seq1 = pF1KE5571.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KE5571/gi568815593f_161585990.tfa (gi568815593f:161585990_161801770), 215781 bp

>pF1KE5571 1359
>gi568815593f:161585990_161801770 (Chr5)

1-38  (100001-100038)   100% ->
39-157  (100241-100359)   100% ->
158-225  (100947-101014)   100% ->
226-446  (102960-103180)   100% ->
447-529  (103265-103347)   100% ->
530-673  (103647-103790)   100% ->
674-826  (104212-104364)   100% ->
827-1086  (105952-106211)   99% ->
1087-1359  (115509-115781)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCGTCTCTGCCCTGGCTGTGCATTATTCTGTG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100001 ATGGCGTCGTCTCTGCCCTGGCTGTGCATTATTCTGTGGTG...CAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAAAATGCCCTAGGGAAACTCGAAGTTGAAGGCAACTTCTACTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100244 AGAAAATGCCCTAGGGAAACTCGAAGTTGAAGGCAACTTCTACTCAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGTCAGTCGGATCCTGGACAACTTGCTTGAAGGCTATGACAATCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100294 ACGTCAGTCGGATCCTGGACAACTTGCTTGAAGGCTATGACAATCGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGCCGGGATTTGGAG         GTGCTGTCACTGAAGTCAAAACAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100344 CGGCCGGGATTTGGAGGTA...CAGGTGCTGTCACTGAAGTCAAAACAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATTTATGTGACCAGTTTTGGGCCCGTGTCAGATGTGGAGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100972 CATTTATGTGACCAGTTTTGGGCCCGTGTCAGATGTGGAGATGGTG...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   GAGTATACGATGGATGTTTTTTTCCGCCAGACCTGGACTGATGAGAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 AGGAGTATACGATGGATGTTTTTTTCCGCCAGACCTGGACTGATGAGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGAAGTTTGGGGGGCCAACTGAGATTCTGAGTCTGAATAATTTGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103008 TTGAAGTTTGGGGGGCCAACTGAGATTCTGAGTCTGAATAATTTGATGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTAAAATCTGGACGCCTGACACCTTTTTCAGAAATGGTAAAAAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103058 CAGTAAAATCTGGACGCCTGACACCTTTTTCAGAAATGGTAAAAAGTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGCTCACAACATGACAACTCCTAATAAACTCTTCAGAATAATGCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103108 TTGCTCACAACATGACAACTCCTAATAAACTCTTCAGAATAATGCAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAACCATTTTATACACCATGAG         GCTTACCATCAATGCTGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103158 GGAACCATTTTATACACCATGAGGTG...TAGGCTTACCATCAATGCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTGTCCCATGAGGCTGGTTAACTTTCCTATGGATGGGCATGCTTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103283 CTGTCCCATGAGGCTGGTTAACTTTCCTATGGATGGGCATGCTTGTCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCAAGTTTGGGAGCT         ATGCTTATCCCAAAAGTGAAATCATA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103333 TCAAGTTTGGGAGCTGTA...TAGATGCTTATCCCAAAAGTGAAATCATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATACGTGGAAAAAAGGACCACTTTACTCAGTAGAAGTCCCAGAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103673 TATACGTGGAAAAAAGGACCACTTTACTCAGTAGAAGTCCCAGAAGAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCAAGCCTTCTCCAGTATGATCTGATTGGACAAACAGTATCTAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103723 TTCAAGCCTTCTCCAGTATGATCTGATTGGACAAACAGTATCTAGTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAATTAAATCTAACACAG         GTGAATACGTTATAATGACAGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103773 CAATTAAATCTAACACAGGTA...CAGGTGAATACGTTATAATGACAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACTTCCACTTGCAAAGGAAGATGGGCTACTTCATGATACAGATATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104235 TACTTCCACTTGCAAAGGAAGATGGGCTACTTCATGATACAGATATACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCTTGCATTATGACAGTCATTCTTTCCCAGGTGTCTTTCTGGATTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104285 TCCTTGCATTATGACAGTCATTCTTTCCCAGGTGTCTTTCTGGATTAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGAGTCCGTCCCAGCAAGAACTGTTTTTG         GGATCACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104335 AGGAGTCCGTCCCAGCAAGAACTGTTTTTGGTA...TAGGGATCACCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTTTTAACTATGACCACTTTGAGCATCAGTGCCCGGCACTCTTTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105963 GTTTTAACTATGACCACTTTGAGCATCAGTGCCCGGCACTCTTTGCCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTGTCATATGCCACTGCCATGGATTGGTTCATAGCTGTTTGCTTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106013 AGTGTCATATGCCACTGCCATGGATTGGTTCATAGCTGTTTGCTTTGCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCGTCTTCTCTGCTCTTATCGAGTTCGCAGCTGTCAACTACTTTACCAAT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106063 TCGTCTTCTCTGCGCTTATCGAGTTCGCAGCTGTCAACTACTTTACCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTTCAGACACAGAAGGCCAAAAGGAAGGCACAGTTTGCAGCCCCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106113 CTTCAGACACAGAAGGCCAAAAGGAAGGCACAGTTTGCAGCCCCACCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGTGACAATATCAAAAGCTACTGAACCTTTGGAAGCTGAGATTGTTTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106163 AGTGACAATATCAAAAGCTACTGAACCTTTGGAAGCTGAGATTGTTTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087         CATCCTGACTCCAAATATCATCTGAAGAAAAGGATCACTTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106213 TA...CAGCATCCTGACTCCAAATATCATCTGAAGAAAAGGATCACTTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGTCTTTGCCAATAGTTTCATCTTCCGAGGCCAATAAAGTGCTCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115551 CTGTCTTTGCCAATAGTTTCATCTTCCGAGGCCAATAAAGTGCTCACGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGCGCCCATCTTACAATCAACACCTGTCACACCCCCACCACTCTCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115601 AGCGCCCATCTTACAATCAACACCTGTCACACCCCCACCACTCTCGCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCTTTGGAGGCACCAGTAAAATAGACCAGTATTCTCGAATTCTCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115651 CCTTTGGAGGCACCAGTAAAATAGACCAGTATTCTCGAATTCTCTTCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTTGCATTTGCAGGATTCAACCTTGTGTACTGGGTAGTTTATCTTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115701 GTTGCATTTGCAGGATTCAACCTTGTGTACTGGGTAGTTTATCTTTCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :
   1329 AGATACAATGGAAGTCAGTAGCAGTGTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 115751 AGATACAATGGAAGTCAGTAGCAGTGTTGAA