seq1 = pF1KE5556.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KE5556/gi568815587f_32483888.tfa (gi568815587f:32483888_32702396), 218509 bp

>pF1KE5556 1122
>gi568815587f:32483888_32702396 (Chr11)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-175  (103125-103257)   100% ->
176-314  (104707-104845)   100% ->
315-438  (105125-105248)   100% ->
439-533  (105660-105754)   100% ->
534-617  (109979-110062)   100% ->
618-717  (111027-111126)   100% ->
718-799  (112079-112160)   100% ->
800-943  (116802-116945)   100% ->
944-1004  (117875-117935)   100% ->
1005-1122  (118392-118509)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGTCCCGGCCTTCATCGACATCAGTGAAGAAGATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGAGCGTCCCGGCCTTCATCGACATCAGTGAAGAAGATCAGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  GCTGCTGAGCTTCGTGCTTATCTGAAATCTAAAGGAGCTGAGATTTCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103124 GGCTGCTGAGCTTCGTGCTTATCTGAAATCTAAAGGAGCTGAGATTTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAGAACTCGGAAGGTGGACTTCATGTTGATTTAGCTCAAATTATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103174 AAGAGAACTCGGAAGGTGGACTTCATGTTGATTTAGCTCAAATTATTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCTGTGATGTGTGTCTGAAGGAGGATGATAAAG         ATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103224 GCCTGTGATGTGTGTCTGAAGGAGGATGATAAAGGTT...TAGATGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGTGTGATGAACAGTGTGGTATCCCTACTCTTGATCCTGGAACCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104714 AAGTGTGATGAACAGTGTGGTATCCCTACTCTTGATCCTGGAACCAGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCAAGAAGCTTTGATTGAAAGCCTATGTGAAAAGCTGGTCAAATTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104764 AGCAAGAAGCTTTGATTGAAAGCCTATGTGAAAAGCTGGTCAAATTTCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGGTGAACGCCCGTCTCTGAGACTGCAGTT         GTTAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104814 GAAGGTGAACGCCCGTCTCTGAGACTGCAGTTGTA...CAGGTTAAGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTTTTCCACGGGATGGATAAGAATACTCCTGTAAGATACACAGTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105134 CCTTTTCCACGGGATGGATAAGAATACTCCTGTAAGATACACAGTGTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAGCCTTATTAAAGTGGCAGCATCTTGTGGGGCCATCCAGTACATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105184 GCAGCCTTATTAAAGTGGCAGCATCTTGTGGGGCCATCCAGTACATCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTGAGCTGGATCAA         GTTAGAAAATGGATTTCTGACTGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105234 ACTGAGCTGGATCAAGTG...TAGGTTAGAAAATGGATTTCTGACTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTCACCACTGAAAAAAAGCACACCCTTTTAAGACTACTTTATGAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105686 TCTCACCACTGAAAAAAAGCACACCCTTTTAAGACTACTTTATGAGGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGTGGATTGTAAGAAGAG         TGATGCTGCTTCAAAAGTCATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105736 TTGTGGATTGTAAGAAGAGGTA...TAGTGATGCTGCTTCAAAAGTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGAATTGCTCGGAAGTTACACAGAGGACAATGCTTCCCAGGCTCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110001 GTGGAATTGCTCGGAAGTTACACAGAGGACAATGCTTCCCAGGCTCGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATGCCCACAG         GTGTATTGTACGAGCATTGAAAGATCCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110051 TGATGCCCACAGGTA...AAGGTGTATTGTACGAGCATTGAAAGATCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGCATTTCTTTTTGACCACCTTCTTACTTTAAAACCAGTCAAGTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111056 ATGCATTTCTTTTTGACCACCTTCTTACTTTAAAACCAGTCAAGTTTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGGCGAGCTTATTCATGAT         CTTTTAACCATTTTTGTGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111106 GAAGGCGAGCTTATTCATGATGTA...TAGCTTTTAACCATTTTTGTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCTAAATTGGCATCATATGTCAAGTTTTATCAGAATAATAAAGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112099 TGCTAAATTGGCATCATATGTCAAGTTTTATCAGAATAATAAAGACTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGATTCACTTG         GCCTGTTACATGAACAGAATATGGCAAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112149 TTGATTCACTTGGTA...TAGGCCTGTTACATGAACAGAATATGGCAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATGAGACTACTTACTTTTATGGGAATGGCAGTAGAAAATAAGGAAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116831 ATGAGACTACTTACTTTTATGGGAATGGCAGTAGAAAATAAGGAAATTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTTGACACAATGCAGCAAGAACTTCAGATTGGAGCTGATGATGTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116881 TTTTGACACAATGCAGCAAGAACTTCAGATTGGAGCTGATGATGTTGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CATTTGTTATTGACG         CCGTAAGAACTAAAATGGTCTACTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116931 CATTTGTTATTGACGGTA...CAGCCGTAAGAACTAAAATGGTCTACTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAAATTGATCAGACCCAGAGAAAAGTAGTTGTCAG         TCATAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117901 AAAATTGATCAGACCCAGAGAAAAGTAGTTGTCAGGTA...TAGTCATAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CACACATCGGACATTTGGAAAACAGCAGTGGCAACAACTGTATGACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118398 CACACATCGGACATTTGGAAAACAGCAGTGGCAACAACTGTATGACACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTAATGCCTGGAAACAAAATCTGAACAAAGTGAAAAACAGCCTTTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118448 TTAATGCCTGGAAACAAAATCTGAACAAAGTGAAAAACAGCCTTTTGAGT

   1200     .    :
   1111 CTTTCTGATACC
        ||||||||||||
 118498 CTTTCTGATACC