seq1 = pF1KE5559.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KE5559/gi568815581r_7823105.tfa (gi568815581r:7823105_8029435), 206331 bp

>pF1KE5559 1212
>gi568815581r:7823105_8029435 (Chr17)

(complement)

1-242  (100001-100242)   100% ->
243-286  (101610-101653)   100% ->
287-324  (101742-101779)   100% ->
325-404  (102013-102092)   100% ->
405-449  (103333-103377)   100% ->
450-494  (103461-103505)   100% ->
495-538  (103710-103753)   100% ->
539-625  (104253-104339)   100% ->
626-711  (104936-105021)   100% ->
712-832  (105171-105291)   100% ->
833-927  (105374-105468)   100% ->
928-1048  (105605-105725)   100% ->
1049-1137  (105892-105980)   100% ->
1138-1212  (106257-106331)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGTGTCTATCGCGTGTACCGAGCAGAACCTTCGCAGCCGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGTGTCTATCGCGTGTACCGAGCAGAACCTTCGCAGCCGGAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGACCGTCTGTGTGGACCCCGGCCGGGCCCCGGGGGCGGTAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGACCGTCTGTGTGGACCCCGGCCGGGCCCCGGGGGCGGTAATGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCCGGCCGGCGGGGGGCACGGGAATCCTCCGGGGGGTGGAGGGTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCCGGCCGGCGGGGGGCACGGGAATCCTCCGGGGGGTGGAGGGTCTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAAGGCCCGAGCTGCACTGGTTCCCCGACCCCCAGCGCCCGCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAAGGCCCGAGCTGCACTGGTTCCCCGACCCCCAGCGCCCGCTGGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCCGAGAGAGCACCGGCCGAGGCACTGGCATGAAATACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100201 CCTCCGAGAGAGCACCGGCCGAGGCACTGGCATGAAATACAGGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243  GAACCTAGGGAAGTCTGGTCTTCGGGTATCCTGTCTTGGCCTAG     
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101609 GGAACCTAGGGAAGTCTGGTCTTCGGGTATCCTGTCTTGGCCTAGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     GTACCTGGGTCACATTTGGTTCTCAGATCTCAGATGAG        
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101659 .CAGGTACCTGGGTCACATTTGGTTCTCAGATCTCAGATGAGGTA...TA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  ACAGCAGAGGATGTGCTGACTGTAGCCTATGAGCATGGTGTAAACCTGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 GACAGCAGAGGATGTGCTGACTGTAGCCTATGAGCATGGTGTAAACCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGACACCGCCGAAGTGTACGCAGCAGGAAA         GGCTGAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102062 TTGACACCGCCGAAGTGTACGCAGCAGGAAAGTA...TAGGGCTGAAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCCTAGGGAACATCCTCAAGAGCAAAGGTTGGAG         GAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103343 ACCCTAGGGAACATCCTCAAGAGCAAAGGTTGGAGGTG...CAGGAGATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAGCTATGTCATCACTACCAAGATTTTTTGGGGAGGACA         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103467 AAGCTATGTCATCACTACCAAGATTTTTTGGGGAGGACAGTA...CAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CAGAAACCGAGCGAGGTTTAAGCCGAAAGCACATCATTGAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103712 CAGAAACCGAGCGAGGTTTAAGCCGAAAGCACATCATTGAGGGTG...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539  GCTTGCGAGGATCCCTGGAACGCCTCCAGCTGGGATACGTGGACATTGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104252 GGCTTGCGAGGATCCCTGGAACGCCTCCAGCTGGGATACGTGGACATTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CTTTGCCAATCGCTCAGACCCCAACTGTCCTATGGAGG         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104302 CTTTGCCAATCGCTCAGACCCCAACTGTCCTATGGAGGGTA...TAGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TTGTGCGAGCCATGACCTATGTCATCAACCAGGGCCTGGCCCTATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104939 TTGTGCGAGCCATGACCTATGTCATCAACCAGGGCCTGGCCCTATACTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GGGACATCCCGATGGGGGGCTGCAGAAATCATG         GAGGCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104989 GGGACATCCCGATGGGGGGCTGCAGAAATCATGGTG...CAGGAGGCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CTCCATGGCCAGACAGTTCAATCTGATTCCTCCAGTGTGTGAACAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105179 CTCCATGGCCAGACAGTTCAATCTGATTCCTCCAGTGTGTGAACAAGCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGCACCATCTGTTTCAGAGGGAGAAGGTGGAGATGCAGCTGCCAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105229 AGCACCATCTGTTTCAGAGGGAGAAGGTGGAGATGCAGCTGCCAGAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TACCACAAGATTG         GAGTTGGATCAGTCACTTGGTACCCTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105279 TACCACAAGATTGGTT...TAGGAGTTGGATCAGTCACTTGGTACCCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AGCCTGTGGTCTCATTACTAGCAAGTATGATGGGCGAGTCCCAGATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105402 AGCCTGTGGTCTCATTACTAGCAAGTATGATGGGCGAGTCCCAGATACTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCAGGGCCTCCATCAAG         GGCTACCAGTGGCTCAAGGACAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105452 GCAGGGCCTCCATCAAGGTG...CAGGGCTACCAGTGGCTCAAGGACAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GTGCAGAGTGAAGATGGCAAGAAGCAACAAGCCAAAGTCATGGACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105629 GTGCAGAGTGAAGATGGCAAGAAGCAACAAGCCAAAGTCATGGACCTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TCCTGTCGCTCACCAGCTGGGCTGCACCGTGGCCCAGCTTGCTATTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105679 TCCTGTCGCTCACCAGCTGGGCTGCACCGTGGCCCAGCTTGCTATTGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1049       CGTGGTGTCTCCGCAGTGAGGGTGTCAGCTCTGTCTTGCTGGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105729 ...CAGCGTGGTGTCTCCGCAGTGAGGGTGTCAGCTCTGTCTTGCTGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GTGTCGAGTGCGGAGCAGTTGATAGAACACCTGGGCGCGCTACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105936 GTGTCGAGTGCGGAGCAGTTGATAGAACACCTGGGCGCGCTACAGGTG..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138     GTGCTGAGCCAGCTGACCCCGCAGACAGTGATGGAAATAGACGGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105986 .CAGGTGCTGAGCCAGCTGACCCCGCAGACAGTGATGGAAATAGACGGGC

   1300     .    :    .    :    .
   1184 TCCTGGGAAACAAGCCGCATTCCAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 106303 TCCTGGGAAACAAGCCGCATTCCAAGAAG