seq1 = pF1KE5567.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KE5567/gi568815597f_33379289.tfa (gi568815597f:33379289_33591719), 212431 bp

>pF1KE5567 1299
>gi568815597f:33379289_33591719 (Chr1)

1-417  (100001-100417)   100% ->
418-604  (109177-109363)   100% ->
605-1299  (111737-112431)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTATGGCCCTGGAATTGCAAGCCCAGGCATCTCCGCAGCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTATGGCCCTGGAATTGCAAGCCCAGGCATCTCCGCAGCCAGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGAACTCCTGATTGTGAAACTGGAAGAGGACTCTTGGGGATCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGAACTCCTGATTGTGAAACTGGAAGAGGACTCTTGGGGATCAGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAACTCTGGGAGAAGGACCGTGGCTCTGTCTCTGGCCCAGAGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAACTCTGGGAGAAGGACCGTGGCTCTGTCTCTGGCCCAGAGGCCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCCAGCGCTTCAGGCAATTCCAATACAGGGATGCAGCTGGACCCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCCAGCGCTTCAGGCAATTCCAATACAGGGATGCAGCTGGACCCCACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTTCAGCCAGCTCTGGGCTCTCTGCTGTCGTTGGCTGAGGCCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTTCAGCCAGCTCTGGGCTCTCTGCTGTCGTTGGCTGAGGCCGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCGTCTCAAAGAGCAGATCCTGGAGCTGCTCGTGCTGGAGCAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCGTCTCAAAGAGCAGATCCTGGAGCTGCTCGTGCTGGAGCAGTTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTATCTTGCCTAGGGAGGTCCAGACCTGGGTGCAGGCACGCCACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTATCTTGCCTAGGGAGGTCCAGACCTGGGTGCAGGCACGCCACCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGTGGTGAGGAGGCTGTGGCCTTGGTGGAGGATTGGCACCGAGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGTGGTGAGGAGGCTGTGGCCTTGGTGGAGGATTGGCACCGAGAGACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGACTGCAGGACAGTCG         GGACTGGAATTGCATACAGAAGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100401 GGACTGCAGGACAGTCGGTG...TAGGGACTGGAATTGCATACAGAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCAGGCCCTTAAAGACAGGGGAAGAAGCTCAGAGCTTCCAGCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109201 ACCAGGCCCTTAAAGACAGGGGAAGAAGCTCAGAGCTTCCAGCTGCAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGTGGATCCCTGGCCTGAGGGACAGTCCCAGAAGAAGGGGGTGAAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109251 AGTGGATCCCTGGCCTGAGGGACAGTCCCAGAAGAAGGGGGTGAAGAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CATGCCCTGACCTTCCCAATCACCTAAATGCCGAGGTGGCACCACAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109301 CATGCCCTGACCTTCCCAATCACCTAAATGCCGAGGTGGCACCACAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGAAAGAGAGTG         GAGTTCCAGTTTCAAAACCAAGTAATAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109351 TTGAAAGAGAGTGGTG...TAGGAGTTCCAGTTTCAAAACCAAGTAATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCCGAGAAAGAGCAAGGACCAGAGTTTTGGGGTCTAAGTCTTATAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111765 CTCCGAGAAAGAGCAAGGACCAGAGTTTTGGGGTCTAAGTCTTATAAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGGGAAAAGGAGCACTGCAGATTACAGCCTGGATAATGAGCCAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111815 CTGGGAAAAGGAGCACTGCAGATTACAGCCTGGATAATGAGCCAGCTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCATTGACCTGGAGGGATTCAAGAGCCTGGGAGGAACAATACCAGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111865 GCATTGACCTGGAGGGATTCAAGAGCCTGGGAGGAACAATACCAGTGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGTGGAGGACATGAAGGTGTCAGGTGTTCACTGGGGCTATGAGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111915 TGTGGAGGACATGAAGGTGTCAGGTGTTCACTGGGGCTATGAGGAGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGACTTTCCTGGCAATTTTGAGTGAATCTCCTTTCTCTGAAAAGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111965 AGACTTTCCTGGCAATTTTGAGTGAATCTCCTTTCTCTGAAAAGCTCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ACTTGTCACCAGAACCGCCAGGTATATCGGGCCATTGCAGAGCAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112015 ACTTGTCACCAGAACCGCCAGGTATATCGGGCCATTGCAGAGCAGCTAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGCAAGGGGCTTCCTGCGGACACTGGAGCAATGTCGCTATAGGGTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112065 GGCAAGGGGCTTCCTGCGGACACTGGAGCAATGTCGCTATAGGGTCAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACCTCCTACGGAATTACCGGAAAGCCAAGAGCAGCCACCCACCAGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112115 ACCTCCTACGGAATTACCGGAAAGCCAAGAGCAGCCACCCACCAGGTACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGCCCCTTCTATGAGGAGCTGGAGGCCCTGGTCAGGGCTCGGACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112165 TGCCCCTTCTATGAGGAGCTGGAGGCCCTGGTCAGGGCTCGGACAGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAGAGCCACAGATGGCCCAGGAGAGGCCGTGGCACTTCCCAGGCTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 112215 CAGAGCCACAGATGGCCCAGGAGAGGCCGTGGCACTTCCCAGGCTCGGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ATAGTGACGCAGAGATGGATGAGCAGGAGGAAGGGGGCTGGGATCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112265 ATAGTGACGCAGAGATGGATGAGCAGGAGGAAGGGGGCTGGGATCCTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GAAATGGCAGAAGACTGTAACGGTGCTGGCCTGGTCAATGTTGAGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112315 GAAATGGCAGAAGACTGTAACGGTGCTGGCCTGGTCAATGTTGAGTCTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CCAGGGGCCCAGGATTGCAGGGGCCCCAGCTCTGTTCCAGAGTCGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112365 CCAGGGGCCCAGGATTGCAGGGGCCCCAGCTCTGTTCCAGAGTCGTATTG

   1300     .    :    .
   1283 GTAAGAACATGGGGGTT
        |||||||||||||||||
 112415 GTAAGAACATGGGGGTT