seq1 = pF1KE5588.tfa, 1131 bp
seq2 = pF1KE5588/gi568815597f_2921687.tfa (gi568815597f:2921687_3122817), 201131 bp

>pF1KE5588 1131
>gi568815597f:2921687_3122817 (Chr1)

1-1131  (100001-101131)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTAATCCGCACGCTTTAGACTCCCCGGCTGTGATTTTTGACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTAATCCGCACGCTTTAGACTCCCCGGCTGTGATTTTTGACAATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGGGGTTCTGCAAAGCGGGCCTGTCTGGGGAGTTTGGACCCCGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGGGGTTCTGCAAAGCGGGCCTGTCTGGGGAGTTTGGACCCCGGCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTCAGCTCCATCGTGGGGCACCTGAAATTCCAGGCTCCCTCAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTCAGCTCCATCGTGGGGCACCTGAAATTCCAGGCTCCCTCAGCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAACCAGAAGAAGTACTTTGTGGGGGAGGAGGCCCTGTACAAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAACCAGAAGAAGTACTTTGTGGGGGAGGAGGCCCTGTACAAGCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCCTGCAGCTGCACTCCCCTTTCGAGCGTGGCCTGATCACAGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCCTGCAGCTGCACTCCCCTTTCGAGCGTGGCCTGATCACAGGGTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGACGTGGAGAGACTCTGGAAGCACCTCTTTGAGTGGGAGCTAGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGACGTGGAGAGACTCTGGAAGCACCTCTTTGAGTGGGAGCTAGGCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAACCCAGCGACCAGCCCCTGCTTGCAACGGAGCCCTCCCTGAACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAACCCAGCGACCAGCCCCTGCTTGCAACGGAGCCCTCCCTGAACCCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGAACCGTGAGAAGATGGCAGAAGTCATGTTCGAGAACTTCGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGAACCGTGAGAAGATGGCAGAAGTCATGTTCGAGAACTTCGGCGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGCTTTCTACCTGTCGGACCAGGCGGTGCTGGCTCTCTACGCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGCTTTCTACCTGTCGGACCAGGCGGTGCTGGCTCTCTACGCCTCTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTGTCACGGGCCTGGTGGTGGACAGCGGGGATGCGGTCACCTGCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTGTCACGGGCCTGGTGGTGGACAGCGGGGATGCGGTCACCTGCACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCCATCTTTGAGGGTTACTCCCTGCCCCACGCAGTCACCAAGCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCCATCTTTGAGGGTTACTCCCTGCCCCACGCAGTCACCAAGCTCCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCGGGCAGGGACATCACGGAGCTCCTCATGCAGCTGCTCCTGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCGGGCAGGGACATCACGGAGCTCCTCATGCAGCTGCTCCTGGCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCCACACCTTCCCCTGCCAGCTGGACAAGGGTCTCGTGGACGACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCCACACCTTCCCCTGCCAGCTGGACAAGGGTCTCGTGGACGACATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAAGAAGCTGTGCTACGTGGCCTTGGAGCCCGAGAAGGAGCTTTCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AAAGAAGCTGTGCTACGTGGCCTTGGAGCCCGAGAAGGAGCTTTCCCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGCCGGAGGAGGTCCTGAGGGAGTACAAGCTGCCCGACGGGAACATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGCCGGAGGAGGTCCTGAGGGAGTACAAGCTGCCCGACGGGAACATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCCTCGGGGACCCGCTGCACCAGGCGCCCGAGGCCCTGTTCGTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCCTCGGGGACCCGCTGCACCAGGCGCCCGAGGCCCTGTTCGTGCCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCAGCTGGGCAGCCAGAGCCCCGGGCTCTCGAATATGGTCTCCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCAGCTGGGCAGCCAGAGCCCCGGGCTCTCGAATATGGTCTCCAGCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCACCAAGTGTGATACCGACATCCAGAAGATCCTCTTTGGGGAGATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCACCAAGTGTGATACCGACATCCAGAAGATCCTCTTTGGGGAGATTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGTCGGGGGGCACTACCCTGTTCCACGGGCTGGATGACCGGCTTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGTCGGGGGGCACTACCCTGTTCCACGGGCTGGATGACCGGCTTCTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAGCTGGAGCAGCTGGCCTCCAAGGACACCCCCATCAAGATCACGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAGCTGGAGCAGCTGGCCTCCAAGGACACCCCCATCAAGATCACGGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCCCCGACCGGTGGTTCTCCACCTGGATTGGAGCCTCCATCGTCACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCCCCGACCGGTGGTTCTCCACCTGGATTGGAGCCTCCATCGTCACCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTGAGTAGCTTCAAGCAGATGTGGGTCACCGCCGCAGACTTCAAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTGAGTAGCTTCAAGCAGATGTGGGTCACCGCCGCAGACTTCAAGGAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :
   1101 TGGGACCTCCGTGGTGCAGAGAAGATGCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TGGGACCTCCGTGGTGCAGAGAAGATGCTTC