seq1 = pF1KE5553.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KE5553/gi568815587f_94029313.tfa (gi568815587f:94029313_94280866), 251554 bp

>pF1KE5553 1278
>gi568815587f:94029313_94280866 (Chr11)

1-181  (100001-100181)   100% ->
182-321  (124179-124318)   100% ->
322-545  (149057-149280)   100% ->
546-1201  (150290-150945)   100% ->
1202-1278  (151478-151554)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATCGCTCAACTGGCCACGGAGTACGTGTTCTCGGATTTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCATCGCTCAACTGGCCACGGAGTACGTGTTCTCGGATTTCTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGCCCACGGAGCCCAAGTTCAAGGGGCTGCGACTGGAGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGCCCACGGAGCCCAAGTTCAAGGGGCTGCGACTGGAGCTGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACAAGATGGTCACGTGCATTGCGGTGGGGCTGCCCCTGCTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGACAAGATGGTCACGTGCATTGCGGTGGGGCTGCCCCTGCTGCTCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGCTGGCCTTCGCGCAGGAGATCTCGATTG         GTACACAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100151 TCGCTGGCCTTCGCGCAGGAGATCTCGATTGGTA...TAGGTACACAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGCTGTTTCTCTCCAAGTTCTTTCTCCTGGCGTCAGGCTGCCTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124189 AAGCTGTTTCTCTCCAAGTTCTTTCTCCTGGCGTCAGGCTGCCTTTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTCATATTGCTGGGCGGCTGTTCAGCAGAAGAACTCACTGCAGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124239 ATTCATATTGCTGGGCGGCTGTTCAGCAGAAGAACTCACTGCAGAGCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGGAAACCTCCCACTGTGGCTGCATAAG         TTTTTCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 124289 TCTGGAAACCTCCCACTGTGGCTGCATAAGGTA...CAGTTTTTCCCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCCTGCTGCTCTTTGCGATCCTCCTGTACCTGCCCCCGCTGTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149068 CATCCTGCTGCTCTTTGCGATCCTCCTGTACCTGCCCCCGCTGTTCTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTTTCGCAGCTGCTCCTCATATTTGCTCAGACTTGAAGTTTATCATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149118 GTTTCGCAGCTGCTCCTCATATTTGCTCAGACTTGAAGTTTATCATGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAACTTGACAAAGTTTACAACCGTGCAATTAAGGCTGCAAAGAGTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149168 GAACTTGACAAAGTTTACAACCGTGCAATTAAGGCTGCAAAGAGTGCGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGACCTTGACATGAGAGATGGAGCCTGCTCAGTTCCAGGTGTTACCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149218 TGACCTTGACATGAGAGATGGAGCCTGCTCAGTTCCAGGTGTTACCGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTTAGGGCAAAG         TTTGTGGGAGGTATCTGAAAGCCACTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 149268 ACTTAGGGCAAAGGTA...TAGTTTGTGGGAGGTATCTGAAAGCCACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGTACCCAATTGTGGAGCAGTACTTGAAGACAAAGAAAAATTCTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150318 AAGTACCCAATTGTGGAGCAGTACTTGAAGACAAAGAAAAATTCTAATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTAATCATCAAGTACATTAGCTGCCGCCTGCTGACACTCATCATTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150368 TTTAATCATCAAGTACATTAGCTGCCGCCTGCTGACACTCATCATTATAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGTTAGCGTGTATCTACCTGGGCTATTACTTCAGCCTCTCCTCACTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150418 TGTTAGCGTGTATCTACCTGGGCTATTACTTCAGCCTCTCCTCACTCTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACGAGTTTGTGTGCAGCATCAAATCAGGGATCCTGAGAAACGACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150468 GACGAGTTTGTGTGCAGCATCAAATCAGGGATCCTGAGAAACGACAGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGTGCCCGATCAGTTTCAGTGCAAACTCATTGCCGTGGGCATCTTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150518 CGTGCCCGATCAGTTTCAGTGCAAACTCATTGCCGTGGGCATCTTCCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGCTCAGTGTCATTAACCTTGTGGTTTATGTCCTGCTGGCTCCCGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150568 TGCTCAGTGTCATTAACCTTGTGGTTTATGTCCTGCTGGCTCCCGTGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTCTACACGCTGTTTGTTCCATTCCGACAGAAGACAGATGTTCTCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150618 GTCTACACGCTGTTTGTTCCATTCCGACAGAAGACAGATGTTCTCAAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTACGAAATCCTCCCCACTTTTGATGTTCTGCATTTCAAATCTGAAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150668 GTACGAAATCCTCCCCACTTTTGATGTTCTGCATTTCAAATCTGAAGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACAACGATTTGAGCCTCTACAATCTCTTCTTGGAGGAAAATATAAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150718 ACAACGATTTGAGCCTCTACAATCTCTTCTTGGAGGAAAATATAAGTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTCAAGTCATACAAGTGTCTTAAGGTACTGGAGAATATTAAGAGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150768 GTCAAGTCATACAAGTGTCTTAAGGTACTGGAGAATATTAAGAGCAGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TCAGGGGATCGACCCAATGCTACTCCTGACAAACCTTGGCATGATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150818 TCAGGGGATCGACCCAATGCTACTCCTGACAAACCTTGGCATGATCAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGGATGTTGTTGATGGCAAAACTCCCATGTCTGCAGAGATGAGAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150868 TGGATGTTGTTGATGGCAAAACTCCCATGTCTGCAGAGATGAGAGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CAGGGGAACCAGACGGCAGAGCTCCAAG         GTATGAACATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 150918 CAGGGGAACCAGACGGCAGAGCTCCAAGGTA...CAGGTATGAACATAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CAGTGAAACTAAAGCAAATAATGGAGAGAAGAATGCCCGACAGAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151491 CAGTGAAACTAAAGCAAATAATGGAGAGAAGAATGCCCGACAGAGACTTC

   1300     .    :
   1265 TGGATTCTTCTTGC
        ||||||||||||||
 151541 TGGATTCTTCTTGC