seq1 = pF1KE5549.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KE5549/gi568815581f_18550363.tfa (gi568815581f:18550363_18751539), 201177 bp

>pF1KE5549 1200
>gi568815581f:18550363_18751539 (Chr17)

24-1200  (100001-101177)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     24 CCCAGAGCAAACGAGGCCCCTGAGAGCTCCACCTAGTTCACAGGATAAAA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CCCAGAGCAAACGAGGTCCCTGAGAGCTCCACCTAGTTCACAGGATAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     74 TCCCACAGCAGAACTCGGAGTCAGCAATGGCTAAGCCCCAGGTGGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCACAGCAGAACTCGGAGTCAGCAATGGCTAAGCCCCAGGTGGTTGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 GCTCCTGTATTAATGTCTAAGCTGTCTGTGAATGCCCCTGAATTTTACCC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCTGTATTAAGGTCTAAGCTGTCTGTGAATGCCCCTGAATTTTACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TTCAGGTTATTCTTCCAGTTACACAGAATCCTATGAGGATGGTTGTGAGG
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100151 TTCAGGTTATTCCTCCAGTTACACAGAATCCTATGAGGTTGGTTGTGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATTATCCTACTCTATCAGAATATGTTCAGGATTTTTTGAATCATCTTACA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATTATCCTACTCCATCAGAATATGTTCAGGATTTTTTGAATCATCTTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGCAGCCTGGCAGTTTTGAAACTGAAATTGAACAGTTTGCAGAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGCAGCCTGGCAGTTTTGAAACTGAAATTGAACAGTTTGCAGAGACCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAATGGTTGTGTTACAACAGATGATGCTTTGCAAGAACTTGTGGAACTCA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100301 GAATGGTTGCGTTACAACAGATGATGCTTTGCAAGAACTTGCGGAACTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTATCAACAGGCCACATCTATCCCAAATTTCTCTTATATGGGAGCTCGC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTATCAACAGGCCACGTCTATCCCAAATTTCTCTTATATGGGAGCTCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGTGTAATTACCTGTCCCATCATCTGACAATTAGCCCACAGAGTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGTGTAATTACCTGTCCCATCATCTGACAATTAGCCCACAGAGTGGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCGCCAATTGCTACTTCAAAGATGTCGGACTGAATATGAAGTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTCCGCCAATTGCTACTTCAAAGATGTCGGACTGAATATGAAGTTAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCAAGCTGCAAAAGGGGATGAAGTTACTCGAAAACGATTTCATGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATCAAGCTGCAAAAGGGGATGAAGTTACTCGAAAACGATTTCATGCATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTACTCTTTCTGGGAGAACTTTATCTTAACCTGGAGATCAAGGGAACAAA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTATTCTTTCTGGGAGAACTTTATCTTAACCTGGAGATCAAGGGAACAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGACAGGTTACAAGAGCAGATATTCTTCAGGTTGGTCTTCGAGAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGGACAGGTTACAAGAGCAGATATTCTTCAGGTTGGTCTTCGAGAATTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAATGCCCTGTTTTCTAATCCTATGGATGACAATTTAATTTGTGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGAATGCCCTGTTTTCTAATCCTATGGATGACAATTTAATTTGTGCAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAATTGTTAAAGTTGACAGGATCAGTTTTGGAAGATGCTTGGAAGGAAAA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAATTGTTAAAATTGACAGGATCAGTTTTGGAAGATGCTTGGAAGGAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGGAAAGATGGATATGGAAGAAATTATTCAGAGAATTGAAAACGTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGGAAAGATGGATATGGAAGAAATTATTCAGAGAATTGAAAACGTTGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TAGATGCAAACTGCAGTAGAGATGTAAAACAGATGCTCTTGAAGCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TAGATGCAAACTGCAGTAGAGATGTAAAACAGATGCTCTTGAAGCTTGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAACTCCGGTCAAGTAACTGGGGCAGAGTCCATGCAACTTCAACATATAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100851 GAACTCCGGTCAAGTAACTGGGGTAGAGTCCATGCAACTTCAACATATAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGAAGCAACACCAGAAAATGATCCTAACTACTTTATGAATGAACCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGAAGCAACACCAGAAAATGATCCTAACTACTTTATGAATGAACCAACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTTATACATCTGATGGTGTTCCTTTCACTGCAGCTGATCCAGATTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTTATACATCTGATGGTGTTCCTTTCACTGCAGCTGATCCAGATTACCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GAGAAATACCAAGAATTACTTGAAAGAGAGGACTTTTTTCCAGATTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGAAATACCAAGAATTACTTGAAAGAGAGGACTTTTTTCCAGATTATGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AGAAAATGGAACAGATTTATCCGGGGCTGGTGATCCATACTTGGATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGAAAATGGAACAGATTTATCCGGGGCTGGTGATCCATACTTGGATGATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TTGATGATGAGATGGACCCAGAGATAGAAGAAGCTTATGAAAAGTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TTGATGATGAGATGGACCCAGAGATAGAAGAAGCTTATGAAAAGTTTTGT

   1150     .    :    .    :    .
   1174 TTGGAATCAGAGCGTAAGCGAAAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTGGAATCAGAGCGTAAGCGAAAACAG