seq1 = pF1KE5574.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KE5574/gi568815583f_81125400.tfa (gi568815583f:81125400_81385830), 260431 bp

>pF1KE5574 1362
>gi568815583f:81125400_81385830 (Chr15)

1-312  (100001-100312)   100% ->
313-421  (134373-134481)   100% ->
422-564  (140260-140402)   100% ->
565-675  (144139-144249)   100% ->
676-790  (147691-147805)   100% ->
791-864  (153418-153491)   100% ->
865-1081  (154159-154375)   100% ->
1082-1199  (157240-157357)   100% ->
1200-1332  (160299-160431)   99% ->
1333-1362  (164505-164534)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCGCACAGCCGCGCTGGAAAGAGCAGAAAATCTGCAAAATTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCGCACAGCCGCGCTGGAAAGAGCAGAAAATCTGCAAAATTTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCATCTCCAGGTCCCTGATGCTCTGTAATGCTAAGACCAGTGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCATCTCCAGGTCCCTGATGCTCTGTAATGCTAAGACCAGTGATGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCTAGCCCTGATGAGAAATATCCTGATCCCTTTGAGATTTCCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCTAGCCCTGATGAGAAATATCCTGATCCCTTTGAGATTTCCTTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGGCAAGGAGGGAATTTTCCACTCATCTGTGCAGCTGGCAGACACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGGCAAGGAGGGAATTTTCCACTCATCTGTGCAGCTGGCAGACACATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGGCTGGGCCCAGCAGTGTTCCTGATCTAGCACTGGCCTCGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGGCTGGGCCCAGCAGTGTTCCTGATCTAGCACTGGCCTCGGAGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCAACTCCAAGCAGCTGGGAATGATCGAGGCAAGACCTGTAGGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCAACTCCAAGCAGCTGGGAATGATCGAGGCAAGACCTGTAGGAGGATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTCATGAAG         GAATCTTCCACAGCTTCCTCTCGAGAAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTCATGAAGGTA...CAGGAATCTTCCACAGCTTCCTCTCGAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCTGGAAAACTAGAAGCACAAAGTAGTAACTTCCTGTTTCCTAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134402 GCCTGGAAAACTAGAAGCACAAAGTAGTAACTTCCTGTTTCCTAAAGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCACCAAAGGGCACGCAGCAACTCAACCA         GTGTTAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134452 GCCACCAAAGGGCACGCAGCAACTCAACCAGTA...TAGGTGTTAATCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATTGCACAAGAGAAATTGATTTTCCAATGACCAAGAAATCTGCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140271 TATTGCACAAGAGAAATTGATTTTCCAATGACCAAGAAATCTGCAGCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACGGACAGGCAGCCTTACTCTCTCTGCAGTAACAGGAAGTCCCTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140321 CACGGACAGGCAGCCTTACTCTCTCTGCAGTAACAGGAAGTCCCTCTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AACAATTGGACTGTCCAGCAGGAAAGGCTGCG         GGAACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 140371 AACAATTGGACTGTCCAGCAGGAAAGGCTGCGGTA...CAGGGAACTTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGACCAACACGGTCCCTGAGCACAGCTCAGCTCGTGCAGCCATCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144148 AGACCAACACGGTCCCTGAGCACAGCTCAGCTCGTGCAGCCATCTGGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTCCAGGCTTCAGTCATCTCCAACATCGTGCTGATGAAGGGCCAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144198 CCTCCAGGCTTCAGTCATCTCCAACATCGTGCTGATGAAGGGCCAGGCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AG         GGTCTGGGCTTCAGCATCGTTGGGGGAAAAGACAGCATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144248 AGGTG...CAGGGTCTGGGCTTCAGCATCGTTGGGGGAAAAGACAGCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATGGCCCCATTGGGATTTACGTCAAAACCATTTTTGCAGGGGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147730 TATGGCCCCATTGGGATTTACGTCAAAACCATTTTTGCAGGGGGAGCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGCAGCCGATGGAAGGCTACAGGAAG         GTGATGAAATTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 147780 AGCAGCCGATGGAAGGCTACAGGAAGGTA...CAGGTGATGAAATTCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCTCAATGGTGAATCAATGGCTGGACTAACACATCAGGATGCTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153433 AGCTCAATGGTGAATCAATGGCTGGACTAACACATCAGGATGCTTTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGTTCAAG         CAAGCCAAAAAGGGGCTCCTCACCCTCACCGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 153483 AAGTTCAAGGTG...CAGCAAGCCAAAAAGGGGCTCCTCACCCTCACCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAGAACCCGCCTGACGGCGCCTCCTTCCCTGTGCAGCCACCTGTCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154191 GAGAACCCGCCTGACGGCGCCTCCTTCCCTGTGCAGCCACCTGTCTCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CACTGTGCCGCTCCCTGAGCTCCAGCACTTGTATCACCAAGGACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154241 CACTGTGCCGCTCCCTGAGCTCCAGCACTTGTATCACCAAGGACAGCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCCTTCGCCTTGGAAAGCCCCTCGGCTCCCATCAGCACCGCCAAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154291 TCCTTCGCCTTGGAAAGCCCCTCGGCTCCCATCAGCACCGCCAAGCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTACAGAATCATGGTGGAGGTTTCTCTGCAGAAAG         AGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 154341 TTACAGAATCATGGTGGAGGTTTCTCTGCAGAAAGGTA...CAGAGGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCGTGGGCCTGGGCATCGGCCTGTGCAGCGTTCCCTACTTCCAATGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157246 GCGTGGGCCTGGGCATCGGCCTGTGCAGCGTTCCCTACTTCCAATGCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTGGCATTTTCGTCCACACGCTGTCACCAGGATCCGTGGCGCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157296 TCTGGCATTTTCGTCCACACGCTGTCACCAGGATCCGTGGCGCACCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CGGACGTCTCCG         GTGTGGGGACGAGATTGTGGAAATCAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 157346 CGGACGTCTCCGGTA...CAGGTGTGGGGACGAGATTGTGGAAATCAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATTCCCCTGTGCACTGCCTGACGCTCAATGAAGTCTACACGATCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160328 ATTCCCCTGTGCACTGCCTGACGCTCAATGAAGTCTACACGATCCTGAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CACTGTGATCCCGGTCCAGTCTCCATCATTGTTAGCCGACATCCAGACCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 160378 CACTGTGATCCCGGTCCAGTCCCCATCATTGTTAGCCGACATCCAGACCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ACAG         AAGGAAGAAATGGAGGCTCAGGAGGTTAAG
        ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 160428 ACAGGTA...CAGAAGGAAGAAATGGAGGCTCAGGAGGTTAAG