seq1 = pF1KE5547.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE5547/gi568815596f_190260103.tfa (gi568815596f:190260103_190471399), 211297 bp

>pF1KE5547 1197
>gi568815596f:190260103_190471399 (Chr2)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-265  (102525-102585)   100% ->
266-466  (106593-106793)   100% ->
467-641  (109001-109175)   100% ->
642-1197  (110742-111297)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGATATCCTCCGGGAGCTGCTCTGTGTCTCTGAGAAGGCTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGATATCCTCCGGGAGCTGCTCTGTGTCTCTGAGAAGGCTGCTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGCCCGGGCGTGCAGACAGCAGGAAGCCCTCTTCCAGCTGCTGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTGCCCGGGCGTGCAGACAGCAGGAAGCCCTCTTCCAGCTGCTGATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGAAAAGAAAGAGGGAGAAAAGAACAAGAAGTTTGCAGTTGACTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGAAAAGAAAGAGGGAGAAAAGAACAAGAAGTTTGCAGTTGACTTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCTGGCTGATGTACTGGTACAGGAAGTTATAAAACAGAATATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCTGGCTGATGTACTGGTACAGGAAGTTATAAAACAGAATATGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAG         TTTCCAGGCTTGGAAAAAAATATTTTTGGAGAAGAAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGTA...CAGTTTCCAGGCTTGGAAAAAAATATTTTTGGAGAAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAATGAGTTTACTAATGACTGGG         GGGAAAAGATTACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102562 CCAATGAGTTTACTAATGACTGGGGTA...TAGGGGAAAAGATTACCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGTTGTGTTCAACAGAGGAGGAAACAGCAGAGCTTCTTAGCAAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106610 AGGTTGTGTTCAACAGAGGAGGAAACAGCAGAGCTTCTTAGCAAAGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATGGTAACAAGGTGGCATCTGAAGCATTAGCCAGGGTTGTTCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106660 CAATGGTAACAAGGTGGCATCTGAAGCATTAGCCAGGGTTGTTCATCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTTGCCTTTACTGACCCAACTCTGGATTCCACAGAGATCAATGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106710 ATGTTGCCTTTACTGACCCAACTCTGGATTCCACAGAGATCAATGTTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGACATTTTGGGAATTTGGGTGGACCCCATAG         ATTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106760 CAGGACATTTTGGGAATTTGGGTGGACCCCATAGGTA...CAGATTCAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTATCAGTATATAAAAGGTTCTGCTGACATTAAATCCAACCAGGGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109008 TTATCAGTATATAAAAGGTTCTGCTGACATTAAATCCAACCAGGGAATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCCCTGTGGACTTCAGTGTGTCACCATTTTAATTGGTGTCTATGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109058 TCCCCTGTGGACTTCAGTGTGTCACCATTTTAATTGGTGTCTATGACATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGACAGGGGTTCCCCTGATGGGAGTCATCAATCAACCTTTTGTGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109108 CAGACAGGGGTTCCCCTGATGGGAGTCATCAATCAACCTTTTGTGTCACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGATCCAAACACCCTCAG         GTGGAAAGGACAGTGCTATTGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109158 AGATCCAAACACCCTCAGGTA...CAGGTGGAAAGGACAGTGCTATTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCTTTCTTACATGGGGACCAACATGCATTCACTACAGCTCACCATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110765 GCCTTTCTTACATGGGGACCAACATGCATTCACTACAGCTCACCATCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGAAGAAACGGCAGTGAAACACACACTGGAAACACCGGCTCTGAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110815 AGAAGAAACGGCAGTGAAACACACACTGGAAACACCGGCTCTGAGGCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATTCTCCCCCAGTTTTTCAGCCGTAATTAGTACAAGTGAAAAGGAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110865 ATTCTCCCCCAGTTTTTCAGCCGTAATTAGTACAAGTGAAAAGGAGACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCAAAGCTGCATTGTCACGTGTGTGTGGAGATCGCATATTTGGGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110915 TCAAAGCTGCATTGTCACGTGTGTGTGGAGATCGCATATTTGGGGCAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGGGCTGGTTATAAGAGCCTATGTGTTGTCCAAGGCCTCGTTGACATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110965 GGGGCTGGTTATAAGAGCCTATGTGTTGTCCAAGGCCTCGTTGACATTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATCTTTTCAGAAGATACCACATTCAAATGGGACTCTTGTGCTGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111015 CATCTTTTCAGAAGATACCACATTCAAATGGGACTCTTGTGCTGCTCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCATACTGAGGGCCATGGGTGGGGGAATAGTAGACTTGAAAGAATGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111065 CCATACTGAGGGCCATGGGTGGGGGAATAGTAGACTTGAAAGAATGCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAAAGAAATCCAGAAACAGGGCTTGATTTGCCACAGTTGGTGTACCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111115 GAAAGAAATCCAGAAACAGGGCTTGATTTGCCACAGTTGGTGTACCACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGAAAATGAGGGTGCTGCTGGGGTGGATCGGTGGGCCAACAAGGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111165 GGAAAATGAGGGTGCTGCTGGGGTGGATCGGTGGGCCAACAAGGGAGGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCATTGCATACAGATCCAGGAAGCGGCTGGAGACATTCCTGAGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111215 TCATTGCATACAGATCCAGGAAGCGGCTGGAGACATTCCTGAGCCTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :
   1165 GTCCAAAACCTGGCACCTGCAGAGACGCATACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 111265 GTCCAAAACCTGGCACCTGCAGAGACGCATACC