seq1 = pF1KE5558.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KE5558/gi568815586r_75399835.tfa (gi568815586r:75399835_75611597), 211763 bp

>pF1KE5558 1143
>gi568815586r:75399835_75611597 (Chr12)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-258  (103152-103324)   99% ->
259-393  (104682-104816)   100% ->
394-519  (104989-105114)   100% ->
520-603  (105199-105282)   100% ->
604-660  (106344-106400)   100% ->
661-831  (107524-107694)   100% ->
832-909  (109598-109675)   100% ->
910-1003  (109782-109875)   100% ->
1004-1143  (111647-111786)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCTCCCTCGCTGGAGCGGCCAGAAAAAGGCGCTGGAAAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCTCCCTCGCTGGAGCGGCCAGAAAAAGGCGCTGGAAAAAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTCGTAACCAGAAGCCGAAGCCGGAGAACCAAG         ATGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 ATTTCGTAACCAGAAGCCGAAGCCGGAGAACCAAGGTG...TAGATGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAACTCCTTACGGTTCCTGATGGTTGGAAGGAACCAGCTTTTTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103158 CAGAACTCCTTACGGTTCCTGATGGTTGGAAGGAACCAGCTTTTTCCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGACAATCCCAGAGGACTTTTGGAGGAGAGCAGTTTCGCAACTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103208 GAGGACAATCCCAGAGGACTTTTGGAGGAGAGCAGTTTCGCAACTTTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCAAAATACAGGGGAGCTTACTTGAAAGAGTGTTGGCCATTGGTGCAGA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103258 CCCAAAATACAGGGAAGCTTACTTGAAAGAGTGTTGGCCATTGGTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCCTTAAATGAACAT         CATGTTAATGCAACCCTGGACCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103308 AAGCCTTAAATGAACATGTA...TAGCATGTTAATGCAACCCTGGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCGAAGGCAGCATGACTGTTTGTACTACAAAGAAGACTTTTGATCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104706 ATCGAAGGCAGCATGACTGTTTGTACTACAAAGAAGACTTTTGATCCATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATCATCATTAGGGCCAGAGATCTGATAAAACTGTTAGCAAGGAGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104756 TATCATCATTAGGGCCAGAGATCTGATAAAACTGTTAGCAAGGAGTGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATTTGAACAG         GCAGTACGAATTCTTCAGGATGATGTTGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104806 CATTTGAACAGGTA...AAGGCAGTACGAATTCTTCAGGATGATGTTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGACATCATTAAAATAGGTTCTTTAGTAAGGAATAAAGAGAGATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105019 TGTGACATCATTAAAATAGGTTCTTTAGTAAGGAATAAAGAGAGATTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAACGAAGACAACGGCTTATTGGTCCCAAAGGATCTACATTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105069 AAAACGAAGACAACGGCTTATTGGTCCCAAAGGATCTACATTGAAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520      GCATTGGAACTCTTAACTAATTGTTACATTATGGTTCAGGGAAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105119 ..CAGGCATTGGAACTCTTAACTAATTGTTACATTATGGTTCAGGGAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGTTTCAGCCATTGGACCTTTTAGTGGCTTAAAAGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105244 ACAGTTTCAGCCATTGGACCTTTTAGTGGCTTAAAAGAGGTG...CAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAGAAAAGTAGTCCTTGATACTATGAAGAATATTCATCCAATTTATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106346 TAGAAAAGTAGTCCTTGATACTATGAAGAATATTCATCCAATTTATAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTAAA         AGCTTAATGATTAAGAGAGAGTTGGCAAAAGATTCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106396 TTAAAGTG...AAGAGCTTAATGATTAAGAGAGAGTTGGCAAAAGATTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAATTACGATCACAAAGTTGGGAGAGATTTTTGCCACAGTTCAAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107560 GAATTACGATCACAAAGTTGGGAGAGATTTTTGCCACAGTTCAAACACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAATGTGAATAAACGCAAGGAACCAAAGAAAAAAACTGTTAAGAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107610 AAATGTGAATAAACGCAAGGAACCAAAGAAAAAAACTGTTAAGAAAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATACGCCATTCCCACCACCACAACCAGAAAGTCAG         ATCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107660 ATACGCCATTCCCACCACCACAACCAGAAAGTCAGGTT...CAGATCGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAAGAATTGGCTAGTGGTGAATACTTTTTGAAGGCAAATCAGAAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109604 AAAGAATTGGCTAGTGGTGAATACTTTTTGAAGGCAAATCAGAAGAAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGAAAATGGAAGCAATAAAG         GCTAAACAAGCAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109654 GCAGAAAATGGAAGCAATAAAGGTA...TAGGCTAAACAAGCAGAAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCAGTAAGAGACAAGAGGAAAGAAACAAAGCATTTATTCCACCTAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109801 TCAGTAAGAGACAAGAGGAAAGAAACAAAGCATTTATTCCACCTAAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAACCAATTGTGAAACCTAAGGAAG         CTTCTACTGAAACTAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109851 AAACCAATTGTGAAACCTAAGGAAGGTA...TAGCTTCTACTGAAACTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AATTGATGTGGCCAGCATCAAGGAAAAGGTTAAGAAAGCAAAGAATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111663 AATTGATGTGGCCAGCATCAAGGAAAAGGTTAAGAAAGCAAAGAATAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACTGGGAGCTCTTACAGCTGAAGAAATTGCACTTAAGATGGAGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111713 AACTGGGAGCTCTTACAGCTGAAGAAATTGCACTTAAGATGGAGGCAGAT

   1200     .    :    .    :
   1120 GAAAAGAAAAAGAAGAAAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||
 111763 GAAAAGAAAAAGAAGAAAAAAAAG