seq1 = pF1KE5586.tfa, 1113 bp
seq2 = pF1KE5586/gi568815597f_45227149.tfa (gi568815597f:45227149_45428261), 201113 bp

>pF1KE5586 1113
>gi568815597f:45227149_45428261 (Chr1)

1-1113  (100001-101113)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGCCCGCCCTTCGTTTGTGCCACATCGCCTTCCACGTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGCCCGCCCTTCGTTTGTGCCACATCGCCTTCCACGTGCCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCAGCCCCTAGCCCGGAACCTGCAGCGCCTCTTCGGCTTCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGCAGCCCCTAGCCCGGAACCTGCAGCGCCTCTTCGGCTTCCAGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCTTCGCGGGAGGTGGACGGCTGGCGGCAGCTAGCCCTGCGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCTTCGCGGGAGGTGGACGGCTGGCGGCAGCTAGCCCTGCGCAGCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGCGGTCTTTTTGGTGAACGAGGGCGCAGGGTCTGGAGAGCCGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGCGGTCTTTTTGGTGAACGAGGGCGCAGGGTCTGGAGAGCCGCTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCCTGGATCCGCGTCACGCCGTGCCCAGCGCCACAAACCTGTGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCCTGGATCCGCGTCACGCCGTGCCCAGCGCCACAAACCTGTGCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGTGGCGGACGCCGGCGCTGCAACCCGGGAGCTGGCAGCGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGTGGCGGACGCCGGCGCTGCAACCCGGGAGCTGGCAGCGCTGGGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCGTGCCTGTCCCTCCCGTTCGCGTGCGGGACGCGCAGGGTGCCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCGTGCCTGTCCCTCCCGTTCGCGTGCGGGACGCGCAGGGTGCCGCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTACGCCGTGGTCAGCTCGCCTGCCGGCATCCTCAGCCTGACCTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTACGCCGTGGTCAGCTCGCCTGCCGGCATCCTCAGCCTGACCTTGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCGCGCTGGCTACCGCGGACCCTTCCTACCCGGCTTCAGGCCCGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCGCGCTGGCTACCGCGGACCCTTCCTACCCGGCTTCAGGCCCGTGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCTGCGCCTGGCCCCGGGTGGGTCAGCCGCGTGGACCACCTGACCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCTGCGCCTGGCCCCGGGTGGGTCAGCCGCGTGGACCACCTGACCTTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGCACCCCCGGCAGCTCCCCCACACTTTTGCGCTGGTTCCACGACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGCACCCCCGGCAGCTCCCCCACACTTTTGCGCTGGTTCCACGACTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGCTTTTGCCACTTGCCGCTGAGCCCAGGTGAGGATCCCGAGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGCTTTTGCCACTTGCCGCTGAGCCCAGGTGAGGATCCCGAGCTGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCGAAATGACAGCAGGGTTTGGGCTTGGGGGACTGAGGCTTACAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCGAAATGACAGCAGGGTTTGGGCTTGGGGGACTGAGGCTTACAGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAGGCCCAGCCGGGCAGCATTGTCCCCACTCTTGTTCTGGCTGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAGGCCCAGCCGGGCAGCATTGTCCCCACTCTTGTTCTGGCTGAGTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCCGGGGGCGACGACACGACAGGACCAGGTGGAGCAGTTCCTGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCCGGGGGCGACGACACGACAGGACCAGGTGGAGCAGTTCCTGGCCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACAAGGGGCCAGGCCTGCAGCACGTGGGGCTGTATACGCCTAACATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACAAGGGGCCAGGCCTGCAGCACGTGGGGCTGTATACGCCTAACATTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGGCCACTGAGGGGGTGGCAACTGCTGGAGGCCAGTTCCTGGCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAGGCCACTGAGGGGGTGGCAACTGCTGGAGGCCAGTTCCTGGCTCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGGGGCATACTACCAGCAGCCAGGAAAGGAGAGGCAGATCCGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGGGGCATACTACCAGCAGCCAGGAAAGGAGAGGCAGATCCGAGCTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGGCACGAGCCTCATCTGCTTGCTCGACAGGGGATCCTGCTAGATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGGCACGAGCCTCATCTGCTTGCTCGACAGGGGATCCTGCTAGATGGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TAAAGGCAAGTTTCTGCTTCAGGTCTTCACCAAGTCCCTTTTTACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TAAAGGCAAGTTTCTGCTTCAGGTCTTCACCAAGTCCCTTTTTACTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACACTTTCTTCCTGGAGCTGATTCAGAGGCAGGGGGCCACTGGCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACACTTTCTTCCTGGAGCTGATTCAGAGGCAGGGGGCCACTGGCTTTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CAGGGCAACATCAGAGCTCTGTGGCAGTCCGTACAGGAGCAATCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CAGGGCAACATCAGAGCTCTGTGGCAGTCCGTACAGGAGCAATCTGCCAG

   1100     .    :
   1101 GAGCCAGGAAGCC
        |||||||||||||
 101101 GAGCCAGGAAGCC