCCTGGAGACATAAAGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCTGCAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102266 TTTTGGACAAACTGCATAATCTAAACAGTAACTGGTTCCCTGCAGGAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAACCTTTCATTTACCAGGAG         GTAATTGATCTGGGTGGTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102316 AAACCTTTCATTTACCAGGAGGTA...TAGGTAATTGATCTGGGTGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGTAATGGCCGGGTGACAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 102678 GCCAATTAAAAGCAGTGACTACTTTGGAAATGGCCGGGTGACAGAATTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102728 AGTATGGTGCAAAACTCGGCACAGTTATTCGCAAGTGGAATGGAGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGTCTTACTTAAA         GAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCGT
        ||||||||| ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||| |
 102778 ATGTCTTACCTAAAGTA...TAGGAACTGGGGAGAAGGTTGGGGTTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACCTTCTGACAGAGCGCTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG
         |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103648 GCCTTCTGACAGAGCACTTGTCTTTGTGGATAACCATGACAATCAACGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GACATGGGGCTGGAGGAGCCTCTATTCTTACCTTCTGGGATGCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103698 GACATGGGGCTGGAGGAGCCTCTATTCTTACCTTCTGGGATGCTAGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002      GCTGTACAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTACGG
        ..>>>|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 103748 ..CAGGCTGTATAAAATGGCAGTTGGATTTATGCTTGCTCATCCTTATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGACAGTTTCAAAATG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103884 TTTTACACGAGTAATGTCAAGCTACCGTTGGCCAAGACAGTTTCAAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAAAC         GATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATAATAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103934 GAAACGTA...AAGGATGTTAATGATTGGGTTGGGCCACCAAATAATAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGAGTAATTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105924 GGAGTAATTAAAGAAGTTACTATTAATCCAGACACTACTTGTGGCAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAG         GAACATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105974 CTGGGTCTGTGAACATCGATGGCGCCAAATAAGGTG...TAGGAACATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTATTTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAATTGGTATGAT
        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 106126 TTAATTTCCGCAATGTAGTGGATGGCCAGCCTTTTACAAACTGGTATGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106176 AATGGGAGCAACCAAGTGGCTTTTGGGAGAGGAAACAGAGGATTCATTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TTTCAACAATGATGACTG         GTCATTTTCTTTAACTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>| |||||||||||||||||||||
 106226 TTTCAACAATGATGACTGGTA...CAGGACATTTTCTTTAACTTTGCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107732 CTGGTCTTCCTGCTGGCACATACTGTGATGTCATTTCTGGAGATAAAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AATGGCAATTGCACAGGCATTAAAATTTACGTTTCTGATGATGGCAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
 107782 AATGGCAATTGCACAGGCATTAAAATCTACGTTTCTGACGATGGCAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAAGATCCATTTATTGCAATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 107832 TCATTTTTCTATTAGTAACTCTGCTGAGGATCCATTTATTGCAATTCATG

   1600     .    :
   1520 CTGAATCTAAATTG
        |||||||||||||-
 107882 CTGAATCTAAATT