seq1 = pF1KE5572.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KE5572/gi568815575f_139430765.tfa (gi568815575f:139430765_139662068), 231304 bp

>pF1KE5572 1383
>gi568815575f:139430765_139662068 (ChrX)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-252  (106246-106409)   100% ->
253-277  (106598-106622)   100% ->
278-391  (110312-110425)   100% ->
392-520  (117599-117727)   100% ->
521-723  (120298-120500)   100% ->
724-838  (129977-130091)   100% ->
839-1383  (130760-131304)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCGCGTGAACATGATCATGGCAGAATCACCAGGCCTCATCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCGCGTGAACATGATCATGGCAGAATCACCAGGCCTCATCACCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCTTTTAGGATATCTACTCAGTGCTGAATGTACAG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CTGCCTTTTAGGATATCTACTCAGTGCTGAATGTACAGGTT...CAGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCTTGATCATGAAAACGCCAACAAAATTCTGAATCGGCCAAAGAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106249 TTCTTGATCATGAAAACGCCAACAAAATTCTGAATCGGCCAAAGAGGTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATTCAGGTAAATTGGAAGAGTTTGTTCAAGGGAACCTTGAGAGAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106299 AATTCAGGTAAATTGGAAGAGTTTGTTCAAGGGAACCTTGAGAGAGAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATGGAAGAAAAGTGTAGTTTTGAAGAAGCACGAGAAGTTTTTGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106349 TATGGAAGAAAAGTGTAGTTTTGAAGAAGCACGAGAAGTTTTTGAAAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGAAAGAACA         ACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTTG     
        |||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||>>>..
 106399 CTGAAAGAACAGTG...TAGACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTTGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     ATGGAGATCAGTGTGAGTCCAATCCATGTTTAAATGGCGGCAGTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106628 .AAGATGGAGATCAGTGTGAGTCCAATCCATGTTTAAATGGCGGCAGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGGATGACATTAATTCCTATGAATGTTGGTGTCCCTTTGGATTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110358 CAAGGATGACATTAATTCCTATGAATGTTGGTGTCCCTTTGGATTTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAAGAACTGTGAATTAG         ATGTAACATGTAACATTAAGAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110408 GAAAGAACTGTGAATTAGGTA...TAGATGTAACATGTAACATTAAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGCAGATGCGAGCAGTTTTGTAAAAATAGTGCTGATAACAAGGTGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117622 GGCAGATGCGAGCAGTTTTGTAAAAATAGTGCTGATAACAAGGTGGTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCTGTACTGAGGGATATCGACTTGCAGAAAACCAGAAGTCCTGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117672 CTCCTGTACTGAGGGATATCGACTTGCAGAAAACCAGAAGTCCTGTGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGCAG         TGCCATTTCCATGTGGAAGAGTTTCTGTTTCACAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117722 CAGCAGGTC...TAGTGCCATTTCCATGTGGAAGAGTTTCTGTTTCACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTTCTAAGCTCACCCGTGCTGAGACTGTTTTTCCTGATGTGGACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120333 ACTTCTAAGCTCACCCGTGCTGAGACTGTTTTTCCTGATGTGGACTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAATTCTACTGAAGCTGAAACCATTTTGGATAACATCACTCAAAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120383 AAATTCTACTGAAGCTGAAACCATTTTGGATAACATCACTCAAAGCACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AATCATTTAATGACTTCACTCGGGTTGTTGGTGGAGAAGATGCCAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120433 AATCATTTAATGACTTCACTCGGGTTGTTGGTGGAGAAGATGCCAAACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTCAATTCCCTTGGCAG         GTTGTTTTGAATGGTAAAGTTGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120483 GGTCAATTCCCTTGGCAGGTA...CAGGTTGTTTTGAATGGTAAAGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCATTCTGTGGAGGCTCTATCGTTAATGAAAAATGGATTGTAACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130000 TGCATTCTGTGGAGGCTCTATCGTTAATGAAAAATGGATTGTAACTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCCACTGTGTTGAAACTGGTGTTAAAATTACAGTTGTCGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 130050 CCCACTGTGTTGAAACTGGTGTTAAAATTACAGTTGTCGCAGGTA...TA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839  GTGAACATAATATTGAGGAGACAGAACATACAGAGCAAAAGCGAAATGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130759 GGTGAACATAATATTGAGGAGACAGAACATACAGAGCAAAAGCGAAATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATTCGAATTATTCCTCACCACAACTACAATGCAGCTATTAATAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130809 GATTCGAATTATTCCTCACCACAACTACAATGCAGCTATTAATAAGTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCATGACATTGCCCTTCTGGAACTGGACGAACCCTTAGTGCTAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130859 ACCATGACATTGCCCTTCTGGAACTGGACGAACCCTTAGTGCTAAACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACGTTACACCTATTTGCATTGCTGACAAGGAATACACGAACATCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130909 TACGTTACACCTATTTGCATTGCTGACAAGGAATACACGAACATCTTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAATTTGGATCTGGCTATGTAAGTGGCTGGGGAAGAGTCTTCCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130959 CAAATTTGGATCTGGCTATGTAAGTGGCTGGGGAAGAGTCTTCCACAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGAGATCAGCTTTAGTTCTTCAGTACCTTAGAGTTCCACTTGTTGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131009 GGAGATCAGCTTTAGTTCTTCAGTACCTTAGAGTTCCACTTGTTGACCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCCACATGTCTTCGATCTACAAAGTTCACCATCTATAACAACATGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131059 GCCACATGTCTTCGATCTACAAAGTTCACCATCTATAACAACATGTTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGCTGGCTTCCATGAAGGAGGTAGAGATTCATGTCAAGGAGATAGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131109 TGCTGGCTTCCATGAAGGAGGTAGAGATTCATGTCAAGGAGATAGTGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GACCCCATGTTACTGAAGTGGAAGGGACCAGTTTCTTAACTGGAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131159 GACCCCATGTTACTGAAGTGGAAGGGACCAGTTTCTTAACTGGAATTATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGCTGGGGTGAAGAGTGTGCAATGAAAGGCAAATATGGAATATATACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131209 AGCTGGGGTGAAGAGTGTGCAATGAAAGGCAAATATGGAATATATACCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1338 GGTATCCCGGTATGTCAACTGGATTAAGGAAAAAACAAAGCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131259 GGTATCCCGGTATGTCAACTGGATTAAGGAAAAAACAAAGCTCACT