seq1 = pF1KE5576.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KE5576/gi568815574r_24668937.tfa (gi568815574r:24668937_24906582), 237646 bp

>pF1KE5576 1170
>gi568815574r:24668937_24906582 (ChrY)

1-150  (182641-182789)   99% ->
151-242  (183064-183155)   100% ->
243-294  (183716-183767)   100% ->
295-358  (184204-184267)   100% ->
359-498  (184357-184496)   100% ->
499-570  (185897-185968)   100% ->
571-642  (188340-188411)   100% ->
643-714  (190730-190801)   100% ->
715-786  (193126-193197)   100% ->
787-858  (195510-195581)   100% ->
859-930  (197906-197977)   100% ->
931-1002  (200283-200354)   100% ->
1003-1074  (202663-202734)   91% ==
1108-1170  (232174-232236)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCTGCAAATCCTGAGACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182641 A GTCTGCTGCAAATCCTGAGACTCCAAACTCAACCATCTCCAGAGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCACCCAGTCTTCATCAGCTGCAGCTAGCCAAGGCTGGGTGTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182690 CAGCACCCAGTCTTCATCAGCTGCAGCTAGCCAAGGCTGGGTGTTACCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCAAAATCGTGCCAAACACTGTTTTTGTTGGTGGAATTGATGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182740 AAGGCAAAATCGTGCCAAACACTGTTTTTGTTGGTGGAATTGATGCTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          ATGGATGAAACTGAGATTGGAAGCTGCTTTGGTAGATACGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182790 GTA...TAGATGGATGAAACTGAGATTGGAAGCTGCTTTGGTAGATACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACGAATCGAACTGGTGTGTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183105 TTCAGTGAAAGAAGTGAAGATAATCACGAATCGAACTGGTGTGTCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 G         CTATGGATTTGTTTCGTTTGTTAATGACGTGGATGTCCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183155 GGTG...TAGCTATGGATTTGTTTCGTTTGTTAATGACGTGGATGTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATAGTAGGA         TCACAGATACATTTCCATGGTAAAAAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 183756 AAGATAGTAGGAGTA...CAGTCACAGATACATTTCCATGGTAAAAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAAGTTAT         GTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 184233 GAAGCTGGGCCCTGCAATCAGGAAACAAAAGTTATGTG...AAGGTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTAGTTAATCCTCCTCCTCCACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184363 GTCATGTGCAGCCACGTCCTTTGGTAGTTAATCCTCCTCCTCCACCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTCAGAACGTCTGGCGGAATCCAAACACTGAAACCTACCTGCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184413 TTTCAGAACGTCTGGCGGAATCCAAACACTGAAACCTACCTGCAGCCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATCACGCCGAATCCTGTAACTCAGCACGTTCAG         GCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 184463 AATCACGCCGAATCCTGTAACTCAGCACGTTCAGGTA...CAGGCTTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGCTTATCCACATTCACCAGGTCAGGTCATCACTGGATGTCAGTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185904 CTGCTTATCCACATTCACCAGGTCAGGTCATCACTGGATGTCAGTTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTATATAATTATCAG         GAATATCCTACTTATCCCGATTCAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 185954 GTATATAATTATCAGGTA...CAGGAATATCCTACTTATCCCGATTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 188366 ATTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      CCATTTCCTGCTTATCCAAGATCACCATTTCAGGTCACTGCTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188416 ..CAGCCATTTCCTGCTTATCCAAGATCACCATTTCAGGTCACTGCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 190775 TATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGTTCCCTGTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193140 TCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGTTCCCTGTATACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATTATCAG         CCATTTCCTGCTTATCCAAGTTCACCATTTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 193190 ATTATCAGGTA...CAGCCATTTCCTGCTTATCCAAGTTCACCATTTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GTCACTGCTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 195543 GTCACTGCTGGATATCAGTTGCCTGTATATAATTATCAGGTA...CAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 ATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197908 ATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCACTGGATATCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCCCTGTATACAATTATCAG         GCATTTCCTGCTTATCCAAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 197958 TCCCTGTATACAATTATCAGGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200304 TCACCAGTTCAGGTCACCACTGGATATCAGTTGCCTGTATACAATTATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 G         GCATTTCCTGCTTATCCAAATTCAGCAGTTCAGGTCACCA
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||
 200354 GGTA...CAGGCATTTCCTGCTTATCCAAATTCACCATTTCAAGTCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :
   1043 CTGGATATCAGTTCCATGTATACAATTACCAG
        ||||||||||||||| |||||||||||| |||
 202703 CTGGATATCAGTTCCCTGTATACAATTATCAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1108 AGAAATCTGTGGACCGAAGCATACAAATGGTGGTATCTTGTCTGTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232174 AGAAATCTGTGGACCGAAGCATACAAATGGTGGTATCTTGTCTGTTTAAT

     50     .    :
   1158 CCAGAGAAGAGAC
        |||||||||||||
 232224 CCAGAGAAGAGAC