seq1 = pF1KE5549.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KE5549/gi568815593r_43427379.tfa (gi568815593r:43427379_43656002), 228624 bp

>pF1KE5549 1200
>gi568815593r:43427379_43656002 (Chr5)

(complement)

1-28  (99157-99184)   100% ->
29-198  (100004-100173)   100% ->
199-384  (108090-108275)   100% ->
385-497  (112887-112999)   100% ->
498-609  (116968-117079)   100% ->
610-735  (119059-119184)   100% ->
736-842  (120363-120469)   100% ->
843-960  (121033-121150)   100% ->
961-1015  (122211-122265)   100% ->
1016-1109  (126124-126217)   100% ->
1110-1200  (128534-128624)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGACGGTTTCGATCGGGCCCCAG         AGCAAACGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  99157 ATGTCGGACGGTTTCGATCGGGCCCCAGGTG...CAGAGCAAACGAGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTGAGAGCTCCACCTAGTTCACAGGATAAAATCCCACAGCAGAACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 CCTGAGAGCTCCACCTAGTTCACAGGATAAAATCCCACAGCAGAACTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTCAGCAATGGCTAAGCCCCAGGTGGTTGTAGCTCCTGTATTAATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 AGTCAGCAATGGCTAAGCCCCAGGTGGTTGTAGCTCCTGTATTAATGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCTGTCTGTGAATGCCCCTGAATTTTACCCTTCAGGTTATTCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 AAGCTGTCTGTGAATGCCCCTGAATTTTACCCTTCAGGTTATTCTTCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTACACA         GAATCCTATGAGGATGGTTGTGAGGATTATCCTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100167 TTACACAGTA...TAGGAATCCTATGAGGATGGTTGTGAGGATTATCCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTATCAGAATATGTTCAGGATTTTTTGAATCATCTTACAGAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108124 CTCTATCAGAATATGTTCAGGATTTTTTGAATCATCTTACAGAGCAGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCAGTTTTGAAACTGAAATTGAACAGTTTGCAGAGACCCTGAATGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108174 GGCAGTTTTGAAACTGAAATTGAACAGTTTGCAGAGACCCTGAATGGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTTACAACAGATGATGCTTTGCAAGAACTTGTGGAACTCATCTATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108224 TGTTACAACAGATGATGCTTTGCAAGAACTTGTGGAACTCATCTATCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         GCCACATCTATCCCAAATTTCTCTTATATGGGAGCTCGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108274 AGGTA...AAGGCCACATCTATCCCAAATTTCTCTTATATGGGAGCTCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGTGTAATTACCTGTCCCATCATCTGACAATTAGCCCACAGAGTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112926 CTGTGTAATTACCTGTCCCATCATCTGACAATTAGCCCACAGAGTGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCGCCAATTGCTACTTCAAAG         ATGTCGGACTGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112976 CTTCCGCCAATTGCTACTTCAAAGGTC...TAGATGTCGGACTGAATATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGTTAAAGATCAAGCTGCAAAAGGGGATGAAGTTACTCGAAAACGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116985 AAGTTAAAGATCAAGCTGCAAAAGGGGATGAAGTTACTCGAAAACGATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATGCATTTGTACTCTTTCTGGGAGAACTTTATCTTAACCTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117035 CATGCATTTGTACTCTTTCTGGGAGAACTTTATCTTAACCTGGAGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610     ATCAAGGGAACAAATGGACAGGTTACAAGAGCAGATATTCTTCAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117085 .AAGATCAAGGGAACAAATGGACAGGTTACAAGAGCAGATATTCTTCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGGTCTTCGAGAATTGCTGAATGCCCTGTTTTCTAATCCTATGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119105 TTGGTCTTCGAGAATTGCTGAATGCCCTGTTTTCTAATCCTATGGATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATTTAATTTGTGCAGTAAAATTGTTAAAG         TTGACAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119155 AATTTAATTTGTGCAGTAAAATTGTTAAAGGTA...TAGTTGACAGGATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTTTTGGAAGATGCTTGGAAGGAAAAAGGAAAGATGGATATGGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120374 AGTTTTGGAAGATGCTTGGAAGGAAAAAGGAAAGATGGATATGGAAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTATTCAGAGAATTGAAAACGTTGTCCTAGATGCAAACTGCAGTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120424 TTATTCAGAGAATTGAAAACGTTGTCCTAGATGCAAACTGCAGTAGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843      AGATGTAAAACAGATGCTCTTGAAGCTTGTAGAACTCCGGTCAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120474 ..CAGAGATGTAAAACAGATGCTCTTGAAGCTTGTAGAACTCCGGTCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAACTGGGGCAGAGTCCATGCAACTTCAACATATAGAGAAGCAACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121078 TAACTGGGGCAGAGTCCATGCAACTTCAACATATAGAGAAGCAACACCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAATGATCCTAACTACTTTATG         AATGAACCAACATTTTAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 121128 AAAATGATCCTAACTACTTTATGGTA...TAGAATGAACCAACATTTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACATCTGATGGTGTTCCTTTCACTGCAGCTGATCCAG         ATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 122229 ACATCTGATGGTGTTCCTTTCACTGCAGCTGATCCAGGTA...CAGATTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCAAGAGAAATACCAAGAATTACTTGAAAGAGAGGACTTTTTTCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126128 CCAAGAGAAATACCAAGAATTACTTGAAAGAGAGGACTTTTTTCCAGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGAAGAAAATGGAACAGATTTATCCGGGGCTGGTGATCC         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 126178 ATGAAGAAAATGGAACAGATTTATCCGGGGCTGGTGATCCGTA...CAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACTTGGATGATATTGATGATGAGATGGACCCAGAGATAGAAGAAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128535 TACTTGGATGATATTGATGATGAGATGGACCCAGAGATAGAAGAAGCTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGAAAAGTTTTGTTTGGAATCAGAGCGTAAGCGAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128585 TGAAAAGTTTTGTTTGGAATCAGAGCGTAAGCGAAAACAG