seq1 = pF1KE5585.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KE5585/gi568815587f_55454307.tfa (gi568815587f:55454307_55655416), 201110 bp

>pF1KE5585 1110
>gi568815587f:55454307_55655416 (Chr11)

1-1110  (100001-101110)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCTCAATGACAACAGAAGCACTCAATAATTTTGCACTTGGATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCTCAATGACAACAGAAGCACTCAATAATTTTGCACTTGGATGTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACTTGTTAATGACTATGATACCACAAATTGATCTGAAGCAAATTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACTTGTTAATGACTATGATACCACAAATTGATCTGAAGCAAATTTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTGTCCTAATTGCAGACTATACATGATCCCTGTTGGAGCTTTCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTGTCCTAATTGCAGACTATACATGATCCCTGTTGGAGCTTTCATCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCTTGGGAAACATGCAAAACCAAAGCTTTGTAACTGAGTTTGTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCTTGGGAAACATGCAAAACCAAAGCTTTGTAACTGAGTTTGTCCTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGACTTTCACAGAATCCAAATGTTCAGGAAATAGTATTTGTTGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGACTTTCACAGAATCCAAATGTTCAGGAAATAGTATTTGTTGTATTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTTTGTCTACATTGCAACTGTTGGGGGCAACATGCTAATTGTAGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTTTGTCTACATTGCAACTGTTGGGGGCAACATGCTAATTGTAGTAACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTCTCAGCAGCCCTGCTCTTCTGGTGTCTCCTATGTACTTCTTCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTCTCAGCAGCCCTGCTCTTCTGGTGTCTCCTATGTACTTCTTCTTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCCTGTCCTTCCTGGATGCGTGCTTCTCATCTGTCATCACCCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTCCTGTCCTTCCTGGATGCGTGCTTCTCATCTGTCATCACCCCAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGATTGTAGACTCCCTCTATGTGACAAAAACCATCTCTTTTGAAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGATTGTAGACTCCCTCTATGTGACAAAAACCATCTCTTTTGAAGGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGATGCAGCTCTTTGCTGAACACTTCTTTGCTGGGGTGGAGGTGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGATGCAGCTCTTTGCTGAACACTTCTTTGCTGGGGTGGAGGTGATTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTCACAGCCATGGCCTATGATCGTTATGTGGCCATTTGCAAGCCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTCACAGCCATGGCCTATGATCGTTATGTGGCCATTTGCAAGCCCTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATTACTCTTCTATCATGAACAGGAGGCTCTGTGGCATTCTGATGGGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATTACTCTTCTATCATGAACAGGAGGCTCTGTGGCATTCTGATGGGGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTGGACAGGGGGCCTCTTGCATTCCATGATACAAATTCTTTTTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTGGACAGGGGGCCTCTTGCATTCCATGATACAAATTCTTTTTACTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCAGCTTCCCTTTTGTGGCCCCAATGTCATCAATCACTTTATGTGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCAGCTTCCCTTTTGTGGCCCCAATGTCATCAATCACTTTATGTGTGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGTACCCGTTACTGGAGCTTGCCTGCACTGATACTCACATCTTTGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGTACCCGTTACTGGAGCTTGCCTGCACTGATACTCACATCTTTGGCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATGGTGATCATCAACAGTGGGTTTATCTGCATCATAAACTTCTCCTTGTT
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATGGTGGTCATCAACAGTGGGTTTATCTGCATCATAAACTTCTCCTTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCTTGTCTCCTATGCTGTCATCTTGCTCTCTCTGAGAACACACAGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCTTGTCTCCTATGCTGTCATCTTGCTCTCTCTGAGAACACACAGTTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGGGCGCTGGAAAGCTCTCTCCACCTGTGGATCTCACATTGCTGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAGGGCGCTGGAAAGCTCTCTCCACCTGTGGATCTCACATTGCTGTTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATTTTGTTCTTTGTCCCATGCATATTTGTATATACACGACCTCCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATTTTGTTCTTTGTCCCATGCATATTTGTATATACACGACCTCCATCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTTTTCCCTTGACAAAATGGCGGCAATATTTTATATCATCTTAAATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTTTTCCCTTGACAAAATGGCGGCAATATTTTATATCATCTTAAATCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGCTCAATCCTTTGATTTACACTTTCAGGAATAAGGAAGTAAAACAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGCTCAATCCTTTGATTTACACTTTCAGGAATAAGGAAGTAAAACAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATGAGGAGAATATGGAACAGACTGATGGTGGTTTCTGATGAGAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATGAGGAGAATATGGAACAGACTGATGGTGGTTTCTGATGAGAAAGAAAA

   1100     .    :
   1101 TATTAAACTT
        ||||||||||
 101101 TATTAAACTT