seq1 = pF1KE5568.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KE5568/gi568815596r_96023853.tfa (gi568815596r:96023853_96238436), 214584 bp

>pF1KE5568 1293
>gi568815596r:96023853_96238436 (Chr2)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-181  (100737-100862)   100% ->
182-243  (103025-103086)   100% ->
244-337  (104379-104472)   100% ->
338-455  (104895-105012)   100% ->
456-637  (105716-105897)   100% ->
638-719  (108292-108373)   98% ->
720-874  (108459-108613)   98% ->
875-1293  (114166-114584)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGTGTAGGGGGTCTCTGGCCTTGGGTGCTGGGTCTGCTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGTGTAGGGGGTCTCTGGCCTTGGGTGCTGGGTCTGCTCTCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCAG         GTGTGATCCTAGGAGCGCCCCTGGCCTCCAGCTGCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCAGGTA...CAGGTGTGATCCTAGGAGCGCCCCTGGCCTCCAGCTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGAGCCTGTGGTACCAGCTTCCCAGATGGCCTCACCCCTGAGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100773 CAGGAGCCTGTGGTACCAGCTTCCCAGATGGCCTCACCCCTGAGGGAACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGCCTCCGGGGACAAGGACATTCCTGCAATTAACCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100823 CAGGCCTCCGGGGACAAGGACATTCCTGCAATTAACCAAGGTG...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCATCCTGGAAGAAACCCCAGAGAGCAGCTTCCTCATCGAGGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103026 GCTCATCCTGGAAGAAACCCCAGAGAGCAGCTTCCTCATCGAGGGGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATCCGGCCG         AGTCCCTTCCGACTGCTGTCAGCAACCAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103076 TCATCCGGCCGGTG...CAGAGTCCCTTCCGACTGCTGTCAGCAACCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACAAATGGCCCATGGGTGGTAGTGGTGTCGTGGAGGTCCCCTTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104409 AACAAATGGCCCATGGGTGGTAGTGGTGTCGTGGAGGTCCCCTTCCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCCAGCAAGTACG         ATGAGCCCAGCCGCCAGGTCATCCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104459 CTCCAGCAAGTACGGTG...CAGATGAGCCCAGCCGCCAGGTCATCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGCTCTTGCGGAGTTTGAACGTTCCACGTGCATCAGGTTTGTCACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104922 AGGCTCTTGCGGAGTTTGAACGTTCCACGTGCATCAGGTTTGTCACCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGGACCAGAGAGACTTCATTTCCATCATCCCCATGTATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104972 CAGGACCAGAGAGACTTCATTTCCATCATCCCCATGTATGGGTA...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTGCTTCTCGAGTGTGGGGCGCAGTGGAGGGATGCAGGTGGTCTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105716 GTGCTTCTCGAGTGTGGGGCGCAGTGGAGGGATGCAGGTGGTCTCCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGCCCACGTGTCTCCAGAAGGGCCGGGGCATTGTCCTTCATGAGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105766 CGCCCACGTGTCTCCAGAAGGGCCGGGGCATTGTCCTTCATGAGCTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATGTGCTGGGCTTCTGGCACGAGCACACGCGGGCCGACCGGGACCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105816 CATGTGCTGGGCTTCTGGCACGAGCACACGCGGGCCGACCGGGACCGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATCCGTGTCAACTGGAACGAGATCCTGCCAG         GCTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105866 TATCCGTGTCAACTGGAACGAGATCCTGCCAGGTG...TAGGCTTTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCAACTTCATCAAGTCTCGGAGCAGCAACATGCTGACGCCCTATGACTAC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 108301 TCAACTTCATCAAGTCTCAGAGCAGCAACATGCTGACGCCCTATGACTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCTCTGTGATGCACTATGGGAG         GCTTGCCTTCAGCCGGCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||| ||||||||||||||
 108351 TCCTCTGTGATGCACTATGGGAGGTG...CAGGCTCGCCTTCAGCCGGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGGCTGCCCACCATCACACCACTTTGGGCCCCCAGTGTCCACATCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108477 TGGGCTGCCCACCATCACACCACTTTGGGCCCCCAGTGTCCACATCGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCGATGGAACCTGAGTGCCTCGGACATCACCCGGGTCCTCCAACTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 108527 AGCGATGGAACCTGAGTGCCTCGGACATCACCCGGGTCCTCAAACTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCTGCAGCCCAAGTGGCCCCAGGCCCCGTGGGAGAG         GGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108577 GGCTGCAGCCCAAGTGGCCCCAGGCCCCGTGGGAGAGGTG...CAGGGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCATGCCCACAGCACTGGTAGGAGCCCCGCTCCGGCCTCCCTATCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114170 CCATGCCCACAGCACTGGTAGGAGCCCCGCTCCGGCCTCCCTATCTCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCGGCTTTTGGAGGCACTGTCGGCGGAATCCAGGAGCCCCGACCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114220 AGCGGCTTTTGGAGGCACTGTCGGCGGAATCCAGGAGCCCCGACCCCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGTTCCAGTGCGGGAGGCCAGCCCGTTCCTGCAGGGCCTGGGGAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114270 GGTTCCAGTGCGGGAGGCCAGCCCGTTCCTGCAGGGCCTGGGGAGAGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACATGGGTGGGAGTCCCCTGCCCTGAAAAAGCTCAGTGCAGAGGCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114320 ACATGGGTGGGAGTCCCCTGCCCTGAAAAAGCTCAGTGCAGAGGCCTCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAAGGCAGCCTCAGACCCTGGCTTCCTCCCCAAGATCAAGGCCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 114370 CAAGGCAGCCTCAGACCCTAGCTTCCTCCCCAAGATCAAGGCCTGGAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGTGCCCCCGGTGTTGCTCAGGAGCAGTCCTGGCTGGCCGGAGTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114420 GGTGCCCCCGGTGTTGCTCAGGAGCAGTCCTGGCTGGCCGGAGTGTCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAAGCCCACAGTCCCATCTTCAGAAGCAGGAATCCAGCCAGTCCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114470 CAAGCCCACAGTCCCATCTTCAGAAGCAGGAATCCAGCCAGTCCCTGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGGAAGCCCAGCTCTGCCAGGGGGCTGTGTACCTAGAAATCATTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114520 AGGGAAGCCCAGCTCTGCCAGGGGGCTGTGTACCTAGAAATCATTTCAAG

   1350     .    :    .
   1279 GGGATGTCCGAAGAT
        |||||||||||||||
 114570 GGGATGTCCGAAGAT