seq1 = pF1KE5563.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KE5563/gi568815586r_70539187.tfa (gi568815586r:70539187_70846087), 306901 bp

>pF1KE5563 1236
>gi568815586r:70539187_70846087 (Chr12)

(complement)

1-272  (99998-100270)   99% ->
273-459  (144765-144951)   100% ->
460-544  (147739-147823)   100% ->
545-624  (161305-161384)   100% ->
625-762  (161824-161961)   100% ->
763-873  (183483-183593)   100% ->
874-1031  (184991-185148)   100% ->
1032-1145  (189271-189384)   100% ->
1146-1236  (206811-206901)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 AT GATTCTTTACAGATTAAAAGAAAGATTTCAGCTTTCCTTAAGACAAG
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ATAGATTCTTTACAGATTAAAAGAAAGATTTCAGCTTTCCTTAAGACAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 ACAAAGAGAAAAACCAGGAGATCCACCTATCGCCCATCACATTACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 ACAAAGAGAAAAACCAGGAGATCCACCTATCGCCCATCACATTACAGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 GCACTGTCCGAGGCAAAGACAGTCCACAGCATGGTCCAACCTGAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 GCACTGTCCGAGGCAAAGACAGTCCACAGCATGGTCCAACCTGAGCAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 CCCAAAGGTACTGAATGTTGTCGTGGACCCTCAAGGCCGAGGTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 CCCAAAGGTACTGAATGTTGTCGTGGACCCTCAAGGCCGAGGTGCTCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 AGATCAGAGCTACCACCGCTACCTCTGTTTGCCCTTCTCCTTTCAAAATG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 AGATCAAAGCTACCACCGCTACCTCTGTTTGCCCTTCTCCTTTCAAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 AAGCCCATAGGACTTCAAGAGAG         AAGAGGGTCCAACGTATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100248 AAGCCCATAGGACTTCAAGAGAGGTA...TAGAAGAGGGTCCAACGTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 TCTTACATTGGACATGAGTAGCTTGGGGAACATTGAACCCTTTGTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144783 TCTTACATTGGACATGAGTAGCTTGGGGAACATTGAACCCTTTGTGTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 TACCAACACCACGGGAGAAGGTAGCAATGGAGTATCTGCAGTCAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144833 TACCAACACCACGGGAGAAGGTAGCAATGGAGTATCTGCAGTCAGCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 CGAATTCTCACAAGGTCTCAGCTGAGGGACGTCGTGGCAAGTTCACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144883 CGAATTCTCACAAGGTCTCAGCTGAGGGACGTCGTGGCAAGTTCACATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 ACTCCAAAGTGAATTCATG         GAAATACCAATGAACTTTGTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 144933 ACTCCAAAGTGAATTCATGGTG...CAGGAAATACCAATGAACTTTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 ATCCCAAAGAAATTGATATTCCGCGTCATGGAACTAAAAATCGCTATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147761 ATCCCAAAGAAATTGATATTCCGCGTCATGGAACTAAAAATCGCTATAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 ACCATTTTACCAA         ATCCCCTCAGCAGAGTGTGTTTAAGACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 147811 ACCATTTTACCAAGTA...TAGATCCCCTCAGCAGAGTGTGTTTAAGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 AAAAAATGTAACCGATTCATTGAGCACCTACATTAATGCTAATTATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161333 AAAAAATGTAACCGATTCATTGAGCACCTACATTAATGCTAATTATATTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 GG         GGCTACAGTGGCAAGGAGAAAGCCTTCATTGCCACGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161383 GGGTA...TAGGGCTACAGTGGCAAGGAGAAAGCCTTCATTGCCACGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 GGCCCCATGATCAACACCGTGGATGATTTCTGGCAGATGGTTTGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161863 GGCCCCATGATCAACACCGTGGATGATTTCTGGCAGATGGTTTGGCAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 AGACAGCCCTGTGATTGTTATGATCACAAAACTCAAAGAAAAAAATGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 161913 AGACAGCCCTGTGATTGTTATGATCACAAAACTCAAAGAAAAAAATGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763         AAATGTGTGCTATACTGGCCGGAAAAGAGAGGGATATATGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161963 TA...CAGAAATGTGTGCTATACTGGCCGGAAAAGAGAGGGATATATGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 AAAGTTGAGGTTCTGGTTATCAGTGTAAATGAATGTGATAACTACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183525 AAAGTTGAGGTTCTGGTTATCAGTGTAAATGAATGTGATAACTACACCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 TCGAAACCTTGTCTTAAAG         CAAGGAAGCCACACCCAACATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 183575 TCGAAACCTTGTCTTAAAGGTA...CAGCAAGGAAGCCACACCCAACATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TGAAGCATTACTGGTACACCTCATGGCCTGATCACAAGACTCCAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185013 TGAAGCATTACTGGTACACCTCATGGCCTGATCACAAGACTCCAGACAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 GCCCAGCCCCTCCTACAGCTCATGCTGGATGTAGAAGAAGACAGACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185063 GCCCAGCCCCTCCTACAGCTCATGCTGGATGTAGAAGAAGACAGACTTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 TTCCCAGGGCCGAGGGCCTGTGGTTGTCCACTGCAG         TGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 185113 TTCCCAGGGCCGAGGGCCTGTGGTTGTCCACTGCAGGTA...CAGTGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 GAATAGGTAGAACAGGGTGTTTTATTGCTACATCCATTGGCTGTCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189276 GAATAGGTAGAACAGGGTGTTTTATTGCTACATCCATTGGCTGTCAACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 CTGAAAGAAGAAGGAGTTGTGGATGCACTAAGCATTGTCTGCCAGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189326 CTGAAAGAAGAAGGAGTTGTGGATGCACTAAGCATTGTCTGCCAGCTTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 TATGGATAG         AGGTGGAATGGTGCAAACCAGTGAGCAGTATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 189376 TATGGATAGGTG...CAGAGGTGGAATGGTGCAAACCAGTGAGCAGTATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 AATTTGTGCACCATGCTCTGTGCCTGTATGAGAGCAGACTTTCAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206843 AATTTGTGCACCATGCTCTGTGCCTGTATGAGAGCAGACTTTCAGCAGAG

   1300     .
   1228 ACTGTCCAG
        |||||||||
 206893 ACTGTCCAG