seq1 = pF1KE5551.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KE5551/gi568815585r_19323065.tfa (gi568815585r:19323065_19593503), 270439 bp

>pF1KE5551 1233
>gi568815585r:19323065_19593503 (Chr13)

(complement)

10-65  (100001-100056)   100% ->
66-119  (100601-100654)   100% ->
120-179  (110957-111016)   100% ->
180-279  (127940-128039)   100% ->
280-343  (128186-128249)   100% ->
344-408  (128984-129048)   100% ->
409-469  (142279-142339)   100% ->
470-551  (143160-143241)   100% ->
552-640  (143340-143428)   100% ->
641-702  (155351-155412)   100% ->
703-783  (157198-157278)   100% ->
784-889  (160926-161031)   100% ->
890-969  (162957-163036)   100% ->
970-1062  (166987-167079)   98% ->
1063-1133  (168487-168557)   100% ->
1134-1233  (170340-170439)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 AGTCCACAGACAAACGAATTTAAAGGAACAACCGAGGAGGCACCTGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGTCCACAGACAAACGAATTTAAAGGAACAACCGAGGAGGCACCTGCGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 AGAAAG         CCCACACACAAGTGAATTTAAAGGAGCAGCCCTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAAGGTA...TAGCCCACACACAAGTGAATTTAAAGGAGCAGCCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTCACCTATCAGTAAAAG         TATGTTAGAACGACTTTCCAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100636 TGTCACCTATCAGTAAAAGGTG...AAGTATGTTAGAACGACTTTCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGAAGTTGAAGATGCTGAAAATGTTGCTTCATATGA         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110979 TTTGAAGTTGAAGATGCTGAAAATGTTGCTTCATATGAGTA...TAGATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GACACATTTAGTTCGACTTCTACGACTTATTATTCTGATAAGAATTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127943 GACACATTTAGTTCGACTTCTACGACTTATTATTCTGATAAGAATTTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCTGCTTCATCAAAAAAGACAACTTGAAAAGCTGATGAGAAGGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 127993 ATCTGCTTCATCAAAAAAGACAACTTGAAAAGCTGATGAGAAGGCTGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       GTTTCAGAAAACAAAAGGCGATACACAAGGGATGGATTTGACCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128043 ...CAGGTTTCAGAAAACAAAAGGCGATACACAAGGGATGGATTTGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGACCTCACTTACGTTACAG         AACGTATTATTGCTATGTCAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128230 AGACCTCACTTACGTTACAGGTT...CAGAACGTATTATTGCTATGTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTCCATCTTCTGGAAGGCAGTCTTTCTATAGAAATCCAATTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 129005 TTCCATCTTCTGGAAGGCAGTCTTTCTATAGAAATCCAATTGAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409    GAAGTTGTGCGGTTTCTAGATAAGAAACATCGAAACCACTATCGAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142276 TAGGAAGTTGTGCGGTTTCTAGATAAGAAACATCGAAACCACTATCGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTACAATCTATGCA         GTGAAAGAGCTTATGATCCTAAGCACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 142326 CTACAATCTATGCAGTA...TAGGTGAAAGAGCTTATGATCCTAAGCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCCATAATAGGGTCAGTAGAATCATGATTGATGATCATAATGTCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143187 TCCATAATAGGGTCAGTAGAATCATGATTGATGATCATAATGTCCCCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTACA         TGAGATGGTGGTTTTCACCAAGGAAGTAAATGAGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143237 CTACAGTA...CAGTGAGATGGTGGTTTTCACCAAGGAAGTAAATGAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GATGGCTCAAGATCTTGAAAACATCGTAGCGATTCACTGTAAAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143376 GATGGCTCAAGATCTTGAAAACATCGTAGCGATTCACTGTAAAGGAGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAG         GAAGAACCGGGACTATGGTTTGTGCCCTCCTTATTGCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143426 AAGGTA...TAGGAAGAACCGGGACTATGGTTTGTGCCCTCCTTATTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TCCGAAATATTTTTAACTGCCGAG         GAAAGCCTATATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 155389 TCCGAAATATTTTTAACTGCCGAGGTA...TAGGAAAGCCTATATTATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGGAGAAAGGCGAACCAATAAAACCCACAGCAATAAATTTCAGGGAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157215 TGGAGAAAGGCGAACCAATAAAACCCACAGCAATAAATTTCAGGGAGTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAACTCCTTCTCAG         AATAGATATGTTGGATATTTTGCACAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 157265 AAACTCCTTCTCAGGTA...CAGAATAGATATGTTGGATATTTTGCACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GTGAAACATCTCTACAACTGGAATCTCCCTCCAAGACGGATACTCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160953 GTGAAACATCTCTACAACTGGAATCTCCCTCCAAGACGGATACTCTTTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AAAAAGATTCATTATTTATTCGATTCGTG         GTGATGTATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 161003 AAAAAGATTCATTATTTATTCGATTCGTGGTA...CAGGTGATGTATGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 ATCTAAAAGTCCAAGTAGTAATGGAGAAAAAGGTTGTCTTTTCCAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162969 ATCTAAAAGTCCAAGTAGTAATGGAGAAAAAGGTTGTCTTTTCCAGTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TCATTAGGAAATTGTTCG         ATATTGCATGACATTGAAACAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 163019 TCATTAGGAAATTGTTCGGTA...TAGATATTGCATGACATTGAAACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CAAAGTATTAATTAATGTATATGACGGTCCACCTCTGTATGATGATGTGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167010 CAAAATATTAATTAATGTATATGACGGTCCACCTCTGTATGATGATGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 AAGTGCAGTTTTTCTCTTCG         AATCTTCCTAAATACTATGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 167060 AAGTGCAGTTTTTCTCTTCGGTG...TAGAATCTTCCTAAATACTATGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 AATTGTCCATTTTTCTTCTGGTTCAACACGTCTTTTATTCAAAATAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168508 AATTGTCCATTTTTCTTCTGGTTCAACACGTCTTTTATTCAAAATAACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134          GCTTTGTCTACCAAGAAATGAATTGGATAATCCACATAAAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168558 GTA...TAGGCTTTGTCTACCAAGAAATGAATTGGATAATCCACATAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 AAAAAGCATGGAAAATTTATCCACCAGAATTTGCTGTGGAGATACTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170381 AAAAAGCATGGAAAATTTATCCACCAGAATTTGCTGTGGAGATACTTTTT

   1350     .
   1225 GGCGAGAAA
        |||||||||
 170431 GGCGAGAAA