seq1 = pF1KE5602.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KE5602/gi568815597f_28638257.tfa (gi568815597f:28638257_28843987), 205731 bp

>pF1KE5602 1737
>gi568815597f:28638257_28843987 (Chr1)

1-27  (98865-98891)   100% ->
28-52  (99402-99426)   100% ->
53-132  (100003-100082)   100% ->
133-1716  (104147-105730)   100% ->
1717-1737  (130673-130693)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCCAGCAGCCTCTTGGAGCAG         AGACCAAAAGGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  98865 ATGTCGGCCAGCAGCCTCTTGGAGCAGGTA...CAGAGACCAAAAGGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGAAACAAAG         TACAAAATGGATCTGTACATCAAAAGGATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  99416 AGGAAACAAAGGTA...TAGTACAAAATGGATCTGTACATCAAAAGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GATTAAACGATGATGATTTTGAACCTTACTTGAGTCCACAGGCAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100033 GATTAAACGATGATGATTTTGAACCTTACTTGAGTCCACAGGCAAGGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133          AATAATGCATATACTGCCATGTCAGATTCCTACTTACCCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100083 GTG...CAGAATAATGCATATACTGCCATGTCAGATTCCTACTTACCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TTACTACAGTCCCTCCATTGGCTTCTCCTATTCTTTGGGTGAAGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104188 TTACTACAGTCCCTCCATTGGCTTCTCCTATTCTTTGGGTGAAGCTGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGTCTACGGGGGGTGACACAGCCATGCCCTACTTAACTTCTTATGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104238 GGTCTACGGGGGGTGACACAGCCATGCCCTACTTAACTTCTTATGGACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGAGCAACGGAGAGCCCCACTTCCTACCAGATGCAATGTTTGGGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104288 CTGAGCAACGGAGAGCCCCACTTCCTACCAGATGCAATGTTTGGGCAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGAGCCCTAGGTAGCACTCCATTTCTTGGTCAGCATGGTTTTAATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104338 AGGAGCCCTAGGTAGCACTCCATTTCTTGGTCAGCATGGTTTTAATTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCCCAGTGGGATTGACTTCTCAGCATGGGGAAATAACAGTTCTCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104388 TTCCCAGTGGGATTGACTTCTCAGCATGGGGAAATAACAGTTCTCAGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGTCTACTCAGAGCTCTGGATATAGTAGCAATTATGCTTATGCACCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104438 CAGTCTACTCAGAGCTCTGGATATAGTAGCAATTATGCTTATGCACCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCCTTAGGTGGAGCCATGATTGATGGACAGTCAGCTTTTGCCAATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104488 CTCCTTAGGTGGAGCCATGATTGATGGACAGTCAGCTTTTGCCAATGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCTCAATAAGGCTCCTGGCATGAATACTATAGACCAAGGGATGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104538 CCCTCAATAAGGCTCCTGGCATGAATACTATAGACCAAGGGATGGCAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGAAGTTGGGTAGCACAGAAGTTGCAAGCAATGTTCCAAAAGTTGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104588 CTGAAGTTGGGTAGCACAGAAGTTGCAAGCAATGTTCCAAAAGTTGTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCTGCTGTTGGTAGCGGGTCCATTACTAGTAACATCGTGGCTTCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104638 TTCTGCTGTTGGTAGCGGGTCCATTACTAGTAACATCGTGGCTTCCAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTTTGCCTCCAGCCACCATTGCTCCTCCAAAACCAGCATCTTGGGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104688 GTTTGCCTCCAGCCACCATTGCTCCTCCAAAACCAGCATCTTGGGCTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATTGCTAGCAAGCCTGCAAAACAGCAACCTAAACTGAAGACCAAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104738 ATTGCTAGCAAGCCTGCAAAACAGCAACCTAAACTGAAGACCAAGAATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATTGCAGGGTCAAGTCTTCCGCCACCCCCGATAAAGCATAACATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104788 CATTGCAGGGTCAAGTCTTCCGCCACCCCCGATAAAGCATAACATGGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTGGAACTTGGGATAACAAGGGTCCCGTTGCAAAAGCCCCCTCACAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104838 TTGGAACTTGGGATAACAAGGGTCCCGTTGCAAAAGCCCCCTCACAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTGGTTCAGAATATAGGTCAGCCAACCCAGGGGTCTCCTCAGCCTGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104888 TTGGTTCAGAATATAGGTCAGCCAACCCAGGGGTCTCCTCAGCCTGTAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TCAGCAGGCTAACAATAGCCCACCAGTGGCTCAGGCATCAGTAGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104938 TCAGCAGGCTAACAATAGCCCACCAGTGGCTCAGGCATCAGTAGGGCAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGACACAGCCATTGCCTCCACCTCCACCACAGCCTGCCCAGCTTTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104988 AGACACAGCCATTGCCTCCACCTCCACCACAGCCTGCCCAGCTTTCAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CAGCAACAGGCAGCTCAGCCAACCCGCTGGGTAGCACCTCGGAACCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105038 CAGCAACAGGCAGCTCAGCCAACCCGCTGGGTAGCACCTCGGAACCGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CAGTGGGTTCGGTCATAATGGGGTGGATGGTAATGGAGTAGGACAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105088 CAGTGGGTTCGGTCATAATGGGGTGGATGGTAATGGAGTAGGACAGTCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGGCTGGTTCTGGATCTACTCCTTCAGAACCCCACCCAGTGTTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105138 AGGCTGGTTCTGGATCTACTCCTTCAGAACCCCACCCAGTGTTGGAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTTCGGTCCATTAATAACTATAACCCCAAAGATTTTGACTGGAATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105188 CTTCGGTCCATTAATAACTATAACCCCAAAGATTTTGACTGGAATCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 ACATGGCCGGGTTTTCATCATTAAGAGCTACTCTGAGGACGATATTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105238 ACATGGCCGGGTTTTCATCATTAAGAGCTACTCTGAGGACGATATTCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GTTCCATTAAGTATAATATTTGGTGCAGCACAGAGCATGGTAACAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105288 GTTCCATTAAGTATAATATTTGGTGCAGCACAGAGCATGGTAACAAGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CTGGATGCTGCTTATCGTTCCATGAACGGGAAAGGCCCCGTTTACTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105338 CTGGATGCTGCTTATCGTTCCATGAACGGGAAAGGCCCCGTTTACTTACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TTTCAGTGTCAACGGCAGTGGACACTTCTGTGGCGTGGCAGAAATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105388 TTTCAGTGTCAACGGCAGTGGACACTTCTGTGGCGTGGCAGAAATGAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CTGCTGTGGACTACAACACATGTGCAGGTGTGTGGTCCCAGGACAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105438 CTGCTGTGGACTACAACACATGTGCAGGTGTGTGGTCCCAGGACAAATGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AAGGGTCGTTTTGATGTCAGGTGGATTTTTGTGAAGGACGTTCCCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105488 AAGGGTCGTTTTGATGTCAGGTGGATTTTTGTGAAGGACGTTCCCAATAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CCAACTGCGACACATTCGCCTAGAGAACAACGAGAATAAACCAGTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105538 CCAACTGCGACACATTCGCCTAGAGAACAACGAGAATAAACCAGTGACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 ACTCTAGGGACACTCAGGAAGTGCCTCTGGAAAAGGCTAAGCAGGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105588 ACTCTAGGGACACTCAGGAAGTGCCTCTGGAAAAGGCTAAGCAGGTGTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AAAATTATAGCCAGCTACAAGCACACCACTTCCATTTTTGATGACTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105638 AAAATTATAGCCAGCTACAAGCACACCACTTCCATTTTTGATGACTTCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 ACACTATGAGAAACGCCAAGAGGAAGAAGAAAGTGTTAAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105688 ACACTATGAGAAACGCCAAGAGGAAGAAGAAAGTGTTAAAAAGGTA...T

   1750     .    :    .    :
   1717   GAACGTCAAGGTCGTGGGAAA
        >>|||||||||||||||||||||
 130671 AGGAACGTCAAGGTCGTGGGAAA