seq1 = pF1KE5575.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KE5575/gi568815597f_15944493.tfa (gi568815597f:15944493_16157282), 212790 bp

>pF1KE5575 1386
>gi568815597f:15944493_16157282 (Chr1)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-229  (101066-101194)   100% ->
230-358  (102043-102171)   99% ->
359-498  (103413-103552)   99% ->
499-584  (103851-103934)   94% ->
585-669  (106024-106108)   100% ->
670-843  (106383-106556)   100% ->
844-913  (106986-107055)   100% ->
914-1024  (107218-107328)   100% ->
1025-1238  (107706-107919)   100% ->
1239-1290  (109147-109198)   100% ->
1291-1386  (112695-112790)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGTTTGTGGGGCTGCGTGAAGGCTCCTCAGGGAACCCTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGTTTGTGGGGCTGCGTGAAGGCTCCTCAGGGAACCCTGTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCAGGAGCTGTGGGGCCCCTGTCCCCGCATCCGCCGAGGCATCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCAGGAGCTGTGGGGCCCCTGTCCCCGCATCCGCCGAGGCATCCGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GTGGCCTGGAGTGGCTGAAGCAGAAGCTCTTCCGCCTGGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...CAGGTGGCCTGGAGTGGCTGAAGCAGAAGCTCTTCCGCCTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGACTGGTACTTCCTGATGACCCTCGGGGTGCTCATGGCCCTGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101107 GAGGACTGGTACTTCCTGATGACCCTCGGGGTGCTCATGGCCCTGGTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTGCCATGGACTTGGCTGTTGAGAGTGTGGTCCGAG         CGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101157 CTGTGCCATGGACTTGGCTGTTGAGAGTGTGGTCCGAGGTA...CAGCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGTGGCTGTACAGGGAGATTGGGGACAGCCACCTGCTCCGGTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102046 ACCAGTGGCTGTACAGGGAGATTGGGGACAGCCACCTGCTCCGGTATCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCTGGACTGTGTACCCTGTGGCCCTCGTCTCTTTCTCTTCGGGCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 102096 TCCTGGACTGTGTACCCTGTGGCCCTCGTCTCTTTCTCTTCAGGCTTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGAGCATCACACCCTCCTCTGGAG         GTTCTGGAATCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102146 TCAGAGCATCACACCCTCCTCTGGAGGTG...AAGGTTCTGGAATCCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTGAAGACCATGTTGGCGGGTGTGGTCTTGGAGGACTACCTGGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103428 AGGTGAAGACCATGTTGGCGGGTGTGGTCTTGGAGGACTACCTGGATATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAACTTTGGGGCCAAAGTGGTGGGCCTCTCCTGCACCCTGGCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103478 AAGAACTTTGGGGCCAAAGTGGTGGGCCTCTCCTGCACCCTGGCCTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGCACCCTCTTCCTCGGCAAAGTG         GGCCCTTTCGTGCACC
        |||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103528 CAGCACCCTCTTCCTCGGGAAAGTGGTA...CAGGGCCCTTTCGTGCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGTCTGTGATGATGGCTGCCTACCTGGGCCGTGTGCGCACCACGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103867 TGTCTGTGATGATGGCTGCCTACCTGGGCCGTGTGCGCACCACGACCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGGAGCCTGAGAACAAGAG         CAAGCCTGTGTACTCCGCTCT
        ||||||||||||   -||-|>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103917 GGGGAGCCTGAGGTT AG GGAC...CAGCAAGCCTGTGTACTCCGCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCCACCTTGGTTCTCGCCTCCATCACCTACCCACCCAGCGCCGGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106045 GGCCACCTTGGTTCTCGCCTCCATCACCTACCCACCCAGCGCCGGCCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCTAGCTTCTCGG         CTGTCCATGAAGCAGCATCTGGACTCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106095 TCCTAGCTTCTCGGGTA...CAGCTGTCCATGAAGCAGCATCTGGACTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGTTCGACAACCACTCCTGGGCGCTGATGACCCAGAACTCCAGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106410 CTGTTCGACAACCACTCCTGGGCGCTGATGACCCAGAACTCCAGCCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGGCCCGAGGAGCTCGACCCCCAGCACCTGTGGTGGGAATGGTACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106460 CTGGCCCGAGGAGCTCGACCCCCAGCACCTGTGGTGGGAATGGTACCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGCGGTTCACCATCTTTGGGACCCTTGCCTTCTTCCTGGTTATGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106510 CGCGGTTCACCATCTTTGGGACCCTTGCCTTCTTCCTGGTTATGAAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       TTCTGGATGCTGATTCTGGCCACCACCATCCCCATGCCTGCCGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106560 ...CAGTTCTGGATGCTGATTCTGGCCACCACCATCCCCATGCCTGCCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTACTTCATGCCCATCTTTGTCTATG         GAGCTGCTATCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107030 GTACTTCATGCCCATCTTTGTCTATGGTG...CAGGAGCTGCTATCGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCTCTTTGGGGAGACTCTCTCTTTTATCTTCCCTGAGGGCATCGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107233 GCCTCTTTGGGGAGACTCTCTCTTTTATCTTCCCTGAGGGCATCGTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGAGGGATCACCAATCCCATCATGCCAGGGGGGTATGCTCTGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107283 GGAGGGATCACCAATCCCATCATGCCAGGGGGGTATGCTCTGGCAGGTG.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1025      GGGCTGCAGCCTTCTCAGGGGCTGTGACCCACACCATCTCCACGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107333 ..CAGGGGCTGCAGCCTTCTCAGGGGCTGTGACCCACACCATCTCCACGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGCTGCTGGCCTTCGAGGTGACCGGCCAGATAGTGCATGCACTGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107751 CGCTGCTGGCCTTCGAGGTGACCGGCCAGATAGTGCATGCACTGCCCGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGATGGCGGTGCTGGCAGCCAACGCCATTGCACAGAGCTGCCAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107801 CTGATGGCGGTGCTGGCAGCCAACGCCATTGCACAGAGCTGCCAGCCCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTTCTATGATGGCACCGTCATTGTCAAGAAGCTGCCATACCTGCCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107851 CTTCTATGATGGCACCGTCATTGTCAAGAAGCTGCCATACCTGCCACGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTCTGGGCCGCAACATCGG         TTCCCACCGCGTGAGGGTGGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107901 TTCTGGGCCGCAACATCGGGTG...CAGTTCCCACCGCGTGAGGGTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CACTTCATGAACCACAGCATCACCACACTG         GCCATCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109169 CACTTCATGAACCACAGCATCACCACACTGGCC...CTGGCCATCACATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AATGAATGATGAGATTGGAGTACACTGTCACCAAGGGCAGGCACAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 112706 AATGAATGATGAGATTGGAGTACACTGTCACCAAGGGCAGGCACAGATGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1352 CTTCTGGGGTTGTCTGGTTCCCAGTGAGAGGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112756 CTTCTGGGGTTGTCTGGTTCCCAGTGAGAGGCTCC