seq1 = pF1KE5566.tfa, 1317 bp
seq2 = pF1KE5566/gi568815592f_42464320.tfa (gi568815592f:42464320_42717507), 253188 bp

>pF1KE5566 1317
>gi568815592f:42464320_42717507 (Chr6)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-338  (109415-109674)   100% ->
339-417  (127832-127910)   100% ->
418-531  (129872-129985)   100% ->
532-662  (139269-139399)   100% ->
663-801  (141402-141540)   99% ->
802-864  (142270-142332)   100% ->
865-985  (147852-147972)   100% ->
986-1093  (150752-150859)   100% ->
1094-1182  (151683-151771)   100% ->
1183-1281  (153090-153188)   100% ->
1282-1317  (155149-155184)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCGGAGCTAGAGCCAGAGGTGCAGGCCATCGACCGGAGCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCGGAGCTAGAGCCAGAGGTGCAGGCCATCGACCGGAGCTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAATGTTCGGCCGAGGAGATTGCGGGG         AAATGGCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 GGAATGTTCGGCCGAGGAGATTGCGGGGGTG...AAGAAATGGCTGCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAACTGACCTCACTAGAGAAGTGTACCAGCATTTAGCCCACTATGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109428 CAACTGACCTCACTAGAGAAGTGTACCAGCATTTAGCCCACTATGTACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAATCTACTGCAGGGGTCCCAACCCTTTTCCACAGAAAGAAGACATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109478 AAAATCTACTGCAGGGGTCCCAACCCTTTTCCACAGAAAGAAGACATGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCACAGCATGTTTTGTTGGGACCAATGGAATGGTACCTTTGTGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109528 GGCACAGCATGTTTTGTTGGGACCAATGGAATGGTACCTTTGTGGTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCCTGCATTTGGATTTCCAAAACTTGAGCAAGCAAACAAACCTTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109578 ATCCTGCATTTGGATTTCCAAAACTTGAGCAAGCAAACAAACCTTCTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTTGTGGTCGTGTTTTTAAAGTAGGAGAGCCTACATATTCTTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109628 CTTTGTGGTCGTGTTTTTAAAGTAGGAGAGCCTACATATTCTTGCAGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339       AGACTGTGCAGTTGATCCAACTTGTGTTTTGTGCATGGAGTGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109678 ...CAGAGACTGTGCAGTTGATCCAACTTGTGTTTTGTGCATGGAGTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTTGGGAAGTATTCACAGAGATCATCGATATAGG         ATGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127876 TTTTGGGAAGTATTCACAGAGATCATCGATATAGGGTT...AAGATGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACATCAGGAGGTGGAGGTTTCTGTGACTGTGGTGATACTGAAGCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129878 ACATCAGGAGGTGGAGGTTTCTGTGACTGTGGTGATACTGAAGCCTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAGGGTCCTTACTGTCAAAAACATGAACTTAACACCTCTGAAATTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129928 AGAGGGTCCTTACTGTCAAAAACATGAACTTAACACCTCTGAAATTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGAAGAG         GATCCTCTTGTTCATTTATCAGAAGATGTGATA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 129978 AAGAAGAGGTA...CAGGATCCTCTTGTTCATTTATCAGAAGATGTGATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAAGAACTTATAACATTTTTGCTATTACGTTTCGGTATGCAGTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139302 GCAAGAACTTATAACATTTTTGCTATTACGTTTCGGTATGCAGTAGAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTAACCTGGGAAAAAGAAAGTGAATTGCCAGCAGATTTAGAGATGGT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 139352 ATTAACCTGGGAAAAAGAAAGTGAATTGCCAGCAGATTTAGAGATGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    663        AGAGAAGAGTGACACCTACTATTGCATGCTGTTTAATGATGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139402 A...CAGAGAGAAGAGTGACACCTACTATTGCATGCTGTTTAATGATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTCACACCTACGAACAAGTTATTTATACTCTTCAGAAAGCTGTTAACTG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141445 GTTCACACCTATGAACAAGTTATTTATACTCTTCAGAAAGCTGTTAACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TACACAAAAAGAAGCTATTGGTTTTGCAACTACAGTAGATCGAGAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 141495 TACACAAAAAGAAGCTATTGGTTTTGCAACTACAGTAGATCGAGATGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      GGGCGTAGGTCTGTTCGATATGGAGATTTTCAGTATTGTGAGCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141545 ..CAGGGGCGTAGGTCTGTTCGATATGGAGATTTTCAGTATTGTGAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAAAATCAGTAATTGTG         AGAAATACCAGTAGACAGACAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 142315 GCAAAATCAGTAATTGTGGTA...AAGAGAAATACCAGTAGACAGACAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCCACTCAAAGTTCAAGTTATGCATTCGTCTATTGTCGCACATCAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147875 GCCACTCAAAGTTCAAGTTATGCATTCGTCTATTGTCGCACATCAGAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGGTTTGAAACTTTTGTCTTGGCTGGGAAGTATTATTGGATATTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 147925 TTGGTTTGAAACTTTTGTCTTGGCTGGGAAGTATTATTGGATATTCAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    986        ATGGCCTTCGCCGGATTTTATGTCAAGTTGGTTTACAAGAAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147975 A...AAGATGGCCTTCGCCGGATTTTATGTCAAGTTGGTTTACAAGAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCAGATGGTGAAAACTCTTCTCTAGTGGACAGACTGATGCTTAGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150795 GCCAGATGGTGAAAACTCTTCTCTAGTGGACAGACTGATGCTTAGTGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAAATTATGGAAAG         GTGCTAGGAGTGTATATCATCAGTTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 150845 CCAAATTATGGAAAGGTG...AAGGTGCTAGGAGTGTATATCATCAGTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTCATGAGCAGTCTGCTTATGGATTTGAAATACAAGAAACTATTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151709 TTCATGAGCAGTCTGCTTATGGATTTGAAATACAAGAAACTATTTGCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCGATTTGCAAAA         AACTATGAGCGTTTGCAGAGTGATTATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 151759 TCGATTTGCAAAAGTA...TAGAACTATGAGCGTTTGCAGAGTGATTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGACAGATGACCACGACAGAGAGTTTTCAGTCGCAGACCTCTCGGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153118 TGACAGATGACCACGACAGAGAGTTTTCAGTCGCAGACCTCTCGGTTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATATTCACGGTTCCTTCACTT         TTCTCTATCTCTGCTGGGCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 153168 ATATTCACGGTTCCTTCACTTGTA...TAGTTCTCTATCTCTGCTGGGCG

   1400     .    :    .
   1302 CAGTGGCTCACCTCTG
        ||||||||||||||||
 155169 CAGTGGCTCACCTCTG